24小时热门版块排行榜    

查看: 3995  |  回复: 19
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


[交流] LAMMPS输出的库伦能为什么是正值,而MS的discover算出的库伦能是负值 已有4人参与

相同的模型,相同的系宗,相同的力场,相同的参数设置,为什么用Material Studio的discover计算的单点能中库伦能是-4万多,而Lammps跑完输出的能量中库伦能是正5万多,看过手册发现两个软件计算库伦能的函数是一样的,为什么相差如此之大呢。而其他的范德华能、键能等相差不是很大,哪位高手能给予指点,不胜感激
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

felixtian

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-11-09 23:51:06
没有解决,但是计算出的结果没有问题,我感觉这是lammps软件本身的问题,我把计算结束后输出的文件导入MS后,发现所有原子的电荷都变成正值了。...

谢谢回复。这个问题我看LAMMPS官方的mailing list上也没有解答。我赞成是LAMMPS软件问题,而且我认为虽然能量可以是正值,计算结果不一定对。比如说优化,由于静电力没算对,导致最后优化结构出问题。另外问下,你这个结果有做minimization吗?还是单个结构能量?还有LAMMPS的结果如何导入MS的,谢谢。
9楼2015-11-10 08:45:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 20 个回答

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2015-06-02 13:05:32
你用的是什么pair_style, 又是怎么把静电能输出的?

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用,那么静电相互作用被分为短程(实空间)和长程(倒空间)两部分进行计算。在用thermo_style进行输出时,ecoul对应于短程部分,通常是正值,elong对应于长程部分,通常是负值,两者之和才是总静电相互作用能。

类似的帖子
http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=23854
2楼2015-06-01 06:08:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-01 06:08:18
你用的是什么pair_style, 又是怎么把静电能输出的?

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用,那么静电相互作用被分为短程(实空间)和长程(倒空间)两部分进行计算。在用therm ...

非常感谢你的指导,我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0,采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong,其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904,两者之和还是正值45474.3486,但discover计算出的总势能却是负值-41512.690317。理论上来讲,两者的库伦能计算公式一样,而且参数设置一样,可是计算出来的结果却不同
3楼2015-06-02 04:25:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-06-01 08:25:18
非常感谢你的指导,我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0,采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong,其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904,两者之和还 ...

我也不是非常清楚为什么会出现这样的结果。我不是很清楚Material Studio里关于ewald summation的设置。你的体系是否是电中性,如果不是电中性的话有时可能会有奇怪的结果。

假如可能的话,可以做一个简单的测试:这个体系只包含一个正离子和一个负离子,两者所带电荷量相等,这样整个体系呈电中性。然后你用Material Studio和lammps计算相同一个configruation的静电能,看是否还会出现这样奇怪的现象。
4楼2015-06-02 09:34:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 306求调剂 +9 chuanzhu川烛 2026-03-18 9/450 2026-03-23 13:17 by luoyongfeng
[考研] 接收2026硕士调剂(学硕+专硕) +3 allen-yin 2026-03-23 4/200 2026-03-23 12:27 by allen-yin
[考研] 考研化学308分求调剂 +5 你好明天你好 2026-03-23 6/300 2026-03-23 11:02 by 素颜倾城1988
[考研] 一志愿北京化工大学 070300 学硕 336分 求调剂 +5 vv迷 2026-03-22 5/250 2026-03-23 07:36 by Iveryant
[考研] 317求调剂 +12 申子申申 2026-03-19 18/900 2026-03-22 22:23 by luoyongfeng
[考研] 307求调剂 +11 冷笙123 2026-03-17 11/550 2026-03-22 20:16 by edmund7
[考研] 289材料与化工(085600)B区求调剂 +3 这么名字咋样 2026-03-22 4/200 2026-03-22 17:56 by 云民大李老师
[基金申请] 山东省面上项目限额评审 +4 石瑞0426 2026-03-19 4/200 2026-03-22 08:50 by Wei_ren
[考研] 0703化学调剂 +4 妮妮ninicgb 2026-03-21 4/200 2026-03-21 18:39 by 学员8dgXkO
[考研] 085601调剂 358分 +3 zzzzggh 2026-03-20 4/200 2026-03-21 10:21 by luoyongfeng
[考研] 085700资源与环境308求调剂 +12 墨墨漠 2026-03-18 13/650 2026-03-21 01:42 by JourneyLucky
[考研] 330求调剂 +4 小材化本科 2026-03-18 4/200 2026-03-20 23:13 by JourneyLucky
[考研] 329求调剂 +9 想上学吖吖 2026-03-19 9/450 2026-03-20 22:01 by luoyongfeng
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 材料学求调剂 +4 Stella_Yao 2026-03-20 4/200 2026-03-20 20:28 by ms629
[考研] 招收调剂硕士 +4 lidianxing 2026-03-19 12/600 2026-03-20 12:25 by lidianxing
[考研] 求调剂 +3 暗涌afhb 2026-03-16 3/150 2026-03-20 00:28 by 河南大学校友
[考研] 085601求调剂 +4 Du.11 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:08 by ruiyingmiao
[考研] 一志愿南京大学,080500材料科学与工程,调剂 +4 Jy? 2026-03-16 4/200 2026-03-17 11:02 by gaoqiong
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨; 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
信息提示
请填处理意见