24小时热门版块排行榜    

查看: 3989  |  回复: 19
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


[交流] LAMMPS输出的库伦能为什么是正值,而MS的discover算出的库伦能是负值 已有4人参与

相同的模型,相同的系宗,相同的力场,相同的参数设置,为什么用Material Studio的discover计算的单点能中库伦能是-4万多,而Lammps跑完输出的能量中库伦能是正5万多,看过手册发现两个软件计算库伦能的函数是一样的,为什么相差如此之大呢。而其他的范德华能、键能等相差不是很大,哪位高手能给予指点,不胜感激
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
4楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-02 09:34:05
我也不是非常清楚为什么会出现这样的结果。我不是很清楚Material Studio里关于ewald summation的设置。你的体系是否是电中性,如果不是电中性的话有时可能会有奇怪的结果。

假如可能的话,可以做一个简单的测试 ...

再请教你一个问题,我用LAMMPS运行分子动力学模拟的模型文件是用material studio建好模型并分配力场后输出car文件,然后用mis2lmp.exe 转换成lammps.data文件,然后再和in文件输入lammps进行分子动力学模拟,请问这样生成的data文件可行吗,还需要其他改动吗

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2015-06-03 08:07:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 20 个回答

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2015-06-02 13:05:32
你用的是什么pair_style, 又是怎么把静电能输出的?

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用,那么静电相互作用被分为短程(实空间)和长程(倒空间)两部分进行计算。在用thermo_style进行输出时,ecoul对应于短程部分,通常是正值,elong对应于长程部分,通常是负值,两者之和才是总静电相互作用能。

类似的帖子
http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=23854
2楼2015-06-01 06:08:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-01 06:08:18
你用的是什么pair_style, 又是怎么把静电能输出的?

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用,那么静电相互作用被分为短程(实空间)和长程(倒空间)两部分进行计算。在用therm ...

非常感谢你的指导,我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0,采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong,其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904,两者之和还是正值45474.3486,但discover计算出的总势能却是负值-41512.690317。理论上来讲,两者的库伦能计算公式一样,而且参数设置一样,可是计算出来的结果却不同
3楼2015-06-02 04:25:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-06-01 08:25:18
非常感谢你的指导,我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0,采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong,其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904,两者之和还 ...

我也不是非常清楚为什么会出现这样的结果。我不是很清楚Material Studio里关于ewald summation的设置。你的体系是否是电中性,如果不是电中性的话有时可能会有奇怪的结果。

假如可能的话,可以做一个简单的测试:这个体系只包含一个正离子和一个负离子,两者所带电荷量相等,这样整个体系呈电中性。然后你用Material Studio和lammps计算相同一个configruation的静电能,看是否还会出现这样奇怪的现象。
4楼2015-06-02 09:34:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 293求调剂 +3 涛涛Wjt 2026-03-22 5/250 2026-03-22 22:21 by jiangpengfei
[考研] 寻找调剂 +4 倔强芒? 2026-03-21 4/200 2026-03-22 16:14 by 木托莫露露
[考研] 298求调剂一志愿211 +3 上岸6666@ 2026-03-20 3/150 2026-03-22 15:50 by ColorlessPI
[考研] 生物学调剂 +5 Surekei 2026-03-21 5/250 2026-03-22 14:39 by tcx007
[考研] 求调剂 +3 13341 2026-03-20 3/150 2026-03-21 18:28 by 学员8dgXkO
[考研] 求调剂 +3 .m.. 2026-03-21 4/200 2026-03-21 16:25 by barlinike
[考研] 南昌大学材料专硕311分求调剂 +6 77chaselx 2026-03-20 6/300 2026-03-21 07:24 by JourneyLucky
[考研] 070300化学319求调剂 +7 锦鲤0909 2026-03-17 7/350 2026-03-21 03:46 by JourneyLucky
[考研] 299求调剂 +6 △小透明* 2026-03-17 6/300 2026-03-21 02:42 by JourneyLucky
[考研] 一志愿华南师大 070300(化学)304分求调剂 +3 0703武芊慧雪304 2026-03-18 3/150 2026-03-21 00:48 by JourneyLucky
[考研] 296求调剂 +6 www_q 2026-03-18 10/500 2026-03-20 23:56 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南京理工大学085701资源与环境302分求调剂 +4 葵梓卫队 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:02 by JourneyLucky
[考研] 求调剂,一志愿:南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕,总分289分 +4 @taotao 2026-03-19 4/200 2026-03-20 22:14 by JourneyLucky
[考研] A区线材料学调剂 +5 周周无极 2026-03-20 5/250 2026-03-20 21:33 by laoshidan
[考研] 一志愿 南京航空航天大学大学 ,080500材料科学与工程学硕 +5 @taotao 2026-03-20 5/250 2026-03-20 20:16 by JourneyLucky
[考研] 一志愿南理工085701环境302求调剂院校 +3 葵梓卫队 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:28 by zhukairuo
[考研] 工科材料085601 279求调剂 +7 困于星晨 2026-03-17 9/450 2026-03-20 17:38 by 无懈可击111
[考研] 一志愿福大288有机化学,求调剂 +3 小木虫200408204 2026-03-18 3/150 2026-03-19 13:31 by houyaoxu
[考研] 有没有道铁/土木的想调剂南林,给自己招师弟中~ +3 TqlXswl 2026-03-16 7/350 2026-03-17 15:23 by TqlXswl
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
信息提示
请填处理意见