应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求从RNA-seq得到可变剪接的软件
151/2返回列表12下一页
查看: 2110  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

今夜无风

铜虫 (小有名气)

[求助] 求从RNA-seq得到可变剪接的软件

请问大侠有没有什么好的工具能够从RNA-seq数据得到可变剪接数据的？？

[ Last edited by 今夜无风 on 2011-10-10 at 10:36 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-10-10 09:50:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

今夜无风

铜虫 (小有名气)
怎么没人回复呢？大家都没有做这一块的么？
赞一下 回复此楼
2楼2011-10-10 10:42:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baby1885

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
lstt09nk(金币+2): 感谢参与 2011-10-11 14:21:46
你可以看看这个
http://bioinformatics.zj.cn/splicingviewer/
赞一下(1人) 回复此楼
没有最好，只有更好!
3楼2011-10-11 10:16:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yisn

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
lstt09nk(金币+2): 鼓励参与 2011-10-11 14:22:02
TOPHAT cufflinks 跟splicing好像有关系。不过我不做这个。你可以去这些个软件的网站看看，跟bowtie之类的是同一个组开发的。在nature子刊上发表过的软件。
赞一下(1人) 回复此楼
慢工出细活...
4楼2011-10-11 10:48:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mmjjwanm

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
lstt09nk(金币+2): 鼓励下 2011-10-11 14:50:24
Tophat

用Tophat吧，挺简单的，参见 http://tophat.cbcb.umd.edu/
放在UNIX/LINUX下面用
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2011-10-11 14:37:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mmjjwanm

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
看天(金币+3): 鼓励一下 常来 2011-10-11 17:20:04
不好意思，我记错了
Tophat用于identify junction的
做alternative splicing 要用Cufflink或者是Splicemap

你搜一下Trapnell C发再Nature 子刊上的一篇review，专门介绍了RNA-seq的计算软件
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-10-11 14:56:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

今夜无风

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by baby1885 at 2011-10-11 10:16:49:
你可以看看这个
http://bioinformatics.zj.cn/splicingviewer/

这个现在正在看，不过因为没有参考文献，不好确定他的准确性，想看看有没有更权威的
赞一下 回复此楼
7楼2011-10-12 10:40:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

今夜无风

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yisn at 2011-10-11 10:48:38:
TOPHAT cufflinks 跟splicing好像有关系。不过我不做这个。你可以去这些个软件的网站看看，跟bowtie之类的是同一个组开发的。在nature子刊上发表过的软件。

好像得到的结果不是很直接，配起来也比较麻烦
赞一下 回复此楼
8楼2011-10-12 10:41:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

今夜无风

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by mmjjwanm at 2011-10-11 14:37:07:
Tophat

用Tophat吧，挺简单的，参见 http://tophat.cbcb.umd.edu/
放在UNIX/LINUX下面用

这个好像只是做mapping的
赞一下 回复此楼
9楼2011-10-12 10:42:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

今夜无风

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by mmjjwanm at 2011-10-11 14:56:32:
不好意思，我记错了
Tophat用于identify junction的
做alternative splicing 要用Cufflink或者是Splicemap

你搜一下Trapnell C发再Nature 子刊上的一篇review，专门介绍了RNA-seq的计算软件

RNA-seq软件挺多的，想找一个专门针对可变剪接的，最好是能给出具体的可变事件类型。splingViewer就是这种形式，但是没有参考文献，论文好像还没发出来，发论文的时候不好用呀
赞一下 回复此楼
10楼2011-10-12 10:46:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 今夜无风 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 一志愿南昌大学，327分，材料与化工085600 +5 Ncdx123456 2026-03-19 5/250 2026-03-20 11:15 by wangy0907
[考研] 08工学调剂 +4 用户573181 2026-03-20 4/200 2026-03-20 10:32 by 朗月清风1
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +8 步川酷紫123 2026-03-13 8/400 2026-03-20 08:47 by xingguangj
[考研] 材料学硕318求调剂 +5 February_Feb 2026-03-19 5/250 2026-03-19 23:51 by 23Postgrad
[考研] 288求调剂 +15 于海海海海 2026-03-19 15/750 2026-03-19 22:41 by 学员8dgXkO
[考博] 申博26年 +3 八6八68 2026-03-19 3/150 2026-03-19 19:43 by nxgogo
[考研] 288求调剂，一志愿华南理工大学071005 +5 ioodiiij 2026-03-17 5/250 2026-03-19 18:22 by zcl123
[考博] 东华理工大学化材专业26届硕士博士申请 +8 zlingli 2026-03-13 8/400 2026-03-19 16:32 by 轻松不少随
[考研] 266求调剂 +5 阳阳哇塞 2026-03-14 10/500 2026-03-19 15:08 by 阳阳哇塞
[考研] 一志愿985，本科211，0817化学工程与技术319求调剂 +10 Liwangman 2026-03-15 10/500 2026-03-19 10:25 by 无际的草原
[考研] 0703化学 305求调剂 +4 FY_yy 2026-03-14 4/200 2026-03-19 05:54 by anny19840123
[考研] 材料工程专硕调剂 +5 204818@lcx 2026-03-17 6/300 2026-03-18 22:55 by 204818@lcx
[考研] 085601专硕，总分342求调剂，地区不限 +5 share_joy 2026-03-16 5/250 2026-03-18 14:48 by haxia
[考研] 304求调剂 +12 小熊joy 2026-03-14 13/650 2026-03-18 12:34 by Linda Hu
[硕博家园] 湖北工业大学 生命科学与健康学院-课题组招收2026级食品/生物方向硕士 +3 1喜春8 2026-03-17 5/250 2026-03-17 17:18 by ber川cool子
[考研] 材料工程专硕274一志愿211求调剂 +6 薛云鹏 2026-03-15 6/300 2026-03-17 11:05 by 学员h26Tkc
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 复试调剂 +3 呼呼？~+123456 2026-03-14 3/150 2026-03-14 16:53 by WTUChen
[考研] 一志愿哈工大材料324分求调剂 +5 闫旭东 2026-03-14 5/250 2026-03-14 14:53 by 木瓜膏
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭