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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 求助：autodock 在Analyze 时出问题了，非常着急
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J君临天下

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助：autodock 在Analyze 时出问题了，非常着急 已有2人参与

最近在研究Autodock,按照各位大神的教程走到了最后一步，可也是在最后一步出了问题，真心求助。
在Analyze--Dockings--Show Interactions 时，ADT一只报错
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit
    self.build()
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build
    self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__
    self.build(detect_pi=detect_pi)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build
    self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff)              #
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms
    self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select
    bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3))
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize
    a = concatenate( (a,)*n_copies)
ValueError: dimensions too large.
最后一句显示尺寸太大，我把Grid Box数据变了，还是出现这种问题，真心求助呀。
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1楼 2015-07-02 15:44:00
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J君临天下

新虫 (初入文坛)
来个大神帮帮忙呀
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2楼2015-07-02 18:42:22
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wbfeng721

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
那你的大小是多少？

[ 发自小木虫客户端 ]
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3楼2015-07-03 00:55:17
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
你的box多大呢？不会是盲对接吧
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4楼2015-07-03 14:40:14
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J君临天下

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2015-07-03 14:40:14
你的box多大呢？不会是盲对接吧

box参数60*60*60, Spacing 0.375，提示错误，改成40*40*40还是这样的。
我刚接触这个，的确不知道该怎么对接，center不知该设在哪里，我是在PDBQT中找到活性位点的一个原子为坐标的，求方法，能加你QQ吗
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5楼2015-07-04 09:20:31
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J君临天下

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by wbfeng721 at 2015-07-03 00:55:17
那你的大小是多少？

box参数60*60*60, Spacing 0.375，提示错误，改成40*40*40还是这样的。
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6楼2015-07-04 09:54:12
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wbfeng721

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 09:54:12
box参数60*60*60, Spacing 0.375，提示错误，改成40*40*40还是这样的。...

把文件发上来看看，pdbqt和设置文件

[ 发自小木虫客户端 ]
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7楼2015-07-04 10:34:46
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J君临天下

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
7楼: Originally posted by wbfeng721 at 2015-07-04 10:34:46
把文件发上来看看，pdbqt和设置文件
...

配体 受体 和生成的.dlg文件真心求助，能加你详聊吗？
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    • 2015-07-04 15:36:03, 1.43 M
  • 附件 3 : Oxy1.pdbqt
    • 2015-07-04 15:36:14, 2.34 K
8楼2015-07-04 15:37:39
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 09:20:31
box参数60*60*60, Spacing 0.375，提示错误，改成40*40*40还是这样的。
我刚接触这个，的确不知道该怎么对接，center不知该设在哪里，我是在PDBQT中找到活性位点的一个原子为坐标的，求方法，能加你QQ吗...

活性为点设置在活性为点附近，选择文献报道的为点或者天然配体作为参考
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9楼2015-07-06 10:09:21
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蓝洋飘雪

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 15:37:39
配体 受体 和生成的.dlg文件真心求助，能加你详聊吗？...

您好，我是刚接触Autodock，恳请您能教教我，如何设定特定对接位点？
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人生如茶，不会苦一辈子，但会苦一阵子！
10楼2015-07-24 17:36:35
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