| 查看: 718 | 回复: 2 | ||
[求助]
急求转录组问题 分析问题 ，不胜感激！ 已有1人参与
|
|
问题是图中红色框内如BGIOSGA004842-TA这个基因 这个是用ensembl数据库得到的（http://ensembl.gramene.org/Oryza ... TA;site=ensemblthis），在生物公司测的，如何和kegg通路中 如图1中的红色的基因相对应，图2中基因注释都是Putative uncharacterized protein（假设的不确定的蛋白），但是kegg红色部分都是已经给出了明确的基因名称，这个和测序结果是不是相违背？ 该如何对应起来？谢谢 这是图1file:///G:/%E5%8D%9A%E5%A3%AB%E8%AF%BE%E9%A2%98%E5%AE%9E%E9%AA%8C%E6%95%B0%E6%8D%AE/%E8%BD%AC%E5%BD%95%E7%BB%84%E6%95%B0%E6%8D%AE2015-5-15/GZRB2014102402149-SSQ_custom/05.KEGG/sample812S--sample812HS/KEGGgraph/ko00195.html 这是图2  图 1.png  图2.png |
回复此楼» 猜你喜欢
311（085601）求调剂
已经有4人回复
-
305求调剂
已经有4人回复
-
一志愿北化085600材料专硕275|有文章专利｜求调剂
已经有7人回复
-
一志愿华理，数一英一285求A区调剂
已经有12人回复
-
289求调剂
已经有11人回复
-
食品工程专硕一志愿中海洋309求调剂
已经有7人回复
-
生物学学硕，一志愿湖南大学，初试成绩338
已经有6人回复
-
321求调剂
已经有7人回复
-
343求调剂
已经有4人回复
-
本科新能源科学与工程，一志愿华理能动285求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- [求助]开路电位和塔菲尔2个图，肯定是有问题，希望大神们指点迷津，不胜感激！！！！
已经有25人回复
- 我做了一个DSC--TGA分析，求懂热重分析的虫友帮忙解析一下，不胜感激~
已经有25人回复
- 我根据大家的意见修改了一下套瓷信，希望大家继续帮我提意见，不胜感激！
已经有8人回复
- origin作图时这个图中的短线是怎么画出来的？有何意义？不胜感激。
已经有8人回复
- 可以帮忙排查一下高斯D01安装过程中出现的错误吗，不胜感激！
已经有16人回复
- 求帮忙下载pudn代码，不胜感激！
已经有4人回复
- 青梅种属问题，有了解植物分类和青梅植物的进来帮忙，不胜感激
已经有7人回复
- 好心人帮我分析分析融解曲线，不胜感激啊
已经有5人回复
- 比较转录组学分析问题
已经有12人回复
- 求助投稿Catalysis science & technology 的一些问题，小女子不胜感激
已经有14人回复
- OPA衍生化的问题，急求~
已经有12人回复
- GC面积归一化法如何做回收率实验，方法的准确度如何表示？不胜感激~~~~~
已经有5人回复
- 高斯势能面扫描scan键长，一下就出错，求教，究竟哪里出问题了，不胜感激
已经有4人回复
- 求微谱，不胜感激涕零
已经有4人回复
- mega中复制进化树到word中如何使图像清晰一点，哪位高手指点一下，不胜感激！！！
已经有15人回复
- 关于Chem Eur J的proof，小弟有些迷糊，求高人指点！不胜感激！
已经有4人回复
- 新人求助：Elsevier投稿格式中的问题，figure caption，参考文献等，不胜感激啊！
已经有22人回复
- 本人查阅文献，遇到一个问题，请教哪位给我解答哈，在下将不胜感激！
已经有18人回复
- 急求：关于QuEChERS的问题
已经有6人回复
- 急求统计分析问题！
已经有10人回复
- 麻烦各位大侠帮我看看这个是什么问题造成的，小弟不胜感激
已经有4人回复
liuderong
铁杆木虫 (正式写手)
- BioEPI: 1
- 应助: 310 (大学生)
- 金币: 8202.1
- 红花: 31
- 帖子: 582
- 在线: 142.1小时
- 虫号: 1882145
- 注册: 2012-07-07
- 性别: GG
- 专业: 生物化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小薰319: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你哦！ 2015-07-06 09:52:53
感谢参与，应助指数 +1
小薰319: 金币+10, ★★★很有帮助, 谢谢你哦！ 2015-07-06 09:52:53
|
你的转录组应该是用籼稻测的吧。这个物种的基因组是BGI测的，好像是在2009年完成。你仔细看看KEGG里Ko00195这条通路，最新的参考文献是2004年的，也就是说，在籼稻测序出来前整条通路就建好了，所以你截图里的KEGG数据库的基因名字不是水稻基因的名字，我大概查了一下，好像有烟草的基因。 你的第一个问题，如何将测序的基因和KEGG对应。首先要明确，KEGG里标的基因不是水稻的基因，而是其他物种的，所以不能用名字来找，只能把KEGG图片里所有的蛋白都下载下来，然后和你的目的蛋白blast，然后确定哪个对应哪个。 第二个问题是测序的基因注释是putative，这个应该不难理解，KEGG里的蛋白是用其他物种做的，水稻中有某个蛋白的相似蛋白，但是否真的存在还需要确认。籼稻测序的时间不长，很多基因都是putative的。 个人一点见解，希望对你有帮助。 |
» 本帖已获得的红花（最新10朵）
小薰3192楼2015-07-03 16:42:12
3楼2015-07-06 09:51:56
