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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 急求转录组问题 分析问题 ，不胜感激！
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小薰319

银虫 (小有名气)

[求助] 急求转录组问题 分析问题 ，不胜感激！ 已有1人参与

问题是图中红色框内如BGIOSGA004842-TA这个基因 这个是用ensembl数据库得到的（http://ensembl.gramene.org/Oryza ... TA;site=ensemblthis），在生物公司测的，如何和kegg通路中 如图1中的红色的基因相对应，图2中基因注释都是Putative uncharacterized protein（假设的不确定的蛋白），但是kegg红色部分都是已经给出了明确的基因名称，这个和测序结果是不是相违背？
该如何对应起来？谢谢
这是图1file:///G:/%E5%8D%9A%E5%A3%AB%E8%AF%BE%E9%A2%98%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E6%95%B0%E6%8D%AE/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E6%95%B0%E6%8D%AE2015-5-15/GZRB2014102402149-SSQ_custom/05.KEGG/sample812S--sample812HS/KEGGgraph/ko00195.html

这是图2

急求转录组问题 分析问题 ，不胜感激！
图 1.png


急求转录组问题 分析问题 ，不胜感激！-1
图2.png
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1楼 2015-07-03 10:56:04
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小薰319: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你哦！ 2015-07-06 09:52:53
你的转录组应该是用籼稻测的吧。这个物种的基因组是BGI测的，好像是在2009年完成。你仔细看看KEGG里Ko00195这条通路，最新的参考文献是2004年的，也就是说，在籼稻测序出来前整条通路就建好了，所以你截图里的KEGG数据库的基因名字不是水稻基因的名字，我大概查了一下，好像有烟草的基因。
你的第一个问题，如何将测序的基因和KEGG对应。首先要明确，KEGG里标的基因不是水稻的基因，而是其他物种的，所以不能用名字来找，只能把KEGG图片里所有的蛋白都下载下来，然后和你的目的蛋白blast，然后确定哪个对应哪个。
第二个问题是测序的基因注释是putative，这个应该不难理解，KEGG里的蛋白是用其他物种做的，水稻中有某个蛋白的相似蛋白，但是否真的存在还需要确认。籼稻测序的时间不长，很多基因都是putative的。


个人一点见解，希望对你有帮助。
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小薰319
2楼2015-07-03 16:42:12
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小薰319

银虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2015-07-03 16:42:12
你的转录组应该是用籼稻测的吧。这个物种的基因组是BGI测的，好像是在2009年完成。你仔细看看KEGG里Ko00195这条通路，最新的参考文献是2004年的，也就是说，在籼稻测序出来前整条通路就建好了，所以你截图里的KEGG数 ...

谢谢你！
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3楼2015-07-06 09:51:56
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