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zs806750658
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[交流]
LAMMPS输出的库伦能为什么是正值，而MS的discover算出的库伦能是负值 已有4人参与
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| 相同的模型，相同的系宗，相同的力场，相同的参数设置，为什么用Material Studio的discover计算的单点能中库伦能是-4万多，而Lammps跑完输出的能量中库伦能是正5万多,看过手册发现两个软件计算库伦能的函数是一样的，为什么相差如此之大呢。而其他的范德华能、键能等相差不是很大，哪位高手能给予指点，不胜感激 |
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谢谢，你所说的轨迹文件是dump出来的吗，轨迹文件是minimization还是MD计算出来的？轨迹文件如果可以用MS读出charge的话，应该在文件里就可以找到相应的charge值，假设轨迹文件是文本文件的话。 MS里体系原子电荷变化有几个可能： 1. LAMMPS计算过程中电荷变化了，正到负（不大可能），因为电荷没有平衡所以计算过程电荷应该没变。 2. LAMMPS计算给出的电荷在MS读入时所有电荷都变正了，MS读入是忽略了正负号。 3. LAMMPS计算给出的电荷没有读入，MS重新赋予原子电荷（不大可能），因为MS赋予电荷不会全部都是正值。 所以最有可能的就是2. 这个有可能从轨迹文件中得到验证，如果轨迹文件是文本就能找出LAMMPS输出的电荷。 现在我对这个short-range的ecoul一般为正值很不理解，想象下一个向NaCl的电荷点阵，正负电荷是距离最近的，总的能量应该是负值才对，不知你对这个有什么好的理解。谢谢。 |
13楼2015-11-12 13:51:09
lsloneil
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月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2015-06-02 13:05:32
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你用的是什么pair_style， 又是怎么把静电能输出的？ 如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用，那么静电相互作用被分为短程（实空间）和长程（倒空间）两部分进行计算。在用thermo_style进行输出时，ecoul对应于短程部分，通常是正值，elong对应于长程部分，通常是负值，两者之和才是总静电相互作用能。 类似的帖子 http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=23854 |
2楼2015-06-01 06:08:18
zs806750658 
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3楼2015-06-02 04:25:18
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4楼2015-06-02 09:34:05
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