24小时热门版块排行榜    

查看: 4346  |  回复: 19
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


[交流] LAMMPS输出的库伦能为什么是正值,而MS的discover算出的库伦能是负值 已有4人参与

相同的模型,相同的系宗,相同的力场,相同的参数设置,为什么用Material Studio的discover计算的单点能中库伦能是-4万多,而Lammps跑完输出的能量中库伦能是正5万多,看过手册发现两个软件计算库伦能的函数是一样的,为什么相差如此之大呢。而其他的范德华能、键能等相差不是很大,哪位高手能给予指点,不胜感激
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
13楼: Originally posted by felixtian at 2015-11-12 13:51:09
谢谢,你所说的轨迹文件是dump出来的吗,轨迹文件是minimization还是MD计算出来的?轨迹文件如果可以用MS读出charge的话,应该在文件里就可以找到相应的charge值,假设轨迹文件是文本文件的话。
MS里体系原子电荷 ...

是的,我所说的轨迹文件是MD跑完后dump出来的。我检查了dump出的轨迹文件和其他同时输出的文件,都没有发现原子的电荷。我赞同你对MS体系电荷发生变化的第二种可能性。我对ecoul为正值也不理解,只能理解lammps运算时是负值,但输出时忽略了正负号。
14楼2015-11-12 23:11:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 20 个回答

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2015-06-02 13:05:32
你用的是什么pair_style, 又是怎么把静电能输出的?

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用,那么静电相互作用被分为短程(实空间)和长程(倒空间)两部分进行计算。在用thermo_style进行输出时,ecoul对应于短程部分,通常是正值,elong对应于长程部分,通常是负值,两者之和才是总静电相互作用能。

类似的帖子
http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=23854
2楼2015-06-01 06:08:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-01 06:08:18
你用的是什么pair_style, 又是怎么把静电能输出的?

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用,那么静电相互作用被分为短程(实空间)和长程(倒空间)两部分进行计算。在用therm ...

非常感谢你的指导,我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0,采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong,其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904,两者之和还是正值45474.3486,但discover计算出的总势能却是负值-41512.690317。理论上来讲,两者的库伦能计算公式一样,而且参数设置一样,可是计算出来的结果却不同
3楼2015-06-02 04:25:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-06-01 08:25:18
非常感谢你的指导,我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0,采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong,其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904,两者之和还 ...

我也不是非常清楚为什么会出现这样的结果。我不是很清楚Material Studio里关于ewald summation的设置。你的体系是否是电中性,如果不是电中性的话有时可能会有奇怪的结果。

假如可能的话,可以做一个简单的测试:这个体系只包含一个正离子和一个负离子,两者所带电荷量相等,这样整个体系呈电中性。然后你用Material Studio和lammps计算相同一个configruation的静电能,看是否还会出现这样奇怪的现象。
4楼2015-06-02 09:34:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 GpvwGNVshCOp 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:39 by thgx1vqMqrLw
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 什么时候出结果,有咨询渠道??? +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[教师之家] 售SCI一区文章,我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +3 yPv6ndDtiRxQ 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:15 by CLKTSgjM0Uqj
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +7 Tide man 2026-08-10 8/400 2026-08-11 15:49 by 铁帽子农民
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +3 工厂打螺丝 2026-08-08 3/150 2026-08-11 13:42 by 会议编辑
[基金申请] FileCode能看出啥? +7 要乐观耀哥 2026-08-10 17/850 2026-08-11 10:50 by 要乐观耀哥
[基金申请] filecode +9 documentary 2026-08-10 9/450 2026-08-11 10:08 by wk7465
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +10 yufeiwaner 2026-08-09 11/550 2026-08-10 18:47 by yufeiwaner
[基金申请] 关于代码变化问题,想知道的进来 +17 且听虎啸 2026-08-07 24/1200 2026-08-10 18:35 by zhangduo2008
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +3 majunge000 2026-08-10 3/150 2026-08-10 15:46 by lch2012
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 好奇怪的filecode +4 布布和一二 2026-08-08 5/250 2026-08-10 14:20 by 冰心玉壶晴
[基金申请] filecode与中标关系的预测 +5 布布和一二 2026-08-07 5/250 2026-08-09 16:15 by 袁向阳007
[基金申请] 关于filecode,很负责任的告诉大家 +6 爱看书的可乐 2026-08-08 7/350 2026-08-08 22:13 by a_niu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 7/350 2026-08-07 13:11 by 医学老男孩
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 19/950 2026-08-07 12:20 by wlwhappy
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
信息提示
请填处理意见