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_Smile_

新虫 (初入文坛)

[求助] Gaussian输入文件使用内坐标的问题 已有1人参与

大家好!新虫一枚,最近在使用内坐标时遇到一些问题,希望各位大神能指点一二,或者推荐一些相关文献资料,谢谢:

问题一:对于线性分子体系,可以直接使用内坐标(即Z矩阵)吗?或者必须加入虚原子?

问题二:对于没有加入虚原子的线性分子体系,使用Gauss View打开输入文件,另存为分子内坐标时,提示错误“Bad dihedral angle coordinate for atom 4, consider reordering atoms. Writing Cartesian instead of internal coordinates”.输出文件中任然是笛卡尔坐标。该怎么解决这个问题呢?
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
_Smile_: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2015-06-09 19:25:59
第一个问题,因为内坐标中键角不能大于等于180,所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题,提示说内坐标的二面角设置有问题,建议你重新给原子编号。
2楼2015-06-08 09:41:35
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_Smile_

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-06-08 09:41:35
第一个问题,因为内坐标中键角不能大于等于180,所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题,提示说内坐标的二面角设置有问题,建议你重新给原子编号。

终于有人应助了!!!
你好,大神:
问题一,刚刚查到,Gaussian网站,“......Geometry optimizations in internal coordinates are unable to handle bond angles of 180 degrees which occur in linear molecular fragments......”因此建议使用虚原子解决。我十分赞同你对问题一的解答!
问题二,我会按你说的方法尝试一下。另,我觉得还要同时加入虚原子。
再次感谢你!
3楼2015-06-08 16:09:40
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十年磨练

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2015-06-08 09:41:35
第一个问题,因为内坐标中键角不能大于等于180,所以我的理解是直线型的3+原子分子应该要用虚原子。
第二个问题,提示说内坐标的二面角设置有问题,建议你重新给原子编号。

你好
对于使用内坐标的文件,只有线性分子需要添加虚原子,其他结构的有需要吗?
时刻保持虚心学习的态度
4楼2015-06-08 21:30:21
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_Smile_

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 十年磨练 at 2015-06-08 21:30:21
你好
对于使用内坐标的文件,只有线性分子需要添加虚原子,其他结构的有需要吗?...

除了线性体系,好像还有对称性比较好的体系,具体情况建议你到这个网站查一下http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/c_zmat.htm
5楼2015-06-09 09:54:56
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十年磨练

木虫 (正式写手)

引用回帖:
5楼: Originally posted by _Smile_ at 2015-06-09 09:54:56
除了线性体系,好像还有对称性比较好的体系,具体情况建议你到这个网站查一下http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/c_zmat.htm...

好的,谢谢你了
时刻保持虚心学习的态度
6楼2015-06-09 11:02:05
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