24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
汕头大学海洋科学接受调剂
查看: 4063  |  回复: 19
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


[交流] LAMMPS输出的库伦能为什么是正值,而MS的discover算出的库伦能是负值 已有4人参与

相同的模型,相同的系宗,相同的力场,相同的参数设置,为什么用Material Studio的discover计算的单点能中库伦能是-4万多,而Lammps跑完输出的能量中库伦能是正5万多,看过手册发现两个软件计算库伦能的函数是一样的,为什么相差如此之大呢。而其他的范德华能、键能等相差不是很大,哪位高手能给予指点,不胜感激
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

felixtian

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
16楼: Originally posted by brigsun at 2015-12-16 18:20:59
你好!
我也遇到类似问题,但根据我的测试,我倾向于怀疑是lammps中special_bonds的设置问题。
默认情况下,lammps是不计算1-2,1-3,1-4原子的pairwise energy的。所以我怀疑这个设置MS和lammps不一样,但因为我查 ...

我不是楼主,但是很感谢你的指点,因为我也是被这个问题困扰。根据你的见解,我搜索了下,lammps论坛有帖子说使用pcff力场最好加入1-4pair interaction. 虽然现在我还没测试1-4pairwise interaction加入后是否能与MS结果一致,我觉得应该是你说的没错了。楼主看来对分子力学方面和lammps比较了解,希望有机会能请教些问题,谢谢。
17楼2015-12-18 09:17:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 20 个回答

lsloneil

专家顾问 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
月只蓝: 金币+3, 感谢指导 2015-06-02 13:05:32
你用的是什么pair_style, 又是怎么把静电能输出的?

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用,那么静电相互作用被分为短程(实空间)和长程(倒空间)两部分进行计算。在用thermo_style进行输出时,ecoul对应于短程部分,通常是正值,elong对应于长程部分,通常是负值,两者之和才是总静电相互作用能。

类似的帖子
http://simulation.haotui.com/viewthread.php?tid=23854
2楼2015-06-01 06:08:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zs806750658

铜虫 (正式写手)


引用回帖:
2楼: Originally posted by lsloneil at 2015-06-01 06:08:18
你用的是什么pair_style, 又是怎么把静电能输出的?

如果你使用的相互作用势利用ewald summation或 pppm 来计算静电相互作用,那么静电相互作用被分为短程(实空间)和长程(倒空间)两部分进行计算。在用therm ...

非常感谢你的指导,我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0,采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong,其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904,两者之和还是正值45474.3486,但discover计算出的总势能却是负值-41512.690317。理论上来讲,两者的库伦能计算公式一样,而且参数设置一样,可是计算出来的结果却不同
3楼2015-06-02 04:25:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lsloneil

专家顾问 (正式写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by zs806750658 at 2015-06-01 08:25:18
非常感谢你的指导,我的pair_style 选择的是lj/class2/coul/long 10.0,采用的是ewald summation计算的静电相互作用。thermol_style的静电输出包括ecoul和elong,其中ecoul=54507.739;elong=-9033.3904,两者之和还 ...

我也不是非常清楚为什么会出现这样的结果。我不是很清楚Material Studio里关于ewald summation的设置。你的体系是否是电中性,如果不是电中性的话有时可能会有奇怪的结果。

假如可能的话,可以做一个简单的测试:这个体系只包含一个正离子和一个负离子,两者所带电荷量相等,这样整个体系呈电中性。然后你用Material Studio和lammps计算相同一个configruation的静电能,看是否还会出现这样奇怪的现象。
4楼2015-06-02 09:34:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂 +11 月@163.com 2026-04-11 11/550 2026-04-13 22:52 by pies112
[考研] 求调剂,985材料与化工348分 +9 涵竹刘 2026-04-11 14/700 2026-04-13 22:26 by 涵竹刘
[考研] 2026硕士调剂_能动_河南农业大学 +4 河南农业大学-能 2026-04-12 4/200 2026-04-13 22:01 by bljnqdcc
[考研] 300分求调剂 (085501机械专硕,本科扬大) +8 xu@841019 2026-04-11 9/450 2026-04-13 21:36 by xu@841019
[考研] 调剂求收留 +31 果然有我 2026-04-10 32/1600 2026-04-13 21:35 by gretl
[考研] 复试调剂 +17 积极向上; 2026-04-10 19/950 2026-04-13 19:53 by 闲人终南山
[考研] 339求调剂 +4 hanwudada 2026-04-12 4/200 2026-04-13 12:03 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿085802 323分求调剂 +13 drizzle_9 2026-04-12 14/700 2026-04-13 10:26 by Faiz5552
[考研] 290调剂生物0860 +28 哇哈哈,。 2026-04-11 31/1550 2026-04-13 01:16 by 幸免 ..
[考研] +10 李多米lee. 2026-04-12 11/550 2026-04-12 22:58 by yuyin1233
[考研] 一志愿西北工业大学289 085602 +33 yang婷 2026-04-10 34/1700 2026-04-12 08:11 by Art1977
[考研] 化学308分求调剂 +22 你好明天你好 2026-04-07 24/1200 2026-04-11 11:14 by ChemPharm
[考研] 297求调剂 +9 Kwgyz 2026-04-09 9/450 2026-04-11 10:09 by zhq0425
[考研] 298求调剂 +9 钉叮咚冬瓜 2026-04-07 11/550 2026-04-11 09:35 by zhq0425
[考研] 342电子信息专硕求调剂 +9 你让我怎么荔枝 2026-04-10 10/500 2026-04-11 08:33 by zhq0425
[考研] 中科院总分315求调剂 +8 lallalh 2026-04-09 8/400 2026-04-10 19:30 by dick_runner
[考研] 初试261 +3 Asht少 2026-04-10 6/300 2026-04-10 16:38 by Asht少
[考研] 已调剂 +18 柴郡猫_ 2026-04-09 19/950 2026-04-09 22:10 by 柴郡猫_
[考研] 334求调剂 +16 Riot2025 2026-04-08 17/850 2026-04-09 09:28 by wdyheheeh
[考研] 考研求调剂 +4 雯??? 2026-04-08 4/200 2026-04-08 21:44 by 土木硕士招生
信息提示
请填处理意见