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汕头大学海洋科学接受调剂
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zs806750658

铜虫 (正式写手)


[交流] LAMMPS输出的库伦能为什么是正值,而MS的discover算出的库伦能是负值 已有4人参与

相同的模型,相同的系宗,相同的力场,相同的参数设置,为什么用Material Studio的discover计算的单点能中库伦能是-4万多,而Lammps跑完输出的能量中库伦能是正5万多,看过手册发现两个软件计算库伦能的函数是一样的,为什么相差如此之大呢。而其他的范德华能、键能等相差不是很大,哪位高手能给予指点,不胜感激
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felixtian

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-11-11 02:29:54
我做了minimization,能量是正值,而且dynamics过程中输出的能量也是正值。LAMMPS输出的结果可以用lmparc.exe工具将输出的轨迹文件转换成arc格式,就可以用MS打开...

追问下,前面帖子里你说计算结果没有问题是基于什么标准呢?因为我做过一个优化测试,LAMMPS有没有静电力优化出来的结构是不一样的,LAMMPS没有静电力优化出来的结果和MS的结果差不多。就是LAMMPS用力场分配电荷计算时优化出来的结构和MS是不一样的。这样来说LAMMPS和MS两个必然有个优化出来的结构是错的,我倾向认为LAMMPS优化出来的结构不合理。
还有,问下关于电荷的问题,我对LAMMPS对电荷处理不是很清楚,可能问题比较浅显,望见谅。电荷在计算过程中是不变的吧,是不是要设置计算过程电荷重新平衡,电荷才会变化?最后优化结构的电荷我在log.lammps里没有找到,需要在in文件加入参数才能输出吗?谢谢。
11楼2015-11-12 09:17:26
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2015-06-02 13:05:32
你用的是什么pair_style, 又是怎么把静电能输出的?

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用,那么静电相互作用被分为短程(实空间)和长程(倒空间)两部分进行计算。在用thermo_style进行输出时,ecoul对应于短程部分,通常是正值,elong对应于长程部分,通常是负值,两者之和才是总静电相互作用能。

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http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=23854
2楼2015-06-01 06:08:18
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zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-01 06:08:18
你用的是什么pair_style, 又是怎么把静电能输出的?

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用,那么静电相互作用被分为短程(实空间)和长程(倒空间)两部分进行计算。在用therm ...

非常感谢你的指导,我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0,采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong,其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904,两者之和还是正值45474.3486,但discover计算出的总势能却是负值-41512.690317。理论上来讲,两者的库伦能计算公式一样,而且参数设置一样,可是计算出来的结果却不同
3楼2015-06-02 04:25:18
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-06-01 08:25:18
非常感谢你的指导,我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0,采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong,其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904,两者之和还 ...

我也不是非常清楚为什么会出现这样的结果。我不是很清楚Material Studio里关于ewald summation的设置。你的体系是否是电中性,如果不是电中性的话有时可能会有奇怪的结果。

假如可能的话,可以做一个简单的测试:这个体系只包含一个正离子和一个负离子,两者所带电荷量相等,这样整个体系呈电中性。然后你用Material Studio和lammps计算相同一个configruation的静电能,看是否还会出现这样奇怪的现象。
4楼2015-06-02 09:34:05
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