应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助：autodock 在Analyze 时出问题了，非常着急
121/2返回列表12下一页
查看: 2960  |  回复: 11
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

J君临天下

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助：autodock 在Analyze 时出问题了，非常着急 已有2人参与

最近在研究Autodock,按照各位大神的教程走到了最后一步，可也是在最后一步出了问题，真心求助。
在Analyze--Dockings--Show Interactions 时，ADT一只报错
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit
    self.build()
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build
    self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__
    self.build(detect_pi=detect_pi)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build
    self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff)              #
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms
    self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select
    bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3))
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize
    a = concatenate( (a,)*n_copies)
ValueError: dimensions too large.
最后一句显示尺寸太大，我把Grid Box数据变了，还是出现这种问题，真心求助呀。
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

autodock

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-07-02 15:44:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

J君临天下

新虫 (初入文坛)
来个大神帮帮忙呀
赞一下 回复此楼
2楼2015-07-02 18:42:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbfeng721

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
那你的大小是多少？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
3楼2015-07-03 00:55:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的box多大呢？不会是盲对接吧
赞一下 回复此楼
4楼2015-07-03 14:40:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

J君临天下

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2015-07-03 14:40:14
你的box多大呢？不会是盲对接吧

box参数60*60*60, Spacing 0.375，提示错误，改成40*40*40还是这样的。
我刚接触这个，的确不知道该怎么对接，center不知该设在哪里，我是在PDBQT中找到活性位点的一个原子为坐标的，求方法，能加你QQ吗
赞一下 回复此楼
5楼2015-07-04 09:20:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

J君临天下

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wbfeng721 at 2015-07-03 00:55:17
那你的大小是多少？

box参数60*60*60, Spacing 0.375，提示错误，改成40*40*40还是这样的。
赞一下 回复此楼
6楼2015-07-04 09:54:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wbfeng721

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 09:54:12
box参数60*60*60, Spacing 0.375，提示错误，改成40*40*40还是这样的。...

把文件发上来看看，pdbqt和设置文件

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
7楼2015-07-04 10:34:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

J君临天下

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wbfeng721 at 2015-07-04 10:34:46
把文件发上来看看，pdbqt和设置文件
...

配体 受体 和生成的.dlg文件真心求助，能加你详聊吗？
赞一下 回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 2y9w0001.dlg
    • 2015-07-04 15:35:38, 79.05 K
  • 附件 2 : 2Y9W1.pdbqt
    • 2015-07-04 15:36:03, 1.43 M
  • 附件 3 : Oxy1.pdbqt
    • 2015-07-04 15:36:14, 2.34 K
8楼2015-07-04 15:37:39
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 09:20:31
box参数60*60*60, Spacing 0.375，提示错误，改成40*40*40还是这样的。
我刚接触这个，的确不知道该怎么对接，center不知该设在哪里，我是在PDBQT中找到活性位点的一个原子为坐标的，求方法，能加你QQ吗...

活性为点设置在活性为点附近，选择文献报道的为点或者天然配体作为参考
赞一下 回复此楼
9楼2015-07-06 10:09:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

蓝洋飘雪

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 15:37:39
配体 受体 和生成的.dlg文件真心求助，能加你详聊吗？...

您好，我是刚接触Autodock，恳请您能教教我，如何设定特定对接位点？
赞一下 回复此楼
人生如茶，不会苦一辈子，但会苦一阵子！
10楼2015-07-24 17:36:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 J君临天下 的主题更新
121/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 289求调剂 +7 怀瑾握瑜l 2026-03-20 7/350 2026-03-22 15:57 by ColorlessPI
[考研] 286求调剂 +10 Faune 2026-03-21 10/500 2026-03-21 23:34 by 314126402
[考研] 286分人工智能专业请求调剂愿意跨考！ +4 lemonzzn 2026-03-17 8/400 2026-03-21 22:49 by lemonzzn
[考研] 一志愿南大，0703化学，分数336，求调剂 +3 收到VS 2026-03-21 3/150 2026-03-21 18:42 by 学员8dgXkO
[考研] 279分求调剂 一志愿211 +14 chaojifeixia 2026-03-19 15/750 2026-03-21 13:24 by zhukairuo
[考研] 306求调剂 +4 chuanzhu川烛 2026-03-18 4/200 2026-03-21 08:25 by laoshidan
[考研] 机械专硕299求调剂至材料 +3 kkcoco25 2026-03-16 4/200 2026-03-21 03:52 by JourneyLucky
[考研] 301求调剂 +10 yy要上岸呀 2026-03-17 10/500 2026-03-21 03:14 by JourneyLucky
[考研] 303求调剂 +5 睿08 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:11 by JourneyLucky
[考研] 一志愿中国石油大学（华东） 本科齐鲁工业大学 +3 石能伟 2026-03-17 3/150 2026-03-21 02:22 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 @taotao 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:35 by JourneyLucky
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +7 困于星晨 2026-03-17 9/450 2026-03-20 17:38 by 无懈可击111
[考研] 08工学调剂 +5 用户573181 2026-03-20 5/250 2026-03-20 15:47 by xia_2003
[考研] 收复试调剂生 +4 雨后秋荷 2026-03-18 4/200 2026-03-18 14:16 by elevennnne
[考研] 334求调剂 +3 志存高远意在机� 2026-03-16 3/150 2026-03-18 08:34 by lm4875102
[考研] 一志愿苏州大学材料工程（085601）专硕有科研经历三项国奖两个实用型专利一项省级立项 +6 大火山小火山 2026-03-16 8/400 2026-03-17 15:05 by 无懈可击111
[考研] 一志愿南京大学，080500材料科学与工程，调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] [导师推荐]西南科技大学国防/材料导师推荐 +3 尖角小荷 2026-03-16 6/300 2026-03-16 23:21 by 尖角小荷
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 070300化学学硕求调剂 +6 太想进步了0608 2026-03-16 6/300 2026-03-16 16:13 by kykm678
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭