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lwk5716

铁杆木虫 (正式写手)

[交流] 关于实验中可变剪切的一些问题 已有1人参与

各位前辈:我在帮师姐做实验的过程中,遇到了一个问题。在扩增一个基因之后(用cDNA扩增),电泳发现只有一条带,切胶回收后连接T载体,挑菌测序,发现有些片段少了一个内含子,做了几次,挑菌7,8个会有一个,有时候少的内含子还不一样。但是,扩增后跑1%或2%琼脂糖胶只能看到一条带,可变的那条带比目的大小少100多bp,但是胶上就看不到那条带,这是怎么回事啊?在可变的内含子上设计引物倒是能扩出可变的那条带,只是全长就看不到了,是不是可变的比例占得小啊?
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luwei13566

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
西门吹雪170: 金币+3, 鼓励回帖交流 2015-05-19 22:49:19
有点不明白LZ的意思,你拿cDNA克隆,正常情况下就应该不带内含子的,又何来的少一个内含子一说,是多一个内含子吧。。。7 8个菌会有一个完全不带内含子的正常序列,还是7 8个菌里面会有一个不正常的带内含子的序列?

这种可变剪切在你整个模板中肯定是少见的,所以在你整个PCR扩增过程中较少存在,以至于肉眼看不到带,具体想验证有多大的比例,用你内含子上设计的引物,从你TA克隆的平板上挑上50—100个转化子做个菌落PCR计算一下能扩增出带的转化子数即可推算出大概的比例。
大家相互帮助哈
8楼2015-05-17 22:50:36
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查看全部 14 个回答

阿Q~~

至尊木虫 (文坛精英)

路过的看了一下,帮顶,祝福你好运!~~~~~~~~~~~~~~~~~~
自强不息,厚德载物;独立精神,自由思想。
3楼2015-05-17 09:38:12
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781055707

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
lwk5716: 金币+5, 谢谢你的回答! 2015-05-17 21:19:26
只要全部条带都得到了,可以考虑做个重叠pcr把要的连起来。

[ 发自小木虫客户端 ]
采菊东篱下,悠然见南山。
4楼2015-05-17 17:43:38
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xiaochong8693

木虫之王 (文坛精英)

哈哈~飘过~留下满满的祝福
祝福楼主 一切顺利
6楼2015-05-17 18:30:32
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