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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Gaussian输入文件使用内坐标的问题
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_Smile_

新虫 (初入文坛)

[求助] Gaussian输入文件使用内坐标的问题 已有1人参与

大家好！新虫一枚，最近在使用内坐标时遇到一些问题，希望各位大神能指点一二，或者推荐一些相关文献资料，谢谢：

问题一：对于线性分子体系，可以直接使用内坐标（即Z矩阵）吗？或者必须加入虚原子？

问题二：对于没有加入虚原子的线性分子体系，使用Gauss View打开输入文件，另存为分子内坐标时，提示错误“Bad dihedral angle coordinate for atom 4, consider reordering atoms. Writing Cartesian instead of internal coordinates”.输出文件中任然是笛卡尔坐标。该怎么解决这个问题呢？
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1楼 2015-06-06 10:04:30
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十年磨练

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-06-08 09:41:35
第一个问题，因为内坐标中键角不能大于等于180，所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题，提示说内坐标的二面角设置有问题，建议你重新给原子编号。

你好
对于使用内坐标的文件，只有线性分子需要添加虚原子，其他结构的有需要吗？
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时刻保持虚心学习的态度
4楼2015-06-08 21:30:21
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
_Smile_: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2015-06-09 19:25:59
第一个问题，因为内坐标中键角不能大于等于180，所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题，提示说内坐标的二面角设置有问题，建议你重新给原子编号。
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2楼2015-06-08 09:41:35
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_Smile_

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-06-08 09:41:35
第一个问题，因为内坐标中键角不能大于等于180，所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题，提示说内坐标的二面角设置有问题，建议你重新给原子编号。

终于有人应助了！！！
你好，大神：
问题一，刚刚查到，Gaussian网站，“......Geometry optimizations in internal coordinates are unable to handle bond angles of 180 degrees which occur in linear molecular fragments......”因此建议使用虚原子解决。我十分赞同你对问题一的解答！
问题二，我会按你说的方法尝试一下。另，我觉得还要同时加入虚原子。
再次感谢你！
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3楼2015-06-08 16:09:40
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_Smile_

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 十年磨练 at 2015-06-08 21:30:21
你好
对于使用内坐标的文件，只有线性分子需要添加虚原子，其他结构的有需要吗？...

除了线性体系，好像还有对称性比较好的体系，具体情况建议你到这个网站查一下http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/c_zmat.htm
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5楼2015-06-09 09:54:56
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