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孙1986金虫 (正式写手)
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[交流]
高斯大侠留步，看看这个高斯输入文件有何问题？
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#p fopt=(ts z-matrix,calcfc) iop(5/13=1,1/11=1) freq optcyc=500 scf(maxcyc=300) ub3lyp/6-31g(d,p) geom=connectivity NO+CH2 reaction 0 2 N 0.00000000 0.00000000 -0.61797712 O 0.00000000 0.00000000 0.54072998 C 1.31900152 -1.04941686 -1.22943436 H 1.31900152 -0.05250786 -1.64471336 H 1.31900152 -2.04632586 -1.64471336 1 2 2.0 2 3 4 1.0 5 1.0 4 5 自己为高斯菜鸟，现在初学阶段，模拟别人的结果，输入这样一个文件，有错误，请哪位大侠指导一二 |
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meteoric30
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孙1986: 金币+10, 您的解说受益匪浅 2014-10-23 11:11:18
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孙1986: 金币+10, 您的解说受益匪浅 2014-10-23 11:11:18
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该例子有一定的典型性，有很多高斯初学者会遇到的问题，在此详细讨论一下： 首先，这个输入文件可以运行，但是容易导致错误意想不到的结果 （1）当给出opt=z-matrix时，高斯会去读取输入文件中的Z-matrix以及变量。可是楼主给出的是直角坐标(cartesian)，所以程序会按照opt=cartesian来进行优化。参考http://www.gaussian.com/g_tech/g_ur/k_opt.htm （When a Z-matrix without any variables is used for the molecule specification, and Opt=Z-matrix is specified, then the optimization will actually be performed in Cartesian coordinates.） 使用该方法(opt=cartesian)收敛速度远远低于默认的冗余内坐标(redundant internal coordinate) （2) fopt是配合opt=z-matrix使用的，要求对所有变量进行优化。这个选项现在已经很少人用了，通常直接使用opt即可。 （3）iop(5/13=1,1/11=1)。iop(5/13)=1要求哪怕SCF不收敛都继续计算，该选项是用来调试用的，在实际应用中不应该出现。iop(1/11=1）即noeigentest，建议在结构已经很接近过渡态时使用，否则容易得到其他意想不到的虚频，比如甲基旋转。一般的建议是，能使用关键词尽量避免使用IOP。首先IOP在多步计算中（比如opt freq）只能适用于第一步，而使用关键词对所有步骤都适用。此外，在不同版本的高斯程序中，IOP参数可能会发生改变。 （4）optcyc=N, 即opt(maxcyc=N)，还有scf(maxcyc=300)。如果结构或者SCF不收敛，增大默认的周期数通常不会有改善，反而耗费更多的计算时间。 （5) 如果optcyc写成opt(maxcyc=N)，同时又使用opt=(ts,z-matrix)，同一个opt出现两次，这种情况应该避免，因为程序在生成非标准输入（即输出文件开始部分生成的一大堆IOP选项）时会对相同选项进行加和，可能导致意想不到的问题。 （6）总的来说，初学高斯，建议从最少的选项开始，完成一个基本计算，然后添加适当的选项以实现额外的功能。直接从其他人那里拷贝过来输入文件，可能适用于特定体系，但不一定在任何情况都适用。尤其是比如IOP（5/13=1），在正式计算中绝对应该避免出现 |
5楼2014-10-23 08:57:32
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