24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 1845  |  回复: 5
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

_Smile_

新虫 (初入文坛)

[求助] Gaussian输入文件使用内坐标的问题 已有1人参与

大家好!新虫一枚,最近在使用内坐标时遇到一些问题,希望各位大神能指点一二,或者推荐一些相关文献资料,谢谢:

问题一:对于线性分子体系,可以直接使用内坐标(即Z矩阵)吗?或者必须加入虚原子?

问题二:对于没有加入虚原子的线性分子体系,使用Gauss View打开输入文件,另存为分子内坐标时,提示错误“Bad dihedral angle coordinate for atom 4, consider reordering atoms. Writing Cartesian instead of internal coordinates”.输出文件中任然是笛卡尔坐标。该怎么解决这个问题呢?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

十年磨练

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-06-08 09:41:35
第一个问题,因为内坐标中键角不能大于等于180,所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题,提示说内坐标的二面角设置有问题,建议你重新给原子编号。

你好
对于使用内坐标的文件,只有线性分子需要添加虚原子,其他结构的有需要吗?
时刻保持虚心学习的态度
4楼2015-06-08 21:30:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
_Smile_: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2015-06-09 19:25:59
第一个问题,因为内坐标中键角不能大于等于180,所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题,提示说内坐标的二面角设置有问题,建议你重新给原子编号。
2楼2015-06-08 09:41:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_Smile_

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-06-08 09:41:35
第一个问题,因为内坐标中键角不能大于等于180,所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题,提示说内坐标的二面角设置有问题,建议你重新给原子编号。

终于有人应助了!!!
你好,大神:
问题一,刚刚查到,Gaussian网站,“......Geometry optimizations in internal coordinates are unable to handle bond angles of 180 degrees which occur in linear molecular fragments......”因此建议使用虚原子解决。我十分赞同你对问题一的解答!
问题二,我会按你说的方法尝试一下。另,我觉得还要同时加入虚原子。
再次感谢你!
3楼2015-06-08 16:09:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_Smile_

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 十年磨练 at 2015-06-08 21:30:21
你好
对于使用内坐标的文件,只有线性分子需要添加虚原子,其他结构的有需要吗?...

除了线性体系,好像还有对称性比较好的体系,具体情况建议你到这个网站查一下http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/c_zmat.htm
5楼2015-06-09 09:54:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工 264分各科过A区国家线 +10 哈哈157349 2026-03-21 10/500 2026-03-27 13:06 by zzll406
[考研] 085600,材料与化工321分调剂 +4 大馋小子 2026-03-27 5/250 2026-03-27 12:20 by 惠州彭于晏
[考研] 299求调剂 +8 shxchem 2026-03-20 10/500 2026-03-27 11:27 by sanrepian
[考研] 359求调剂 +4 王了个楠 2026-03-25 4/200 2026-03-27 08:43 by 不吃魚的貓
[考研] 351求调剂 +4 麦克阿磊 2026-03-24 4/200 2026-03-27 00:32 by wxiongid
[考研] 总分322求生物学/生化与分子/生物信息学相关调剂 +5 星沉uu 2026-03-26 6/300 2026-03-26 19:02 by macy2011
[考研] 生物学学硕,一志愿湖南大学,初试成绩338 +4 YYYYYNNNNN 2026-03-26 4/200 2026-03-26 19:00 by macy2011
[考研] 271求调剂 +6 生如夏花… 2026-03-22 6/300 2026-03-26 16:48 by 张凯十八号
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工(085600)296求调剂 +9 稻妻小编 2026-03-26 9/450 2026-03-26 16:16 by 不吃魚的貓
[考研] 334分 一志愿武理 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-26 4/200 2026-03-26 16:00 by 不吃魚的貓
[考研] 材料科学与工程 317求调剂 +4 JKSOIID 2026-03-26 4/200 2026-03-26 15:58 by 不吃魚的貓
[考研] 263求调剂 +6 yqdszhdap- 2026-03-22 10/500 2026-03-26 13:11 by 公瑾逍遥
[考研] 309求调剂 +4 gajsj 2026-03-25 5/250 2026-03-26 00:27 by Dyhoer
[考研] 一志愿哈工大,085400,320,求调剂 +4 gdlf9999 2026-03-24 4/200 2026-03-25 23:01 by boxking200
[考研] 303求调剂 +6 蓝山月 2026-03-25 6/300 2026-03-25 22:47 by 418490947
[考研] 334分 一志愿武理-080500 材料求调剂 +4 李李不服输 2026-03-25 4/200 2026-03-25 21:26 by 星空星月
[考研] 0854电子信息求调剂 +7 α____ 2026-03-22 9/450 2026-03-25 13:37 by α____
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-24 3/150 2026-03-24 21:31 by peike
[考研] 305分求调剂(食品工程) +5 Sxy112 2026-03-21 7/350 2026-03-24 12:27 by 544594351
[考研] 石河子大学(211、双一流)硕博研究生长期招生公告 +3 李子目 2026-03-22 3/150 2026-03-22 21:01 by 怎么释怀
信息提示
请填处理意见