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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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小薰319

银虫 (小有名气)

[求助] 急求转录组问题 分析问题 ,不胜感激! 已有1人参与

问题是图中红色框内如BGIOSGA004842-TA这个基因 这个是用ensembl数据库得到的(http://ensembl.gramene.org/Oryza ... TA;site=ensemblthis),在生物公司测的,如何和kegg通路中 如图1中的红色的基因相对应,图2中基因注释都是Putative uncharacterized protein(假设的不确定的蛋白),但是kegg红色部分都是已经给出了明确的基因名称,这个和测序结果是不是相违背?
该如何对应起来?谢谢
这是图1file:///G:/%E5%8D%9A%E5%A3%AB%E8%AF%BE%E9%A2%98%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E6%95%B0%E6%8D%AE/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E6%95%B0%E6%8D%AE2015-5-15/GZRB2014102402149-SSQ_custom/05.KEGG/sample812S--sample812HS/KEGGgraph/ko00195.html

这是图2

急求转录组问题 分析问题 ,不胜感激!
图 1.png


急求转录组问题 分析问题 ,不胜感激!-1
图2.png
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
小薰319: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你哦! 2015-07-06 09:52:53
你的转录组应该是用籼稻测的吧。这个物种的基因组是BGI测的,好像是在2009年完成。你仔细看看KEGG里Ko00195这条通路,最新的参考文献是2004年的,也就是说,在籼稻测序出来前整条通路就建好了,所以你截图里的KEGG数据库的基因名字不是水稻基因的名字,我大概查了一下,好像有烟草的基因。
你的第一个问题,如何将测序的基因和KEGG对应。首先要明确,KEGG里标的基因不是水稻的基因,而是其他物种的,所以不能用名字来找,只能把KEGG图片里所有的蛋白都下载下来,然后和你的目的蛋白blast,然后确定哪个对应哪个。
第二个问题是测序的基因注释是putative,这个应该不难理解,KEGG里的蛋白是用其他物种做的,水稻中有某个蛋白的相似蛋白,但是否真的存在还需要确认。籼稻测序的时间不长,很多基因都是putative的。


个人一点见解,希望对你有帮助。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

2楼2015-07-03 16:42:12
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小薰319

银虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-07-03 16:42:12
你的转录组应该是用籼稻测的吧。这个物种的基因组是BGI测的,好像是在2009年完成。你仔细看看KEGG里Ko00195这条通路,最新的参考文献是2004年的,也就是说,在籼稻测序出来前整条通路就建好了,所以你截图里的KEGG数 ...

谢谢你!
3楼2015-07-06 09:51:56
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