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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » LAMMPS/DL_POLY » LAMMPS输出的库伦能为什么是正值，而MS的discover算出的库伦能是负值
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zs806750658

铜虫 (正式写手)

[交流] LAMMPS输出的库伦能为什么是正值，而MS的discover算出的库伦能是负值 已有4人参与

相同的模型，相同的系宗，相同的力场，相同的参数设置，为什么用Material Studio的discover计算的单点能中库伦能是-4万多，而Lammps跑完输出的能量中库伦能是正5万多,看过手册发现两个软件计算库伦能的函数是一样的，为什么相差如此之大呢。而其他的范德华能、键能等相差不是很大，哪位高手能给予指点，不胜感激
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1楼 2015-05-31 06:42:30
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felixtian

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
16楼: Originally posted by brigsun at 2015-12-16 18:20:59
你好！
我也遇到类似问题，但根据我的测试，我倾向于怀疑是lammps中special_bonds的设置问题。
默认情况下，lammps是不计算1-2,1-3,1-4原子的pairwise energy的。所以我怀疑这个设置MS和lammps不一样，但因为我查 ...

我不是楼主，但是很感谢你的指点，因为我也是被这个问题困扰。根据你的见解，我搜索了下，lammps论坛有帖子说使用pcff力场最好加入1-4pair interaction. 虽然现在我还没测试1-4pairwise interaction加入后是否能与MS结果一致，我觉得应该是你说的没错了。楼主看来对分子力学方面和lammps比较了解，希望有机会能请教些问题，谢谢。
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17楼2015-12-18 09:17:25
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2015-06-02 13:05:32
你用的是什么pair_style， 又是怎么把静电能输出的？

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用，那么静电相互作用被分为短程（实空间）和长程（倒空间）两部分进行计算。在用thermo_style进行输出时，ecoul对应于短程部分，通常是正值，elong对应于长程部分，通常是负值，两者之和才是总静电相互作用能。

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http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=23854
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2楼2015-06-01 06:08:18
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zs806750658

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-01 06:08:18
你用的是什么pair_style， 又是怎么把静电能输出的？

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用，那么静电相互作用被分为短程（实空间）和长程（倒空间）两部分进行计算。在用therm ...

非常感谢你的指导，我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0，采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong，其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904，两者之和还是正值45474.3486，但discover计算出的总势能却是负值-41512.690317。理论上来讲，两者的库伦能计算公式一样，而且参数设置一样，可是计算出来的结果却不同
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3楼2015-06-02 04:25:18
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-06-01 08:25:18
非常感谢你的指导，我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0，采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong，其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904，两者之和还 ...

我也不是非常清楚为什么会出现这样的结果。我不是很清楚Material Studio里关于ewald summation的设置。你的体系是否是电中性，如果不是电中性的话有时可能会有奇怪的结果。

假如可能的话，可以做一个简单的测试：这个体系只包含一个正离子和一个负离子，两者所带电荷量相等，这样整个体系呈电中性。然后你用Material Studio和lammps计算相同一个configruation的静电能，看是否还会出现这样奇怪的现象。
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4楼2015-06-02 09:34:05
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