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新虫 (初入文坛)

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[求助] Gaussian输入文件使用内坐标的问题已有1人参与

大家好！新虫一枚，最近在使用内坐标时遇到一些问题，希望各位大神能指点一二，或者推荐一些相关文献资料，谢谢：

问题一：对于线性分子体系，可以直接使用内坐标（即Z矩阵）吗？或者必须加入虚原子？

问题二：对于没有加入虚原子的线性分子体系，使用Gauss View打开输入文件，另存为分子内坐标时，提示错误“Bad dihedral angle coordinate for atom 4, consider reordering atoms. Writing Cartesian instead of internal coordinates”.输出文件中任然是笛卡尔坐标。该怎么解决这个问题呢？

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1楼2015-06-06 10:04:30

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枪下游魂

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【答案】应助回帖

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_Smile_: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2015-06-09 19:25:59

第一个问题，因为内坐标中键角不能大于等于180，所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题，提示说内坐标的二面角设置有问题，建议你重新给原子编号。

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2楼2015-06-08 09:41:35

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-06-08 09:41:35
第一个问题，因为内坐标中键角不能大于等于180，所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题，提示说内坐标的二面角设置有问题，建议你重新给原子编号。

终于有人应助了！！！

你好，大神：
问题一，刚刚查到，Gaussian网站，“......Geometry optimizations in internal coordinates are unable to handle bond angles of 180 degrees which occur in linear molecular fragments......”因此建议使用虚原子解决。我十分赞同你对问题一的解答！
问题二，我会按你说的方法尝试一下。另，我觉得还要同时加入虚原子。
再次感谢你！

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3楼2015-06-08 16:09:40

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