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铁杆木虫 (著名写手)

[求助] gaussian的bug?优化出来的的分子最后变成一个球,贴出来大家帮我分析一哈

输入文件:
%chk=G3B3-TS-H2C2O.chk
%nprocshared=4
# QCISD(maxcyc=300) iop(1/8=15) scf=(maxcyc=500) G3B3 OPT=(TS,CALCFC,Cartesian,noeigen,MAXCYC=300) Test

opt

0 1
C                  0.00000000    0.00000000    0.00000000
C                  0.00000000    0.00000000    1.23160350
O                  0.47198919    0.00000000   -1.19760135
H                  1.29340600    0.02786975    0.26215300
H                  0.15541006    0.00919037    2.28213569
out文件输出最后几行:
此处略去若干行
-----------------------------------------------------------------   
#N Geom=AllCheck Guess=TCheck SCRF=Check Test B3LYP/6-31G(d) Freq   
-----------------------------------------------------------------   
此处略去若干行

Harmonic frequencies (cm**-1), IR intensities (KM/Mole), Raman scattering                                       
activities (A**4/AMU), depolarization ratios for plane and unpolarized                                          
incident light, reduced masses (AMU), force constants (mDyne/A),                                                
and normal coordinates:                                                                                         
                    1                      2                      3                                             
                    A                      A                      A                                             
Frequencies -- -1594.5638               178.7852               352.7541                                         
Red. masses --     1.1427                 1.6955                 6.8352                                         
Frc consts  --     1.7119                 0.0319                 0.5011                                         
IR Inten    --   470.5576                65.5922                 5.5630                                         
Atom  AN      X      Y      Z        X      Y      Z        X      Y      Z                                    
    1   6     0.08  -0.05   0.00     0.00   0.00  -0.16     0.01   0.60   0.00                                 
    2   6     0.00   0.00   0.00     0.00   0.00   0.19     0.06  -0.31   0.00                                 
    3   8     0.00   0.05   0.00     0.00   0.00   0.03    -0.02  -0.22   0.00                                 
    4   1    -0.97  -0.20   0.00     0.00   0.00   0.17    -0.57   0.32   0.00                                 
    5   1     0.01  -0.05   0.00     0.00   0.00  -0.95     0.05  -0.23   0.00                                 
                    4                      5                      6                                             
                    A                      A                      A                                             
Frequencies --   499.3449               580.4979              1113.5454                                         
Red. masses --     2.7412                 1.1625                 9.0119                                         
Frc consts  --     0.4027                 0.2308                 6.5839                                         
IR Inten    --     1.4162                50.7731               112.9842                                         
Atom  AN      X      Y      Z        X      Y      Z        X      Y      Z                                    
    1   6     0.00   0.00   0.34     0.00   0.01   0.00     0.19  -0.04   0.00                                 
    2   6     0.00   0.00  -0.08    -0.01   0.11   0.00     0.50   0.02   0.00                                 
    3   8     0.00   0.00  -0.16     0.00  -0.03   0.00    -0.57   0.01   0.00                                 
    4   1     0.00   0.00   0.21     0.02   0.02   0.00     0.23  -0.10   0.00                                 
    5   1     0.00   0.00  -0.90     0.20  -0.97   0.00     0.56   0.09   0.00                                 
                    7                      8                      9                                             
                    A                      A                      A                                             
Frequencies --  2097.8871              2634.9879              3499.8809                                         
Red. masses --     5.1545                 1.0806                 1.1359                                         
Frc consts  --    13.3660                 4.4203                 8.1979                                         
IR Inten    --   181.8309               140.6532                99.4812                                         
Atom  AN      X      Y      Z        X      Y      Z        X      Y      Z                                    
    1   6     0.49   0.06   0.00    -0.04   0.06   0.00    -0.02   0.00   0.00                                 
    2   6    -0.33  -0.01   0.00     0.01   0.00   0.00     0.10   0.02   0.00                                 
    3   8    -0.12  -0.02   0.00     0.01   0.01   0.00     0.00   0.00   0.00                                 
    4   1     0.49  -0.27   0.00     0.13  -0.99   0.00    -0.02  -0.02   0.00                                 
    5   1    -0.56  -0.02   0.00     0.05  -0.01   0.00    -0.97  -0.19   0.00                                 
                                                                                                               
-------------------                                                                                             
- Thermochemistry -                                                                                             
-------------------                                                                                             
Temperature   298.150 Kelvin.  Pressure   1.00000 Atm.                                                         
Atom     1 has atomic number  6 and mass  12.00000                                                              
Atom     2 has atomic number  6 and mass  12.00000                                                              
Atom     3 has atomic number  8 and mass  15.99491                                                              
Atom     4 has atomic number  1 and mass   1.00783                                                              
Atom     5 has atomic number  1 and mass   1.00783                                                              
Molecular mass:    42.01056 amu.                                                                                
Principal axes and moments of inertia in atomic units:                                                         
                          1         2         3                                                                 
    Eigenvalues --     4.41160 180.05939 184.47093                                                              
          X            1.00000   0.00078   0.00008                                                              
          Y           -0.00078   1.00000  -0.00002                                                              
          Z           -0.00008   0.00002   1.00000                                                              
This molecule is an asymmetric top.                                                                             
Rotational symmetry number  1.                                                                                 
Rotational temperatures (Kelvin)     19.63318     0.48103     0.46953                                          
Rotational constants (GHZ):         409.08960    10.02303     9.78334                                          
   1 imaginary frequencies ignored.                                                                             
Zero-point vibrational energy      65541.5 (Joules/Mol)                                                         
                                  15.66479 (Kcal/Mol)                                                           
Warning -- explicit consideration of   4 degrees of freedom as                                                  
          vibrations may cause significant error                                                               
Vibrational temperatures:    257.23   507.53   718.45   835.21  1602.14                                         
         (Kelvin)           3018.39  3791.16  5035.54                                                           
                                                                                                               
Zero-point correction=                           0.024963 (Hartree/Particle)                                    
Thermal correction to Energy=                    0.029169                                                      
Thermal correction to Enthalpy=                  0.030113                                                      
Thermal correction to Gibbs Free Energy=         0.000914                                                      
Sum of electronic and zero-point Energies=           -152.411778                                                
Sum of electronic and thermal Energies=              -152.407573                                                
Sum of electronic and thermal Enthalpies=            -152.406628                                                
Sum of electronic and thermal Free Energies=         -152.435827                                                
                                                                                                               
                    E (Thermal)             CV                S                                                
                     KCal/Mol        Cal/Mol-Kelvin    Cal/Mol-Kelvin                                          
Total                   18.304             12.002             61.454                                            
Electronic               0.000              0.000              0.000                                            
Translational            0.889              2.981             37.133                                            
Rotational               0.889              2.981             19.622                                            
Vibrational             16.526              6.041              4.699                                            
Vibration     1          0.629              1.868              2.341                                            
Vibration     2          0.729              1.570              1.154                                            
Vibration     3          0.855              1.251              0.660                                            
Vibration     4          0.937              1.073              0.484                                            
                      Q            Log10(Q)             Ln(Q)                                                   
Total Bot       0.379786D+00         -0.420461         -0.968148                                                
Total V=0       0.115319D+12         11.061900         25.470965                                                
Vib (Bot)       0.818897D-11        -11.086771        -25.528233                                                
Vib (Bot)    1  0.112389D+01          0.050723          0.116795                                                
Vib (Bot)    2  0.522089D+00         -0.282256         -0.649918                                                
Vib (Bot)    3  0.329329D+00         -0.482370         -1.110699                                                
Vib (Bot)    4  0.262372D+00         -0.581083         -1.337994                                                
Vib (V=0)       0.248651D+01          0.395590          0.910880                                                
Vib (V=0)    1  0.173009D+01          0.238069          0.548174                                                
Vib (V=0)    2  0.122289D+01          0.087389          0.201221                                                
Vib (V=0)    3  0.109871D+01          0.040884          0.094140                                                
Vib (V=0)    4  0.106466D+01          0.027210          0.062654                                                
Electronic      0.100000D+01          0.000000          0.000000                                                
Translational   0.107027D+08          7.029493         16.186006                                                
Rotational      0.433328D+04          3.636817          8.374079                                                
***** Axes restored to original set *****                                                                       
-------------------------------------------------------------------                                             
Center     Atomic                   Forces (Hartrees/Bohr)                                                      
Number     Number              X              Y              Z                                                  
-------------------------------------------------------------------                                             
     1        6           0.000030229   -0.000044791   -0.000070288                                             
     2        6          -0.000022673    0.000019772    0.000101038                                             
     3        8          -0.000008997    0.000023758    0.000039096                                             
     4        1           0.000002888   -0.000000825   -0.000015283                                             
     5        1          -0.000001447    0.000002086   -0.000054562                                             
-------------------------------------------------------------------                                             
Cartesian Forces:  Max     0.000101038 RMS     0.000040310                                                      
                                                                                                               
GradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGradGrad                                       
Berny optimization.                                                                                             
NTrRot=    -1 NTRed=     8 NAtoms=     5 NSkip=    -1 IsLin=F                                                   
Problem with coordinate system.                                                                                 
Error termination via Lnk1e in /home-gk/users/nscc229_ZY/software/g09/l103.exe at Tue Oct  9 22:17:24 2012.     
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes 20.9 seconds.                                                         
File lengths (MBytes):  RWF=      5 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1 Scr=      1
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beefly

专家顾问 (职业作家)

地沟油冶炼专家

从哪看出来是个球呢?你不会是把Forces输出当成坐标了吧?
beefly《西太平洋大学现代英汉词典》[bi:fli]牛肉一般地
2楼2012-10-10 00:21:54
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467266420

铁杆木虫 (著名写手)

囧,真是的
但这L103报错一直存在,调整结构,强制内坐标优化都不凑效!
3楼2012-10-10 08:43:24
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我见过,记得貌似还是输入文件的错误,好像是坐标本身就不对。
快乐吧
4楼2012-10-10 09:28:50
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

467266420

铁杆木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
小红豆: 金币+5, 谢谢分享经验 2012-10-10 18:56:50
问题还是解决了。
总结一哈:对于呈直线型的分子,引入鬼原子是不错的选择。
5楼2012-10-10 10:19:27
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