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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS输出的库伦能为什么是正值，而MS的discover算出的库伦能是负值
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zs806750658

铜虫 (正式写手)

[交流] LAMMPS输出的库伦能为什么是正值，而MS的discover算出的库伦能是负值 已有4人参与

相同的模型，相同的系宗，相同的力场，相同的参数设置，为什么用Material Studio的discover计算的单点能中库伦能是-4万多，而Lammps跑完输出的能量中库伦能是正5万多,看过手册发现两个软件计算库伦能的函数是一样的，为什么相差如此之大呢。而其他的范德华能、键能等相差不是很大，哪位高手能给予指点，不胜感激
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1楼 2015-05-31 06:42:30
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brigsun

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15楼: Originally posted by felixtian at 2015-11-16 08:55:01
我现在想了下，ecoul为什么是正值也许可以从以下方式理解。正如我前面所述的NaCl电荷点阵分布，因为最近的正负电荷其实在力场中已经有成键的参数bond coeffs来描述，所以这部分吸引力在计算时就不计在内，后面 ...

你好！
我也遇到类似问题，但根据我的测试，我倾向于怀疑是lammps中special_bonds的设置问题。
默认情况下，lammps是不计算1-2,1-3,1-4原子的pairwise energy的。所以我怀疑这个设置MS和lammps不一样，但因为我查不到MS是如何设置的，所以我对比了不同的情况，最后发现，如果在lammps中不计算1-2,1-3，但计算1-4，所得到的LJ能和静电能（Ecoul+Elong）和MS中是基本一致的。
简单来说，就是在lammmps中加一句
special_bonds lj/coul 0 0 1
但这仅限于我的case，不过我建议楼主试一下。
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16楼2015-12-16 18:20:59
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
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月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2015-06-02 13:05:32
你用的是什么pair_style， 又是怎么把静电能输出的？

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用，那么静电相互作用被分为短程（实空间）和长程（倒空间）两部分进行计算。在用thermo_style进行输出时，ecoul对应于短程部分，通常是正值，elong对应于长程部分，通常是负值，两者之和才是总静电相互作用能。

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http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=23854
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2楼2015-06-01 06:08:18
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
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3楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-06-01 08:25:18
非常感谢你的指导，我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0，采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong，其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904，两者之和还 ...

我也不是非常清楚为什么会出现这样的结果。我不是很清楚Material Studio里关于ewald summation的设置。你的体系是否是电中性，如果不是电中性的话有时可能会有奇怪的结果。

假如可能的话，可以做一个简单的测试：这个体系只包含一个正离子和一个负离子，两者所带电荷量相等，这样整个体系呈电中性。然后你用Material Studio和lammps计算相同一个configruation的静电能，看是否还会出现这样奇怪的现象。
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4楼2015-06-02 09:34:05
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zs806750658

铜虫 (正式写手)
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16楼: Originally posted by brigsun at 2015-12-16 18:20:59
你好！
我也遇到类似问题，但根据我的测试，我倾向于怀疑是lammps中special_bonds的设置问题。
默认情况下，lammps是不计算1-2,1-3,1-4原子的pairwise energy的。所以我怀疑这个设置MS和lammps不一样，但因为我查 ...

感谢回复，你的方法是正确的，lammps默认不计算1-4原子的pairwise energy, 但是MS里面默认是计算该能量的，至于MS如何设置，需要打开Forcite模块下的力场文件，里面可以设置，见附图。如果想关闭1-4原子的pairwise energy的计算，需要把COU_EXCLUDE_1-4后面的F改成T. 至于Discover模块，可以在相应模块里面的设置中修改。
LAMMPS输出的库伦能为什么是正值，而MS的discover算出的库伦能是负值
forcefield.jpg
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19楼2016-06-23 06:02:33
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zs806750658

铜虫 (正式写手)
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2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-01 06:08:18
你用的是什么pair_style， 又是怎么把静电能输出的？

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用，那么静电相互作用被分为短程（实空间）和长程（倒空间）两部分进行计算。在用therm ...

非常感谢你的指导，我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0，采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong，其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904，两者之和还是正值45474.3486，但discover计算出的总势能却是负值-41512.690317。理论上来讲，两者的库伦能计算公式一样，而且参数设置一样，可是计算出来的结果却不同
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3楼2015-06-02 04:25:18
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zs806750658

铜虫 (正式写手)
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4楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-02 09:34:05
我也不是非常清楚为什么会出现这样的结果。我不是很清楚Material Studio里关于ewald summation的设置。你的体系是否是电中性，如果不是电中性的话有时可能会有奇怪的结果。

假如可能的话，可以做一个简单的测试 ...

再请教你一个问题，我用LAMMPS运行分子动力学模拟的模型文件是用material studio建好模型并分配力场后输出car文件，然后用mis2lmp.exe 转换成lammps.data文件，然后再和in文件输入lammps进行分子动力学模拟，请问这样生成的data文件可行吗，还需要其他改动吗
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felixtian
5楼2015-06-03 08:07:55
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lsloneil

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5楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-06-02 12:07:55
再请教你一个问题，我用LAMMPS运行分子动力学模拟的模型文件是用material studio建好模型并分配力场后输出car文件，然后用mis2lmp.exe 转换成lammps.data文件，然后再和in文件输入lammps进行分子动力学模拟，请问这 ...

抱歉，我没用过msi2lmp
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6楼2015-06-03 10:09:50
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felixtian

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5楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-06-03 08:07:55
再请教你一个问题，我用LAMMPS运行分子动力学模拟的模型文件是用material studio建好模型并分配力场后输出car文件，然后用mis2lmp.exe 转换成lammps.data文件，然后再和in文件输入lammps进行分子动力学模拟，请问这 ...

请问你本帖的问题解决了吗？我也碰到类似问题，谢谢。
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7楼2015-11-09 17:14:54
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zs806750658

铜虫 (正式写手)
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7楼: Originally posted by felixtian at 2015-11-09 17:14:54
请问你本帖的问题解决了吗？我也碰到类似问题，谢谢。...

没有解决，但是计算出的结果没有问题，我感觉这是lammps软件本身的问题，我把计算结束后输出的文件导入MS后，发现所有原子的电荷都变成正值了。
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8楼2015-11-09 23:51:06
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felixtian

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8楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-11-09 23:51:06
没有解决，但是计算出的结果没有问题，我感觉这是lammps软件本身的问题，我把计算结束后输出的文件导入MS后，发现所有原子的电荷都变成正值了。...

谢谢回复。这个问题我看LAMMPS官方的mailing list上也没有解答。我赞成是LAMMPS软件问题，而且我认为虽然能量可以是正值，计算结果不一定对。比如说优化，由于静电力没算对，导致最后优化结构出问题。另外问下，你这个结果有做minimization吗？还是单个结构能量？还有LAMMPS的结果如何导入MS的，谢谢。
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9楼2015-11-10 08:45:50
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zs806750658

铜虫 (正式写手)
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9楼: Originally posted by felixtian at 2015-11-10 08:45:50
谢谢回复。这个问题我看LAMMPS官方的mailing list上也没有解答。我赞成是LAMMPS软件问题，而且我认为虽然能量可以是正值，计算结果不一定对。比如说优化，由于静电力没算对，导致最后优化结构出问题。另外问下，你 ...

我做了minimization,能量是正值，而且dynamics过程中输出的能量也是正值。LAMMPS输出的结果可以用lmparc.exe工具将输出的轨迹文件转换成arc格式，就可以用MS打开
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10楼2015-11-11 02:29:54
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