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六世之爱

铜虫 (小有名气)

[求助] gaussian运算出错，贴出log和输入文件求高手给指点一下

我做的是卟啉分子的结构优化，结果运算死掉了。看过log文件和输入文件对比，我有这么几个疑问啊：一个是我的输入文件和log文件计算到死掉的这一步差距挺大的，是不是说明我的初始构型很不合理。第二我看log文件里面有一句话Number of steps in this run=    552 maximum allowed number of steps=    552.
这句话的意思是表示我这个计算已经运算到最大迭代次数了吗？第三个就是我的高斯输入文件只是经过了AM1优化然后就作为输入文件了，请问像这种大体系的一般应该怎么样做一个比较合理的输入文件呢？
本人自学高斯，非常小白，请大家帮忙，谢谢啦。
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    • 2012-06-06 10:59:08, 118.32 K
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1楼 2012-06-06 10:59:36
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gujing136

禁虫 (文坛精英)
★ ★
zhou2009: 金币+2 2012-06-06 14:31:08
先用小方法和小机组优化，然后再用大一点的

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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叫老猫的兔子
2楼2012-06-06 12:48:30
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gujing136

禁虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
六世之爱: 金币+15, ★★★很有帮助, 非常感谢，呵呵 2012-06-07 15:51:32
先用小方法和小机组优化，然后再用大一点的

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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叫老猫的兔子
3楼2012-06-06 12:48:39
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冰冰逛论坛

新虫 (小有名气)
感谢参与，应助指数 +1
uuv2010: 应助指数-1, 发布无用信息应助并赚取应助指数 2012-06-06 15:03:45
也许有的时候很努力了也达不到预计的效果，也许有的时候怎么做也做不好，也许无数眼泪在夜晚尝了又尝，也许很多事情不是我们可以掌握的，不过没关系。生命必须有裂缝，阳光才能照的进来
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4楼2012-06-06 13:30:18
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六世之爱

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gujing136 at 2012-06-06 12:48:39
先用小方法和小机组优化，然后再用大一点的

参考了一下组里面成功运算的卟啉计算，发现刚开始结构不太合理，卟吩没有画成共轭的大π键。
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5楼2012-06-07 15:51:01
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superrice

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+2 2012-06-07 20:17:29
六世之爱: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 太感谢啦。 2012-06-07 20:18:30
我下了你的文件看了下，Error in internal coordinate system。好像是坐标系出错了，你用卡迪尔坐标试试看。一般来说跟有没有画键没有关系，只跟原子间距离有关。你只要构型对了，你画不画都一样的。
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6楼2012-06-07 20:00:48
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六世之爱

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by superrice at 2012-06-07 20:00:48
我下了你的文件看了下，Error in internal coordinate system。好像是坐标系出错了，你用卡迪尔坐标试试看。一般来说跟有没有画键没有关系，只跟原子间距离有关。你只要构型对了，你画不画都一样的。

谢谢啦，非常感谢，我回去就改了试一试。你的意思就是在输入命令让它只用卡迪尔坐标系？我记得好像有这个关键字来着，忘记是什么了，呵呵
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7楼2012-06-07 20:18:14
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superrice

木虫 (正式写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 六世之爱 at 2012-06-07 20:18:14
谢谢啦，非常感谢，我回去就改了试一试。你的意思就是在输入命令让它只用卡迪尔坐标系？我记得好像有这个关键字来着，忘记是什么了，呵呵...

好像在生成输入文件的时候有笛卡尔坐标系的选项的。
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8楼2012-06-07 20:25:13
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六世之爱

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by superrice at 2012-06-07 20:25:13
好像在生成输入文件的时候有笛卡尔坐标系的选项的。...

不是打关键字吗？你是说在GV里面选？
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9楼2012-06-07 20:28:57
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superrice

木虫 (正式写手)
嗯，保存的时候可以选吧，关键字的话我不太清楚，看看说明书吧

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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10楼2012-06-07 21:06:31
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