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J君临天下

新虫 (初入文坛)

[求助] 求助:autodock 在Analyze 时出问题了,非常着急 已有2人参与

最近在研究Autodock,按照各位大神的教程走到了最后一步,可也是在最后一步出了问题,真心求助。
在Analyze--Dockings--Show Interactions 时,ADT一只报错
ERROR *********************************************
Traceback (most recent call last):
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\ViewerFramework\VF.py", line 898, in tryto
    result = command( *args, **kw )
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 3087, in doit
    self.build()
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\AutoDockTools\autoanalyzeCommands.py", line 2912, in build
    self.intDescr = InteractionDescriptor(lig, macro, percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 49, in __init__
    self.build(detect_pi=detect_pi)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 60, in build
    self.buildCloseContactAtoms(percentCutoff)              #
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\interactionDescriptor.py", line 69, in buildCloseContactAtoms
    self.macro_atoms, percentCutoff=percentCutoff)
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\MolKit\distanceSelector.py", line 106, in select
    bigC = Numeric.resize(c, (lenC, lenC, 3))
  File "C:\Program Files\MGLTools-1.5.6\lib\site-packages\numpy\core\fromnumeric.py", line 615, in resize
    a = concatenate( (a,)*n_copies)
ValueError: dimensions too large.
最后一句显示尺寸太大,我把Grid Box数据变了,还是出现这种问题,真心求助呀。
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J君临天下

新虫 (初入文坛)

来个大神帮帮忙呀
2楼2015-07-02 18:42:22
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wbfeng721

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
那你的大小是多少?

[ 发自小木虫客户端 ]
3楼2015-07-03 00:55:17
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你的box多大呢?不会是盲对接吧
4楼2015-07-03 14:40:14
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J君临天下

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by pymol at 2015-07-03 14:40:14
你的box多大呢?不会是盲对接吧

box参数60*60*60, Spacing 0.375,提示错误,改成40*40*40还是这样的。
我刚接触这个,的确不知道该怎么对接,center不知该设在哪里,我是在PDBQT中找到活性位点的一个原子为坐标的,求方法,能加你QQ吗
5楼2015-07-04 09:20:31
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J君临天下

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
3楼: Originally posted by wbfeng721 at 2015-07-03 00:55:17
那你的大小是多少?

box参数60*60*60, Spacing 0.375,提示错误,改成40*40*40还是这样的。
6楼2015-07-04 09:54:12
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wbfeng721

金虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 09:54:12
box参数60*60*60, Spacing 0.375,提示错误,改成40*40*40还是这样的。...

把文件发上来看看,pdbqt和设置文件

[ 发自小木虫客户端 ]
7楼2015-07-04 10:34:46
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J君临天下

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by wbfeng721 at 2015-07-04 10:34:46
把文件发上来看看,pdbqt和设置文件
...

配体 受体 和生成的.dlg文件真心求助,能加你详聊吗?

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  • 2015-07-04 15:35:38, 79.05 K
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  • 2015-07-04 15:36:03, 1.43 M
  • 附件 3 : Oxy1.pdbqt
  • 2015-07-04 15:36:14, 2.34 K
8楼2015-07-04 15:37:39
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pymol

捐助贵宾 (正式写手)


引用回帖:
5楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 09:20:31
box参数60*60*60, Spacing 0.375,提示错误,改成40*40*40还是这样的。
我刚接触这个,的确不知道该怎么对接,center不知该设在哪里,我是在PDBQT中找到活性位点的一个原子为坐标的,求方法,能加你QQ吗...

活性为点设置在活性为点附近,选择文献报道的为点或者天然配体作为参考
9楼2015-07-06 10:09:21
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蓝洋飘雪

木虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by J君临天下 at 2015-07-04 15:37:39
配体 受体 和生成的.dlg文件真心求助,能加你详聊吗?...

您好,我是刚接触Autodock,恳请您能教教我,如何设定特定对接位点?
人生如茶,不会苦一辈子,但会苦一阵子!
10楼2015-07-24 17:36:35
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