| 查看: 4398 | 回复: 19 | |||||
zs806750658
|
[交流]
LAMMPS输出的库伦能为什么是正值，而MS的discover算出的库伦能是负值 已有4人参与
|
||||
| 相同的模型，相同的系宗，相同的力场，相同的参数设置，为什么用Material Studio的discover计算的单点能中库伦能是-4万多，而Lammps跑完输出的能量中库伦能是正5万多,看过手册发现两个软件计算库伦能的函数是一样的，为什么相差如此之大呢。而其他的范德华能、键能等相差不是很大，哪位高手能给予指点，不胜感激 |
回复此楼» 猜你喜欢
面上合作单位盖章
已经有9人回复
-
面上函评意见出来了，像什么等级？
已经有17人回复
-
为什么国自然不能直接公布
已经有5人回复
-
梦想
已经有7人回复
-
学科评审组评审是指会评吗？
已经有4人回复
-
为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难
已经有14人回复
-
小白求助 投论文要求的highlights应该如何写
已经有4人回复
-
麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上）
已经有12人回复
-
怎么看青基中了没有啊
已经有6人回复
-
国社科又开始会评了，不知道这次命运如何
已经有11人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- lammps 势能问题
已经有9人回复
- 什么是交换能。库伦能，关联能
已经有14人回复
- pair_style coul/cut 的测试
已经有3人回复
- 求助，lammps对势的应用（短程为已知函数，并且库伦长程作用，ewald求和）
已经有6人回复
- 模拟的时候选择什么摩擦方式
已经有3人回复
- 【求助】将MS数据文件转化成lammps data
已经有25人回复
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
|
你好！ 我也遇到类似问题，但根据我的测试，我倾向于怀疑是lammps中special_bonds的设置问题。 默认情况下，lammps是不计算1-2,1-3,1-4原子的pairwise energy的。所以我怀疑这个设置MS和lammps不一样，但因为我查不到MS是如何设置的，所以我对比了不同的情况，最后发现，如果在lammps中不计算1-2,1-3，但计算1-4，所得到的LJ能和静电能（Ecoul+Elong）和MS中是基本一致的。 简单来说，就是在lammmps中加一句 special_bonds lj/coul 0 0 1 但这仅限于我的case，不过我建议楼主试一下。 |
16楼2015-12-16 18:20:59
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2015-06-02 13:05:32
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2015-06-02 13:05:32
|
你用的是什么pair_style， 又是怎么把静电能输出的？ 如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用，那么静电相互作用被分为短程（实空间）和长程（倒空间）两部分进行计算。在用thermo_style进行输出时，ecoul对应于短程部分，通常是正值，elong对应于长程部分，通常是负值，两者之和才是总静电相互作用能。 类似的帖子 http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=23854 |
2楼2015-06-01 06:08:18
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
4楼2015-06-02 09:34:05
zs806750658 
铜虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 725.8
- 散金: 12
- 红花: 11
- 帖子: 462
- 在线: 497.3小时
- 虫号: 1405619
- 注册: 2011-09-17
- 性别: GG
- 专业: 矿物学(含矿物物理学）
19楼2016-06-23 06:02:33
zs806750658
铜虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 725.8
- 散金: 12
- 红花: 11
- 帖子: 462
- 在线: 497.3小时
- 虫号: 1405619
- 注册: 2011-09-17
- 性别: GG
- 专业: 矿物学(含矿物物理学）
3楼2015-06-02 04:25:18
zs806750658
铜虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 725.8
- 散金: 12
- 红花: 11
- 帖子: 462
- 在线: 497.3小时
- 虫号: 1405619
- 注册: 2011-09-17
- 性别: GG
- 专业: 矿物学(含矿物物理学）
felixtian5楼2015-06-03 08:07:55
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
6楼2015-06-03 10:09:50
7楼2015-11-09 17:14:54
zs806750658
铜虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 725.8
- 散金: 12
- 红花: 11
- 帖子: 462
- 在线: 497.3小时
- 虫号: 1405619
- 注册: 2011-09-17
- 性别: GG
- 专业: 矿物学(含矿物物理学）
8楼2015-11-09 23:51:06
9楼2015-11-10 08:45:50
zs806750658
铜虫 (正式写手)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 725.8
- 散金: 12
- 红花: 11
- 帖子: 462
- 在线: 497.3小时
- 虫号: 1405619
- 注册: 2011-09-17
- 性别: GG
- 专业: 矿物学(含矿物物理学）
10楼2015-11-11 02:29:54
20
投票:
