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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » 热点前沿问题讨论 » berkeleygw 输入文件问题
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xiaoxiao45

至尊木虫 (正式写手)

[求助] berkeleygw 输入文件问题 已有1人参与

有哪位大神指导一下berkeleygw中的WFN.in文件lattice vector怎么计算的吗？为什么kgrid.x运行后bravais lattice和crystal 的space group总是对不上？谢谢了

另外知道晶体的point group: R3c
a=b=c= 5.667
alfa=beta=gama=59.17
原子坐标 1 Bi，2 Fe，3 O
1  0.00000000  0.00000000  0.00000000
1  0.50000000  0.50000000  0.50000000
2  0.22120000  0.22120000  0.22120000
2  0.72120000  0.72120000  0.72120000
3  0.53500000  0.94000000  0.39400000
3  0.94000000  0.39400000  0.53500000
3  0.03500000  0.89400000  0.44000000
3  0.39400000  0.53500000  0.94000000
3  0.89400000  0.44000000  0.03500000
3  0.44000000  0.03500000  0.89400000
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1楼 2014-10-05 13:47:18
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
franch: 金币+4, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:36:30
1. kgrid.x中的基矢坐标和原子坐标均为在同一坐标系下的直角坐标，而不是分数坐标；
2. 如果是简单晶格，布拉伐格子对称性和晶体对称性才能对上号；复式晶格一般对不上。
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2楼2014-10-05 16:34:00
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xiaoxiao45

至尊木虫 (正式写手)
请问能不能给个详细的计算步骤，万分感谢，可以加送金币

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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3楼2014-10-05 23:17:38
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:36:41
如果用QE算DFT部分，有个简便方法。

先进行scf计算，输出文件中这一部分就是基矢坐标：
     crystal axes: (cart. coord. in units of alat)
               a(1) = (   4.582581   4.582581   0.000000 )  
               a(2) = (   0.000000   4.582581   4.582581 )  
               a(3) = (   4.582581   0.000000   4.582581 )  

这一部分就是同一坐标系下的原子坐标：
   Cartesian axes

     site n.     atom                  positions (alat units)
         1           O   tau(   1) = (   2.3756976   2.2068836   2.3756976  )
         2           O   tau(   2) = (   4.6669876   4.4981749   2.3756989  )
         3           O   tau(   3) = (   2.3756989   4.4981749   4.6669876  )
         4           O   tau(   4) = (   4.6669876   6.7894636   4.6669876  )
         5           O   tau(   5) = (   4.4981749   2.3756989   4.4981749  )
         6           O   tau(   6) = (   6.7894636   4.6669876   4.4981749  )
         7           O   tau(   7) = (   4.4981749   4.6669876   6.7894636  )
         8           O   tau(   8) = (   6.7894648   6.9582788   6.7894648  )
         9           Mg  tau(   9) = (   2.2912906   0.0000000   2.2912906  )
        10           Mg  tau(  10) = (   4.5825812   2.2912906   2.2912906  )
        11           Mg  tau(  11) = (   2.2912906   2.2912906   4.5825812  )
        12           Mg  tau(  12) = (   4.5825812   4.5825812   4.5825812  )
        13           Ca  tau(  13) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000  )
        14           Ca  tau(  14) = (   2.2912906   2.2912906   0.0000000  )
        15           Ca  tau(  15) = (   0.0000000   2.2912906   2.2912906  )
        16           Ca  tau(  16) = (   2.2912906   4.5825812   2.2912906  )
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4楼2014-10-06 10:00:31
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xiaoxiao45

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by liqizuiyang at 2014-10-06 10:00:31
如果用QE算DFT部分，有个简便方法。

先进行scf计算，输出文件中这一部分就是基矢坐标：
     crystal axes: (cart. coord. in units of alat)
               a(1) = (   4.582581   4.582581   0.000000 )  
...

你好，感觉还是不行，我把scf的输入文件给你看看，看看是不是哪出问题了
&control
   prefix = 'BFO'
   calculation = 'scf'
   restart_mode = 'from_scratch'
   wf_collect = .false.
   tstress = .true.
   tprnfor = .true.
   outdir = './'
   wfcdir = './'
   pseudo_dir = './'
/
&system
   ibrav = 5
   celldm(1) = 10.71
   celldm(4) = 0.5125
   nat = 10
   ntyp = 3
   nbnd = 55
   ecutwfc = 140.0
/
&electrons
   electron_maxstep = 100
   conv_thr = 1.0d-10
   mixing_mode = 'plain'
   mixing_beta = 0.7
   mixing_ndim = 8
   diagonalization = 'david'
   diago_david_ndim = 4
   diago_full_acc = .true.
/
ATOMIC_SPECIES
  Bi  208.98  Bi.UPF
  Fe  55.845  Fe.UPF
  O  15.999  O.UPF
ATOMIC_POSITIONS crystal
Bi  0.00000000  0.00000000  0.00000000
Bi  0.50000000  0.50000000  0.50000000
Fe  0.22120000  0.22120000  0.22120000
Fe  0.72120000  0.72120000  0.72120000
O  0.53500000  0.94000000  0.39400000
O  0.94000000  0.39400000  0.53500000
O  0.03500000  0.89400000  0.44000000
O  0.39400000  0.53500000  0.94000000
O  0.89400000  0.44000000  0.03500000
O  0.44000000  0.03500000  0.89400000
K_POINTS automatic
5 5 5 1 1 1
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5楼2014-10-06 10:34:25
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:36:56
引用回帖:
5楼: Originally posted by xiaoxiao45 at 2014-10-06 10:34:25
你好，感觉还是不行，我把scf的输入文件给你看看，看看是不是哪出问题了
&control
   prefix = 'BFO'
   calculation = 'scf'
   restart_mode = 'from_scratch'
   wf_collect = .false.
   tstress =  ...

“不行”是指什么？

这个scf.in不能运行？还是WFN.in运行结果不对？

从输入文件看是复式晶格，布拉伐格子对称性和晶体对称性不大可能一样。
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6楼2014-10-06 11:36:32
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xiaoxiao45

至尊木虫 (正式写手)
我运行scf，然后out文件
crystal axes: (cart. coord. in units of alat)
               a(1) = (   0.493710  -0.285044   0.821584 )  
               a(2) = (   0.000000   0.570088   0.821584 )  
               a(3) = (  -0.493710  -0.285044   0.821584 )  
    site n.     atom                  positions (alat units)
         1           Bi  tau(   1) = (   0.0000000   0.0000000   0.0000000  )
         2           Bi  tau(   2) = (   0.0000000  -0.0000000   1.2323758  )
         3           Fe  tau(   3) = (   0.0000000  -0.0000000   0.5452030  )
         4           Fe  tau(   4) = (   0.0000000  -0.0000000   1.7775788  )
         5           O   tau(   5) = (   0.0696132   0.2710767   1.5355402  )
         6           O   tau(   6) = (   0.1999527  -0.1958251   1.5355402  )
         7           O   tau(   7) = (  -0.1999527   0.3742626   1.1247483  )
         8           O   tau(   8) = (  -0.2695659  -0.0752516   1.5355402  )
         9           O   tau(   9) = (   0.4240973  -0.0139671   1.1247483  )
        10           O   tau(  10) = (  -0.2241445  -0.3602954   1.1247483  )
计算的结果和前面所设置的原子坐标不一样，然后我又拿这些原子坐标和布拉菲坐标放入WFN.in进行kgrid.x的计算
WFN.log的结果如下
symmetries of the Bravais lattice
Space group 166, symbol R-3m                 
r01 =     1   0   0     0   1   0     0   0   1
r02 =     0   0  -1     0  -1   0    -1   0   0
r03 =    -1   0   0     0   0  -1     0  -1   0
r04 =     0   1   0     0   0   1     1   0   0
r05 =    -1   0   0     0  -1   0     0   0  -1
r06 =     0   0   1     0   1   0     1   0   0
r07 =     1   0   0     0   0   1     0   1   0
r08 =     0  -1   0     0   0  -1    -1   0   0
r09 =     0   0  -1    -1   0   0     0  -1   0
r10 =     0   1   0     1   0   0     0   0   1
r11 =     0   0   1     1   0   0     0   1   0
r12 =     0  -1   0    -1   0   0     0   0  -1

symmetries of the crystal
Space group 146, symbol R3                  
r01 =     1   0   0     0   1   0     0   0   1
r02 =     0   1   0     0   0   1     1   0   0
r03 =     0   0   1     1   0   0     0   1   0

对称性不是R3c，而且布拉菲对称和晶体对称也不一样

不知道是哪个地方的原因，麻烦了，帮我看看，谢谢
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7楼2014-10-06 13:05:50
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liqizuiyang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:37:11
计算的结果和前面所设置的原子坐标不一样
==============================================================
这里的计算结果是转换之后的原子坐标，而输入文件中的是分数坐标，肯定不会一样。

对称性不是R3c
==============================================================
这个R3c是从哪里得到的？BerkeleyGW不使用 k ～ -k对称性，因此可能和其它程序给出的结果不一样。我就遇到过和qe结果不一样的情况。


而且布拉菲对称和晶体对称也不一样
==============================================================
这个上面已经提过了。
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8楼2014-10-06 15:23:14
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xiaoxiao45

至尊木虫 (正式写手)
我的数据是用的是cta Materialia 59 (2011) 4229–4234
原子分数坐标是按照Wyckoff position设置的，对称性为R3c，然后我把所有的位置数据拷贝到WFN.in中，只是不知道lattice vector (WFN.in 文件需要输入的)怎么计算,
然后用你所说的方法先算scf（pw.x），进而把计算结果带到WFN.in中计算，得到的WFN.log文件，文件中有布拉菲对称和晶体对称性，结果得不到R3c的结果，因为我感觉如果得不到所需要的结果，那么后面得到约化的K-point是不是也不对。 那么接来的wfn_q和wfn_co就无法计算了。

所以，这几天一直纠结着这问题，头发又掉不少，不知道liqizuiyang遇到过此类问题没？
求帮忙指条明路
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9楼2014-10-06 18:07:31
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xiaoxiao45

至尊木虫 (正式写手)
不要沉下去了呀，大神来帮帮忙
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10楼2014-10-07 16:20:13
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