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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS输出的库伦能为什么是正值，而MS的discover算出的库伦能是负值
汕头大学海洋科学接受调剂
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felixtian

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10楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-11-11 02:29:54
我做了minimization,能量是正值，而且dynamics过程中输出的能量也是正值。LAMMPS输出的结果可以用lmparc.exe工具将输出的轨迹文件转换成arc格式，就可以用MS打开...

追问下，前面帖子里你说计算结果没有问题是基于什么标准呢？因为我做过一个优化测试，LAMMPS有没有静电力优化出来的结构是不一样的，LAMMPS没有静电力优化出来的结果和MS的结果差不多。就是LAMMPS用力场分配电荷计算时优化出来的结构和MS是不一样的。这样来说LAMMPS和MS两个必然有个优化出来的结构是错的，我倾向认为LAMMPS优化出来的结构不合理。
还有，问下关于电荷的问题，我对LAMMPS对电荷处理不是很清楚，可能问题比较浅显，望见谅。电荷在计算过程中是不变的吧，是不是要设置计算过程电荷重新平衡，电荷才会变化？最后优化结构的电荷我在log.lammps里没有找到，需要在in文件加入参数才能输出吗？谢谢。
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11楼2015-11-12 09:17:26
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zs806750658

铜虫 (正式写手)
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11楼: Originally posted by felixtian at 2015-11-12 09:17:26
追问下，前面帖子里你说计算结果没有问题是基于什么标准呢？因为我做过一个优化测试，LAMMPS有没有静电力优化出来的结构是不一样的，LAMMPS没有静电力优化出来的结果和MS的结果差不多。就是LAMMPS用力场分配电荷计 ...

Lammps在计算过程中电荷是不变的，完全按照in文件里赋予的电荷参数执行。优化结果不一样可能是优化设置不同吧，这个我没有对比过。优化结构的电荷据我所知不会输出到log.lammps. 至于查看方法，我只知道将lammps输出的轨迹文件输入到可视化软件里如MS或VMD中查看。我是输入到MS里，体系原子的电荷大小没有变化，只是所有的电荷都是正值
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12楼2015-11-12 11:33:49
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felixtian

新虫 (初入文坛)
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12楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-11-12 11:33:49
Lammps在计算过程中电荷是不变的，完全按照in文件里赋予的电荷参数执行。优化结果不一样可能是优化设置不同吧，这个我没有对比过。优化结构的电荷据我所知不会输出到log.lammps. 至于查看方法，我只知道将lammps输 ...

谢谢，你所说的轨迹文件是dump出来的吗，轨迹文件是minimization还是MD计算出来的？轨迹文件如果可以用MS读出charge的话，应该在文件里就可以找到相应的charge值，假设轨迹文件是文本文件的话。
MS里体系原子电荷变化有几个可能：
1. LAMMPS计算过程中电荷变化了，正到负（不大可能），因为电荷没有平衡所以计算过程电荷应该没变。
2. LAMMPS计算给出的电荷在MS读入时所有电荷都变正了，MS读入是忽略了正负号。
3. LAMMPS计算给出的电荷没有读入，MS重新赋予原子电荷（不大可能），因为MS赋予电荷不会全部都是正值。
所以最有可能的就是2. 这个有可能从轨迹文件中得到验证，如果轨迹文件是文本就能找出LAMMPS输出的电荷。
现在我对这个short-range的ecoul一般为正值很不理解，想象下一个向NaCl的电荷点阵，正负电荷是距离最近的，总的能量应该是负值才对，不知你对这个有什么好的理解。谢谢。
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13楼2015-11-12 13:51:09
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zs806750658

铜虫 (正式写手)
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13楼: Originally posted by felixtian at 2015-11-12 13:51:09
谢谢，你所说的轨迹文件是dump出来的吗，轨迹文件是minimization还是MD计算出来的？轨迹文件如果可以用MS读出charge的话，应该在文件里就可以找到相应的charge值，假设轨迹文件是文本文件的话。
MS里体系原子电荷 ...

是的，我所说的轨迹文件是MD跑完后dump出来的。我检查了dump出的轨迹文件和其他同时输出的文件，都没有发现原子的电荷。我赞同你对MS体系电荷发生变化的第二种可能性。我对ecoul为正值也不理解，只能理解lammps运算时是负值，但输出时忽略了正负号。
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14楼2015-11-12 23:11:37
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felixtian

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14楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-11-12 23:11:37
是的，我所说的轨迹文件是MD跑完后dump出来的。我检查了dump出的轨迹文件和其他同时输出的文件，都没有发现原子的电荷。我赞同你对MS体系电荷发生变化的第二种可能性。我对ecoul为正值也不理解，只能理解lammps运算 ...

我现在想了下，ecoul为什么是正值也许可以从以下方式理解。正如我前面所述的NaCl电荷点阵分布，因为最近的正负电荷其实在力场中已经有成键的参数bond coeffs来描述，所以这部分吸引力在计算时就不计在内，后面自然是从次近邻的电荷之间的静电力算起，次近邻是同性电荷所以结果是能量为正值。 如果把原子电荷的描述从full改成charge的话，那么最近邻的电荷之间就是异性电荷，能量为负值，我测试过个例子，把atom style从full改成charge计算出来的能量的确为负值。 但是这种理解方式却不能解释elong有时候比ecoul绝对值大，至少NaCl应该不能解释，有可能一些电荷的排布方式会造成ecoul绝对值小于elong。
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15楼2015-11-16 08:55:01
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brigsun

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15楼: Originally posted by felixtian at 2015-11-16 08:55:01
我现在想了下，ecoul为什么是正值也许可以从以下方式理解。正如我前面所述的NaCl电荷点阵分布，因为最近的正负电荷其实在力场中已经有成键的参数bond coeffs来描述，所以这部分吸引力在计算时就不计在内，后面 ...

你好！
我也遇到类似问题，但根据我的测试，我倾向于怀疑是lammps中special_bonds的设置问题。
默认情况下，lammps是不计算1-2,1-3,1-4原子的pairwise energy的。所以我怀疑这个设置MS和lammps不一样，但因为我查不到MS是如何设置的，所以我对比了不同的情况，最后发现，如果在lammps中不计算1-2,1-3，但计算1-4，所得到的LJ能和静电能（Ecoul+Elong）和MS中是基本一致的。
简单来说，就是在lammmps中加一句
special_bonds lj/coul 0 0 1
但这仅限于我的case，不过我建议楼主试一下。
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16楼2015-12-16 18:20:59
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felixtian

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16楼: Originally posted by brigsun at 2015-12-16 18:20:59
你好！
我也遇到类似问题，但根据我的测试，我倾向于怀疑是lammps中special_bonds的设置问题。
默认情况下，lammps是不计算1-2,1-3,1-4原子的pairwise energy的。所以我怀疑这个设置MS和lammps不一样，但因为我查 ...

我不是楼主，但是很感谢你的指点，因为我也是被这个问题困扰。根据你的见解，我搜索了下，lammps论坛有帖子说使用pcff力场最好加入1-4pair interaction. 虽然现在我还没测试1-4pairwise interaction加入后是否能与MS结果一致，我觉得应该是你说的没错了。楼主看来对分子力学方面和lammps比较了解，希望有机会能请教些问题，谢谢。
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17楼2015-12-18 09:17:25
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沫水abc

银虫 (小有名气)
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11楼: Originally posted by felixtian at 2015-11-12 09:17:26
追问下，前面帖子里你说计算结果没有问题是基于什么标准呢？因为我做过一个优化测试，LAMMPS有没有静电力优化出来的结构是不一样的，LAMMPS没有静电力优化出来的结果和MS的结果差不多。就是LAMMPS用力场分配电荷计 ...

你可以试试write_data命令输出当前状态的坐标等，会输出和data文件相同的格式，包括电荷
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你若盛开清风自来
18楼2016-02-29 09:17:56
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zs806750658

铜虫 (正式写手)
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16楼: Originally posted by brigsun at 2015-12-16 18:20:59
你好！
我也遇到类似问题，但根据我的测试，我倾向于怀疑是lammps中special_bonds的设置问题。
默认情况下，lammps是不计算1-2,1-3,1-4原子的pairwise energy的。所以我怀疑这个设置MS和lammps不一样，但因为我查 ...

感谢回复，你的方法是正确的，lammps默认不计算1-4原子的pairwise energy, 但是MS里面默认是计算该能量的，至于MS如何设置，需要打开Forcite模块下的力场文件，里面可以设置，见附图。如果想关闭1-4原子的pairwise energy的计算，需要把COU_EXCLUDE_1-4后面的F改成T. 至于Discover模块，可以在相应模块里面的设置中修改。
LAMMPS输出的库伦能为什么是正值，而MS的discover算出的库伦能是负值
forcefield.jpg
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19楼2016-06-23 06:02:33
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zs806750658

铜虫 (正式写手)
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16楼: Originally posted by brigsun at 2015-12-16 18:20:59
你好！
我也遇到类似问题，但根据我的测试，我倾向于怀疑是lammps中special_bonds的设置问题。
默认情况下，lammps是不计算1-2,1-3,1-4原子的pairwise energy的。所以我怀疑这个设置MS和lammps不一样，但因为我查 ...

同学你好，按照你的方法在in文件中添加了special_bonds lj/coul 0 0 1，但是出现了如下问题：ERROR on proc 1: Bond atoms 1071 1075 missing on proc 1 at step 25591 (../neigh_bond.cpp:65)，导致运算无法进行，请问此状况如何解决呢，希望给与指导。
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20楼2016-06-24 10:06:34
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