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孙1986

金虫 (正式写手)

[交流] 高斯大侠留步，看看这个高斯输入文件有何问题？

#p fopt=(ts z-matrix,calcfc) iop(5/13=1,1/11=1) freq optcyc=500 scf(maxcyc=300) ub3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity

NO+CH2 reaction

0 2
N                  0.00000000    0.00000000   -0.61797712
O                  0.00000000    0.00000000    0.54072998
C                  1.31900152   -1.04941686   -1.22943436
H                  1.31900152   -0.05250786   -1.64471336
H                  1.31900152   -2.04632586   -1.64471336

1 2 2.0
2
3 4 1.0 5 1.0
4
5
自己为高斯菜鸟，现在初学阶段，模拟别人的结果，输入这样一个文件，有错误，请哪位大侠指导一二
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syhu_007012

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临渊羡鱼，不如退而结网
1楼2014-10-22 20:27:10
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xieshen0321

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你不把错误信息贴出来估计神仙也难解啊！！！
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2楼2014-10-22 21:38:53
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meteoric30

木虫 (正式写手)
#p fopt?  多个f吧。。。
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3楼2014-10-23 03:43:31
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阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
帮顶一下，不懂 ~~~~~~~~~~~~~
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自强不息，厚德载物；独立精神，自由思想。
4楼2014-10-23 06:49:21
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高斯技术支持

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
孙1986: 金币+10, 您的解说受益匪浅 2014-10-23 11:11:18
该例子有一定的典型性，有很多高斯初学者会遇到的问题，在此详细讨论一下：
首先，这个输入文件可以运行，但是容易导致错误意想不到的结果
（1）当给出opt=z-matrix时，高斯会去读取输入文件中的Z-matrix以及变量。可是楼主给出的是直角坐标(cartesian)，所以程序会按照opt=cartesian来进行优化。参考http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_opt.htm
（When a Z-matrix without any variables is used for the molecule specification, and Opt=Z-matrix is specified, then the optimization will actually be performed in Cartesian coordinates.）
使用该方法(opt=cartesian)收敛速度远远低于默认的冗余内坐标(redundant internal coordinate)
（2) fopt是配合opt=z-matrix使用的，要求对所有变量进行优化。这个选项现在已经很少人用了，通常直接使用opt即可。
（3）iop(5/13=1,1/11=1)。iop(5/13)=1要求哪怕SCF不收敛都继续计算，该选项是用来调试用的，在实际应用中不应该出现。iop(1/11=1）即noeigentest，建议在结构已经很接近过渡态时使用，否则容易得到其他意想不到的虚频，比如甲基旋转。一般的建议是，能使用关键词尽量避免使用IOP。首先IOP在多步计算中（比如opt freq）只能适用于第一步，而使用关键词对所有步骤都适用。此外，在不同版本的高斯程序中，IOP参数可能会发生改变。
（4）optcyc=N, 即opt(maxcyc=N)，还有scf(maxcyc=300)。如果结构或者SCF不收敛，增大默认的周期数通常不会有改善，反而耗费更多的计算时间。
（5) 如果optcyc写成opt(maxcyc=N)，同时又使用opt=(ts,z-matrix)，同一个opt出现两次，这种情况应该避免，因为程序在生成非标准输入（即输出文件开始部分生成的一大堆IOP选项）时会对相同选项进行加和，可能导致意想不到的问题。
（6）总的来说，初学高斯，建议从最少的选项开始，完成一个基本计算，然后添加适当的选项以实现额外的功能。直接从其他人那里拷贝过来输入文件，可能适用于特定体系，但不一定在任何情况都适用。尤其是比如IOP（5/13=1），在正式计算中绝对应该避免出现
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5楼2014-10-23 08:57:32
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孙1986

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 高斯技术支持 at 2014-10-23 08:57:32
该例子有一定的典型性，有很多高斯初学者会遇到的问题，在此详细讨论一下：
首先，这个输入文件可以运行，但是容易导致错误意想不到的结果
（1）当给出opt=z-matrix时，高斯会去读取输入文件中的Z-matrix以及变量 ...

谢谢楼主的解说，确实之前的输入文件是参照别人的完全照抄，根本不理解其中的意思，剩下的时间，我会对您的分析参照说明书再好好研究一下。
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临渊羡鱼，不如退而结网
6楼2014-10-23 11:13:28
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fatpig8832

铁杆木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 高斯技术支持 at 2014-10-23 08:57:32
该例子有一定的典型性，有很多高斯初学者会遇到的问题，在此详细讨论一下：
首先，这个输入文件可以运行，但是容易导致错误意想不到的结果
（1）当给出opt=z-matrix时，高斯会去读取输入文件中的Z-matrix以及变量 ...

楼上今天刚注册的ID？莫非真是gaussian官方技术支持？
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7楼2014-10-23 16:50:19
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yongma2008

木虫 (著名写手)

论文？苦！主。
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 高斯技术支持 at 2014-10-23 01:57:32
该例子有一定的典型性，有很多高斯初学者会遇到的问题，在此详细讨论一下：
首先，这个输入文件可以运行，但是容易导致错误意想不到的结果
（1）当给出opt=z-matrix时，高斯会去读取输入文件中的Z-matrix以及变量 ...

官方的么，高大上啊
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8楼2014-10-23 16:52:17
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syhu_007012

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
送红花一朵
是官方的吗？真的很全面

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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9楼2014-10-23 18:52:36
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