| 查看: 2236 | 回复: 14 | ||
xiaoxiao45至尊木虫 (正式写手)
|
[求助]
berkeleygw 输入文件问题 已有1人参与
|
|
有哪位大神指导一下berkeleygw中的WFN.in文件lattice vector怎么计算的吗？为什么kgrid.x运行后bravais lattice和crystal 的space group总是对不上？谢谢了 另外知道晶体的point group: R3c a=b=c= 5.667 alfa=beta=gama=59.17 原子坐标 1 Bi，2 Fe，3 O 1 0.00000000 0.00000000 0.00000000 1 0.50000000 0.50000000 0.50000000 2 0.22120000 0.22120000 0.22120000 2 0.72120000 0.72120000 0.72120000 3 0.53500000 0.94000000 0.39400000 3 0.94000000 0.39400000 0.53500000 3 0.03500000 0.89400000 0.44000000 3 0.39400000 0.53500000 0.94000000 3 0.89400000 0.44000000 0.03500000 3 0.44000000 0.03500000 0.89400000 |
回复此楼» 猜你喜欢
化工专硕342，一志愿大连理工大学，求调剂
已经有4人回复
-
0856化工专硕求调剂
已经有8人回复
-
材料学硕318求调剂
已经有10人回复
-
0805总分292，求调剂
已经有4人回复
-
285求调剂
已经有8人回复
-
刚录用，没有期刊号，但是在线可看的论文可以放为代表作吗
已经有3人回复
-
0856求调剂285
已经有7人回复
-
313求调剂
已经有3人回复
-
材料化工调剂
已经有10人回复
-
295求调剂
已经有6人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 有好心人帮我算算分子的HOMO,跟LUMO么？？？我有输入文件
已经有4人回复
- 求助高斯文件输入
已经有5人回复
- 请做过Partical charge density的前辈进来帮忙看看输入文件有何问题？
已经有8人回复
- 新手求助，输入文件出错，麻烦看下
已经有10人回复
- 求助输入文件错误
已经有9人回复
- Gaussian 输入文件中T是代表什么，知道的大神，麻烦回复打几个字，谢谢了啊！
已经有5人回复
- 新手求助高斯输入文件写法，求大神帮忙
已经有8人回复
- 自学求助输入文件，谢谢
已经有8人回复
- win7里写好的输入文件 放到Linux里运行就出错
已经有4人回复
- 输入文件有什么错误
已经有8人回复
- 输入文件中的原子位置怎么写
已经有4人回复
- 请大家帮忙看看siesta输入文件有哪些错误
已经有8人回复
- GaussianView内坐标格式的输入文件解释和QST2问题?
已经有7人回复
- gaussian运算出错，贴出log和输入文件求高手给指点一下
已经有9人回复
- gaussian 09 做好输入文件后总是关联不上，总说找不到文件，请高手指点！
已经有16人回复
- 求助：dushin程序输入文件无法读取！！！1
已经有10人回复
- 【求助】高斯b3lyp/VDZ的输入文件写法
已经有14人回复
liqizuiyang
木虫 (著名写手)
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 6859.5
- 散金: 261
- 红花: 94
- 帖子: 2093
- 在线: 708.9小时
- 虫号: 2366686
- 注册: 2013-03-21
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2014-10-05 16:34:00
xiaoxiao45
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 19382.3
- 散金: 10
- 红花: 14
- 帖子: 734
- 在线: 676.1小时
- 虫号: 997096
- 注册: 2010-04-15
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
3楼2014-10-05 23:17:38
liqizuiyang
木虫 (著名写手)
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 6859.5
- 散金: 261
- 红花: 94
- 帖子: 2093
- 在线: 708.9小时
- 虫号: 2366686
- 注册: 2013-03-21
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
★ ★ ★ ★ ★
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:36:41
franch: 金币+5, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:36:41
|
如果用QE算DFT部分，有个简便方法。 先进行scf计算，输出文件中这一部分就是基矢坐标： crystal axes: (cart. coord. in units of alat) a(1) = ( 4.582581 4.582581 0.000000 ) a(2) = ( 0.000000 4.582581 4.582581 ) a(3) = ( 4.582581 0.000000 4.582581 ) 这一部分就是同一坐标系下的原子坐标： Cartesian axes site n. atom positions (alat units) 1 O tau( 1) = ( 2.3756976 2.2068836 2.3756976 ) 2 O tau( 2) = ( 4.6669876 4.4981749 2.3756989 ) 3 O tau( 3) = ( 2.3756989 4.4981749 4.6669876 ) 4 O tau( 4) = ( 4.6669876 6.7894636 4.6669876 ) 5 O tau( 5) = ( 4.4981749 2.3756989 4.4981749 ) 6 O tau( 6) = ( 6.7894636 4.6669876 4.4981749 ) 7 O tau( 7) = ( 4.4981749 4.6669876 6.7894636 ) 8 O tau( 8) = ( 6.7894648 6.9582788 6.7894648 ) 9 Mg tau( 9) = ( 2.2912906 0.0000000 2.2912906 ) 10 Mg tau( 10) = ( 4.5825812 2.2912906 2.2912906 ) 11 Mg tau( 11) = ( 2.2912906 2.2912906 4.5825812 ) 12 Mg tau( 12) = ( 4.5825812 4.5825812 4.5825812 ) 13 Ca tau( 13) = ( 0.0000000 0.0000000 0.0000000 ) 14 Ca tau( 14) = ( 2.2912906 2.2912906 0.0000000 ) 15 Ca tau( 15) = ( 0.0000000 2.2912906 2.2912906 ) 16 Ca tau( 16) = ( 2.2912906 4.5825812 2.2912906 ) |
4楼2014-10-06 10:00:31
xiaoxiao45
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 19382.3
- 散金: 10
- 红花: 14
- 帖子: 734
- 在线: 676.1小时
- 虫号: 997096
- 注册: 2010-04-15
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
|
你好，感觉还是不行，我把scf的输入文件给你看看，看看是不是哪出问题了 &control prefix = 'BFO' calculation = 'scf' restart_mode = 'from_scratch' wf_collect = .false. tstress = .true. tprnfor = .true. outdir = './' wfcdir = './' pseudo_dir = './' / &system ibrav = 5 celldm(1) = 10.71 celldm(4) = 0.5125 nat = 10 ntyp = 3 nbnd = 55 ecutwfc = 140.0 / &electrons electron_maxstep = 100 conv_thr = 1.0d-10 mixing_mode = 'plain' mixing_beta = 0.7 mixing_ndim = 8 diagonalization = 'david' diago_david_ndim = 4 diago_full_acc = .true. / ATOMIC_SPECIES Bi 208.98 Bi.UPF Fe 55.845 Fe.UPF O 15.999 O.UPF ATOMIC_POSITIONS crystal Bi 0.00000000 0.00000000 0.00000000 Bi 0.50000000 0.50000000 0.50000000 Fe 0.22120000 0.22120000 0.22120000 Fe 0.72120000 0.72120000 0.72120000 O 0.53500000 0.94000000 0.39400000 O 0.94000000 0.39400000 0.53500000 O 0.03500000 0.89400000 0.44000000 O 0.39400000 0.53500000 0.94000000 O 0.89400000 0.44000000 0.03500000 O 0.44000000 0.03500000 0.89400000 K_POINTS automatic 5 5 5 1 1 1 |
5楼2014-10-06 10:34:25
liqizuiyang
木虫 (著名写手)
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 6859.5
- 散金: 261
- 红花: 94
- 帖子: 2093
- 在线: 708.9小时
- 虫号: 2366686
- 注册: 2013-03-21
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
6楼2014-10-06 11:36:32
xiaoxiao45
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 19382.3
- 散金: 10
- 红花: 14
- 帖子: 734
- 在线: 676.1小时
- 虫号: 997096
- 注册: 2010-04-15
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
|
我运行scf，然后out文件 crystal axes: (cart. coord. in units of alat) a(1) = ( 0.493710 -0.285044 0.821584 ) a(2) = ( 0.000000 0.570088 0.821584 ) a(3) = ( -0.493710 -0.285044 0.821584 ) site n. atom positions (alat units) 1 Bi tau( 1) = ( 0.0000000 0.0000000 0.0000000 ) 2 Bi tau( 2) = ( 0.0000000 -0.0000000 1.2323758 ) 3 Fe tau( 3) = ( 0.0000000 -0.0000000 0.5452030 ) 4 Fe tau( 4) = ( 0.0000000 -0.0000000 1.7775788 ) 5 O tau( 5) = ( 0.0696132 0.2710767 1.5355402 ) 6 O tau( 6) = ( 0.1999527 -0.1958251 1.5355402 ) 7 O tau( 7) = ( -0.1999527 0.3742626 1.1247483 ) 8 O tau( 8) = ( -0.2695659 -0.0752516 1.5355402 ) 9 O tau( 9) = ( 0.4240973 -0.0139671 1.1247483 ) 10 O tau( 10) = ( -0.2241445 -0.3602954 1.1247483 ) 计算的结果和前面所设置的原子坐标不一样，然后我又拿这些原子坐标和布拉菲坐标放入WFN.in进行kgrid.x的计算 WFN.log的结果如下 symmetries of the Bravais lattice Space group 166, symbol R-3m r01 = 1 0 0 0 1 0 0 0 1 r02 = 0 0 -1 0 -1 0 -1 0 0 r03 = -1 0 0 0 0 -1 0 -1 0 r04 = 0 1 0 0 0 1 1 0 0 r05 = -1 0 0 0 -1 0 0 0 -1 r06 = 0 0 1 0 1 0 1 0 0 r07 = 1 0 0 0 0 1 0 1 0 r08 = 0 -1 0 0 0 -1 -1 0 0 r09 = 0 0 -1 -1 0 0 0 -1 0 r10 = 0 1 0 1 0 0 0 0 1 r11 = 0 0 1 1 0 0 0 1 0 r12 = 0 -1 0 -1 0 0 0 0 -1 symmetries of the crystal Space group 146, symbol R3 r01 = 1 0 0 0 1 0 0 0 1 r02 = 0 1 0 0 0 1 1 0 0 r03 = 0 0 1 1 0 0 0 1 0 对称性不是R3c，而且布拉菲对称和晶体对称也不一样 不知道是哪个地方的原因，麻烦了，帮我看看，谢谢 |
7楼2014-10-06 13:05:50
liqizuiyang
木虫 (著名写手)
- 应助: 59 (初中生)
- 金币: 6859.5
- 散金: 261
- 红花: 94
- 帖子: 2093
- 在线: 708.9小时
- 虫号: 2366686
- 注册: 2013-03-21
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
★ ★ ★
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:37:11
franch: 金币+3, 谢谢回帖交流。。。 2014-10-06 23:37:11
|
计算的结果和前面所设置的原子坐标不一样 ============================================================== 这里的计算结果是转换之后的原子坐标，而输入文件中的是分数坐标，肯定不会一样。 对称性不是R3c ============================================================== 这个R3c是从哪里得到的？BerkeleyGW不使用 k ～ -k对称性，因此可能和其它程序给出的结果不一样。我就遇到过和qe结果不一样的情况。 而且布拉菲对称和晶体对称也不一样 ============================================================== 这个上面已经提过了。 |
8楼2014-10-06 15:23:14
xiaoxiao45
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 19382.3
- 散金: 10
- 红花: 14
- 帖子: 734
- 在线: 676.1小时
- 虫号: 997096
- 注册: 2010-04-15
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
|
我的数据是用的是cta Materialia 59 (2011) 4229–4234 原子分数坐标是按照Wyckoff position设置的，对称性为R3c，然后我把所有的位置数据拷贝到WFN.in中，只是不知道lattice vector (WFN.in 文件需要输入的)怎么计算, 然后用你所说的方法先算scf（pw.x），进而把计算结果带到WFN.in中计算，得到的WFN.log文件，文件中有布拉菲对称和晶体对称性，结果得不到R3c的结果，因为我感觉如果得不到所需要的结果，那么后面得到约化的K-point是不是也不对。 那么接来的wfn_q和wfn_co就无法计算了。 所以，这几天一直纠结着这问题，头发又掉不少，不知道liqizuiyang遇到过此类问题没？ 求帮忙指条明路 |
9楼2014-10-06 18:07:31
xiaoxiao45
至尊木虫 (正式写手)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 19382.3
- 散金: 10
- 红花: 14
- 帖子: 734
- 在线: 676.1小时
- 虫号: 997096
- 注册: 2010-04-15
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
10楼2014-10-07 16:20:13
