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xiaoxiao45至尊木虫 (正式写手)
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berkeleygw 输入文件问题 已有1人参与
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有哪位大神指导一下berkeleygw中的WFN.in文件lattice vector怎么计算的吗？为什么kgrid.x运行后bravais lattice和crystal 的space group总是对不上？谢谢了 另外知道晶体的point group: R3c a=b=c= 5.667 alfa=beta=gama=59.17 原子坐标 1 Bi，2 Fe，3 O 1 0.00000000 0.00000000 0.00000000 1 0.50000000 0.50000000 0.50000000 2 0.22120000 0.22120000 0.22120000 2 0.72120000 0.72120000 0.72120000 3 0.53500000 0.94000000 0.39400000 3 0.94000000 0.39400000 0.53500000 3 0.03500000 0.89400000 0.44000000 3 0.39400000 0.53500000 0.94000000 3 0.89400000 0.44000000 0.03500000 3 0.44000000 0.03500000 0.89400000 |
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2楼2014-10-05 16:34:00
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3楼2014-10-05 23:17:38
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franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:36:41
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如果用QE算DFT部分，有个简便方法。 先进行scf计算，输出文件中这一部分就是基矢坐标： crystal axes: (cart. coord. in units of alat) a(1) = ( 4.582581 4.582581 0.000000 ) a(2) = ( 0.000000 4.582581 4.582581 ) a(3) = ( 4.582581 0.000000 4.582581 ) 这一部分就是同一坐标系下的原子坐标： Cartesian axes site n. atom positions (alat units) 1 O tau( 1) = ( 2.3756976 2.2068836 2.3756976 ) 2 O tau( 2) = ( 4.6669876 4.4981749 2.3756989 ) 3 O tau( 3) = ( 2.3756989 4.4981749 4.6669876 ) 4 O tau( 4) = ( 4.6669876 6.7894636 4.6669876 ) 5 O tau( 5) = ( 4.4981749 2.3756989 4.4981749 ) 6 O tau( 6) = ( 6.7894636 4.6669876 4.4981749 ) 7 O tau( 7) = ( 4.4981749 4.6669876 6.7894636 ) 8 O tau( 8) = ( 6.7894648 6.9582788 6.7894648 ) 9 Mg tau( 9) = ( 2.2912906 0.0000000 2.2912906 ) 10 Mg tau( 10) = ( 4.5825812 2.2912906 2.2912906 ) 11 Mg tau( 11) = ( 2.2912906 2.2912906 4.5825812 ) 12 Mg tau( 12) = ( 4.5825812 4.5825812 4.5825812 ) 13 Ca tau( 13) = ( 0.0000000 0.0000000 0.0000000 ) 14 Ca tau( 14) = ( 2.2912906 2.2912906 0.0000000 ) 15 Ca tau( 15) = ( 0.0000000 2.2912906 2.2912906 ) 16 Ca tau( 16) = ( 2.2912906 4.5825812 2.2912906 ) |
4楼2014-10-06 10:00:31
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你好，感觉还是不行，我把scf的输入文件给你看看，看看是不是哪出问题了 &control prefix = 'BFO' calculation = 'scf' restart_mode = 'from_scratch' wf_collect = .false. tstress = .true. tprnfor = .true. outdir = './' wfcdir = './' pseudo_dir = './' / &system ibrav = 5 celldm(1) = 10.71 celldm(4) = 0.5125 nat = 10 ntyp = 3 nbnd = 55 ecutwfc = 140.0 / &electrons electron_maxstep = 100 conv_thr = 1.0d-10 mixing_mode = 'plain' mixing_beta = 0.7 mixing_ndim = 8 diagonalization = 'david' diago_david_ndim = 4 diago_full_acc = .true. / ATOMIC_SPECIES Bi 208.98 Bi.UPF Fe 55.845 Fe.UPF O 15.999 O.UPF ATOMIC_POSITIONS crystal Bi 0.00000000 0.00000000 0.00000000 Bi 0.50000000 0.50000000 0.50000000 Fe 0.22120000 0.22120000 0.22120000 Fe 0.72120000 0.72120000 0.72120000 O 0.53500000 0.94000000 0.39400000 O 0.94000000 0.39400000 0.53500000 O 0.03500000 0.89400000 0.44000000 O 0.39400000 0.53500000 0.94000000 O 0.89400000 0.44000000 0.03500000 O 0.44000000 0.03500000 0.89400000 K_POINTS automatic 5 5 5 1 1 1 |
5楼2014-10-06 10:34:25
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我运行scf，然后out文件 crystal axes: (cart. coord. in units of alat) a(1) = ( 0.493710 -0.285044 0.821584 ) a(2) = ( 0.000000 0.570088 0.821584 ) a(3) = ( -0.493710 -0.285044 0.821584 ) site n. atom positions (alat units) 1 Bi tau( 1) = ( 0.0000000 0.0000000 0.0000000 ) 2 Bi tau( 2) = ( 0.0000000 -0.0000000 1.2323758 ) 3 Fe tau( 3) = ( 0.0000000 -0.0000000 0.5452030 ) 4 Fe tau( 4) = ( 0.0000000 -0.0000000 1.7775788 ) 5 O tau( 5) = ( 0.0696132 0.2710767 1.5355402 ) 6 O tau( 6) = ( 0.1999527 -0.1958251 1.5355402 ) 7 O tau( 7) = ( -0.1999527 0.3742626 1.1247483 ) 8 O tau( 8) = ( -0.2695659 -0.0752516 1.5355402 ) 9 O tau( 9) = ( 0.4240973 -0.0139671 1.1247483 ) 10 O tau( 10) = ( -0.2241445 -0.3602954 1.1247483 ) 计算的结果和前面所设置的原子坐标不一样，然后我又拿这些原子坐标和布拉菲坐标放入WFN.in进行kgrid.x的计算 WFN.log的结果如下 symmetries of the Bravais lattice Space group 166, symbol R-3m r01 = 1 0 0 0 1 0 0 0 1 r02 = 0 0 -1 0 -1 0 -1 0 0 r03 = -1 0 0 0 0 -1 0 -1 0 r04 = 0 1 0 0 0 1 1 0 0 r05 = -1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 r06 = 0 0 1 0 1 0 1 0 0 r07 = 1 0 0 0 0 1 0 1 0 r08 = 0 -1 0 0 0 -1 -1 0 0 r09 = 0 0 -1 -1 0 0 0 -1 0 r10 = 0 1 0 1 0 0 0 0 1 r11 = 0 0 1 1 0 0 0 1 0 r12 = 0 -1 0 -1 0 0 0 0 -1 symmetries of the crystal Space group 146, symbol R3 r01 = 1 0 0 0 1 0 0 0 1 r02 = 0 1 0 0 0 1 1 0 0 r03 = 0 0 1 1 0 0 0 1 0 对称性不是R3c，而且布拉菲对称和晶体对称也不一样 不知道是哪个地方的原因，麻烦了，帮我看看，谢谢 |
7楼2014-10-06 13:05:50
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franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:37:11
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:37:11
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计算的结果和前面所设置的原子坐标不一样 ============================================================== 这里的计算结果是转换之后的原子坐标，而输入文件中的是分数坐标，肯定不会一样。 对称性不是R3c ============================================================== 这个R3c是从哪里得到的？BerkeleyGW不使用 k ～ -k对称性，因此可能和其它程序给出的结果不一样。我就遇到过和qe结果不一样的情况。 而且布拉菲对称和晶体对称也不一样 ============================================================== 这个上面已经提过了。 |
8楼2014-10-06 15:23:14
xiaoxiao45
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我的数据是用的是cta Materialia 59 (2011) 4229–4234 原子分数坐标是按照Wyckoff position设置的，对称性为R3c，然后我把所有的位置数据拷贝到WFN.in中，只是不知道lattice vector (WFN.in 文件需要输入的)怎么计算, 然后用你所说的方法先算scf（pw.x），进而把计算结果带到WFN.in中计算，得到的WFN.log文件，文件中有布拉菲对称和晶体对称性，结果得不到R3c的结果，因为我感觉如果得不到所需要的结果，那么后面得到约化的K-point是不是也不对。 那么接来的wfn_q和wfn_co就无法计算了。 所以，这几天一直纠结着这问题，头发又掉不少，不知道liqizuiyang遇到过此类问题没？ 求帮忙指条明路 |
9楼2014-10-06 18:07:31
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10楼2014-10-07 16:20:13
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