应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助：autodock 在Analyze 时出问题了，非常着急
121/2返回列表12下一页
查看: 3273  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

J君临天下

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助：autodock 在Analyze 时出问题了，非常着急 已有2人参与

最近在研究Autodock,按照各位大神的教程走到了最后一步，可也是在最后一步出了问题，真心求助。
在Analyze--Dockings--Show Interactions 时，ADT一只报错
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit
    self.build()
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build
    self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__
    self.build(detect_pi=detect_pi)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build
    self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff)              #
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms
    self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select
    bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3))
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize
    a = concatenate( (a,)*n_copies)
ValueError: dimensions too large.
最后一句显示尺寸太大，我把Grid Box数据变了，还是出现这种问题，真心求助呀。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-07-02 15:44:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

J君临天下

新虫 (初入文坛)
来个大神帮帮忙呀
赞一下 回复此楼
2楼2015-07-02 18:42:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbfeng721

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
那你的大小是多少？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2015-07-03 00:55:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的box多大呢？不会是盲对接吧
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-03 14:40:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

J君临天下

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2015-07-03 14:40:14
你的box多大呢？不会是盲对接吧

box参数60*60*60, Spacing 0.375，提示错误，改成40*40*40还是这样的。
我刚接触这个，的确不知道该怎么对接，center不知该设在哪里，我是在PDBQT中找到活性位点的一个原子为坐标的，求方法，能加你QQ吗
赞一下 回复此楼
5楼2015-07-04 09:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

J君临天下

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wbfeng721 at 2015-07-03 00:55:17
那你的大小是多少？

box参数60*60*60, Spacing 0.375，提示错误，改成40*40*40还是这样的。
赞一下 回复此楼
6楼2015-07-04 09:54:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbfeng721

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 09:54:12
box参数60*60*60, Spacing 0.375，提示错误，改成40*40*40还是这样的。...

把文件发上来看看，pdbqt和设置文件

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
7楼2015-07-04 10:34:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

J君临天下

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wbfeng721 at 2015-07-04 10:34:46
把文件发上来看看，pdbqt和设置文件
...

配体 受体 和生成的.dlg文件真心求助，能加你详聊吗？
赞一下 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 2y9w0001.dlg
    • 2015-07-04 15:35:38, 79.05 K
  • 附件 2 : 2Y9W1.pdbqt
    • 2015-07-04 15:36:03, 1.43 M
  • 附件 3 : Oxy1.pdbqt
    • 2015-07-04 15:36:14, 2.34 K
8楼2015-07-04 15:37:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 09:20:31
box参数60*60*60, Spacing 0.375，提示错误，改成40*40*40还是这样的。
我刚接触这个，的确不知道该怎么对接，center不知该设在哪里，我是在PDBQT中找到活性位点的一个原子为坐标的，求方法，能加你QQ吗...

活性为点设置在活性为点附近，选择文献报道的为点或者天然配体作为参考
赞一下 回复此楼
9楼2015-07-06 10:09:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝洋飘雪

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 15:37:39
配体 受体 和生成的.dlg文件真心求助，能加你详聊吗？...

您好，我是刚接触Autodock，恳请您能教教我，如何设定特定对接位点？
赞一下 回复此楼
人生如茶，不会苦一辈子，但会苦一阵子！
10楼2015-07-24 17:36:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 J君临天下 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 2026国自然函评费到账 +21 羊腰板 2026-08-21 24/1200 2026-08-26 07:20 by finnigan
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 7K1CJE38xLG4 2026-08-25 4/200 2026-08-26 02:04 by cNXvBfCpiZOM
[基金申请] 今天务委会开完了，明天出结果吗 +18 angus9576 2026-08-25 22/1100 2026-08-26 00:41 by merchancy
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候，我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 有没有大神帮我看看基金代码 28+4 1234567wang 2026-08-24 10/500 2026-08-25 19:15 by lfy8008
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 19/950 2026-08-25 17:57 by chick875
[基金申请] 某些机构，以效率低为荣，以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 今日不放榜？网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 22/1100 2026-08-25 15:36 by 医学老男孩
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
[教师之家] 导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！ +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5 process2012 2026-08-23 7/350 2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +17 kkkl_v 2026-08-19 18/900 2026-08-25 09:41 by windflowerwy
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] 能否退出参与的面上项目解除限项 +21 koalala 2026-08-24 24/1200 2026-08-24 19:25 by 家与远方
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +14 ziyangfang 2026-08-19 17/850 2026-08-24 18:37 by 哈哈蛤？
[基金申请] 今天放榜吗？ +15 布布和一二 2026-08-19 16/800 2026-08-23 09:55 by 张春生
[基金申请] 时间戳又变了 +13 wuchongjun 2026-08-20 19/950 2026-08-21 17:21 by 紫杉醇
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧？ +4 哈哈蛤？ 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭