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zs806750658
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[交流]
LAMMPS输出的库伦能为什么是正值，而MS的discover算出的库伦能是负值 已有4人参与
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| 相同的模型，相同的系宗，相同的力场，相同的参数设置，为什么用Material Studio的discover计算的单点能中库伦能是-4万多，而Lammps跑完输出的能量中库伦能是正5万多,看过手册发现两个软件计算库伦能的函数是一样的，为什么相差如此之大呢。而其他的范德华能、键能等相差不是很大，哪位高手能给予指点，不胜感激 |
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你好！ 我也遇到类似问题，但根据我的测试，我倾向于怀疑是lammps中special_bonds的设置问题。 默认情况下，lammps是不计算1-2,1-3,1-4原子的pairwise energy的。所以我怀疑这个设置MS和lammps不一样，但因为我查不到MS是如何设置的，所以我对比了不同的情况，最后发现，如果在lammps中不计算1-2,1-3，但计算1-4，所得到的LJ能和静电能（Ecoul+Elong）和MS中是基本一致的。 简单来说，就是在lammmps中加一句 special_bonds lj/coul 0 0 1 但这仅限于我的case，不过我建议楼主试一下。 |
16楼2015-12-16 18:20:59
lsloneil
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你用的是什么pair_style， 又是怎么把静电能输出的？ 如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用，那么静电相互作用被分为短程（实空间）和长程（倒空间）两部分进行计算。在用thermo_style进行输出时，ecoul对应于短程部分，通常是正值，elong对应于长程部分，通常是负值，两者之和才是总静电相互作用能。 类似的帖子 http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=23854 |
2楼2015-06-01 06:08:18
zs806750658 
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3楼2015-06-02 04:25:18
lsloneil
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4楼2015-06-02 09:34:05
30