24小时热门版块排行榜    

查看: 1995  |  回复: 5

_Smile_

新虫 (初入文坛)

[求助] Gaussian输入文件使用内坐标的问题 已有1人参与

大家好!新虫一枚,最近在使用内坐标时遇到一些问题,希望各位大神能指点一二,或者推荐一些相关文献资料,谢谢:

问题一:对于线性分子体系,可以直接使用内坐标(即Z矩阵)吗?或者必须加入虚原子?

问题二:对于没有加入虚原子的线性分子体系,使用Gauss View打开输入文件,另存为分子内坐标时,提示错误“Bad dihedral angle coordinate for atom 4, consider reordering atoms. Writing Cartesian instead of internal coordinates”.输出文件中任然是笛卡尔坐标。该怎么解决这个问题呢?
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
_Smile_: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2015-06-09 19:25:59
第一个问题,因为内坐标中键角不能大于等于180,所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题,提示说内坐标的二面角设置有问题,建议你重新给原子编号。
2楼2015-06-08 09:41:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_Smile_

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-06-08 09:41:35
第一个问题,因为内坐标中键角不能大于等于180,所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题,提示说内坐标的二面角设置有问题,建议你重新给原子编号。

终于有人应助了!!!
你好,大神:
问题一,刚刚查到,Gaussian网站,“......Geometry optimizations in internal coordinates are unable to handle bond angles of 180 degrees which occur in linear molecular fragments......”因此建议使用虚原子解决。我十分赞同你对问题一的解答!
问题二,我会按你说的方法尝试一下。另,我觉得还要同时加入虚原子。
再次感谢你!
3楼2015-06-08 16:09:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

十年磨练

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-06-08 09:41:35
第一个问题,因为内坐标中键角不能大于等于180,所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题,提示说内坐标的二面角设置有问题,建议你重新给原子编号。

你好
对于使用内坐标的文件,只有线性分子需要添加虚原子,其他结构的有需要吗?
时刻保持虚心学习的态度
4楼2015-06-08 21:30:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

_Smile_

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 十年磨练 at 2015-06-08 21:30:21
你好
对于使用内坐标的文件,只有线性分子需要添加虚原子,其他结构的有需要吗?...

除了线性体系,好像还有对称性比较好的体系,具体情况建议你到这个网站查一下http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/c_zmat.htm
5楼2015-06-09 09:54:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

十年磨练

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by _Smile_ at 2015-06-09 09:54:56
除了线性体系,好像还有对称性比较好的体系,具体情况建议你到这个网站查一下http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/c_zmat.htm...

好的,谢谢你了
时刻保持虚心学习的态度
6楼2015-06-09 11:02:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 _Smile_ 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 人气不行了 +11 fansofjerry 2026-08-21 11/550 2026-08-25 11:04 by 孤独的英雄6
[教师之家] 导师吐槽:我怎么摊上了这么个极品研究生! +3 苏东坡二世 2026-08-23 3/150 2026-08-25 10:35 by shisan1313
[基金申请] 2026年的国家社科基金项目通讯评审的新规则与新动向、新挑战 +5 process2012 2026-08-23 7/350 2026-08-25 09:42 by huixian257
[基金申请] 今天基金会出结果吗?20260819 +17 kkkl_v 2026-08-19 18/900 2026-08-25 09:41 by windflowerwy
[基金申请] 我面上完蛋了 +13 且听虎啸 2026-08-20 14/700 2026-08-25 09:10 by mrkang
[基金申请] 范进中举一文的中心思想 +7 炎黄贵胄 2026-08-22 8/400 2026-08-25 08:48 by ZJTJZ
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +25 yaoyewhu2008 2026-08-20 27/1350 2026-08-25 08:01 by Equinoxhua
[基金申请] 明天应该可查了!? +5 chengyan1220 2026-08-23 5/250 2026-08-24 23:28 by 我4大白菜
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑,不妨来听听这首《基金之外》 +7 scalable 2026-08-24 7/350 2026-08-24 23:01 by anata1209
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +7 图啦图啦 2026-08-24 8/400 2026-08-24 22:00 by maomao_da
[基金申请] 今日不放榜?网传国自然预计 8 月 27 日可查结果 +17 医学老男孩 2026-08-20 21/1050 2026-08-24 14:21 by refreshing11
[基金申请] 朋友圈看到的 +7 wangzilk 2026-08-18 9/450 2026-08-24 10:50 by cmrandy
[基金申请] 放榜前的不淡定 20+4 snowwithsea 2026-08-19 17/850 2026-08-24 10:20 by echo8914667
[基金申请] 什么时候开奖? +10 CrisMessi 2026-08-18 11/550 2026-08-24 06:50 by 开心的小狮子
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办? +5 简单化xn 2026-08-22 10/500 2026-08-23 12:38 by 简单化xn
[基金申请] 时间戳今天,20号变了 +5 archvillain 2026-08-20 5/250 2026-08-22 06:12 by hui_daxiao
[基金申请] 看来今天不会放榜了? +8 chengyan1220 2026-08-21 11/550 2026-08-21 17:52 by dcqxinyang
[基金申请] 应该是下周三26日公布了吧? +4 哈哈蛤? 2026-08-21 4/200 2026-08-21 10:58 by Vivilian
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +9 yuleib84 2026-08-19 11/550 2026-08-21 10:06 by gltch
[基金申请] 明天放榜? +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
信息提示
请填处理意见