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今夜无风

铜虫 (小有名气)

[求助] 求从RNA-seq得到可变剪接的软件

请问大侠有没有什么好的工具能够从RNA-seq数据得到可变剪接数据的??

[ Last edited by 今夜无风 on 2011-10-10 at 10:36 ]
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今夜无风

铜虫 (小有名气)

怎么没人回复呢?大家都没有做这一块的么?
2楼2011-10-10 10:42:01
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baby1885

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
lstt09nk(金币+2): 感谢参与 2011-10-11 14:21:46
没有最好,只有更好!
3楼2011-10-11 10:16:49
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yisn

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
lstt09nk(金币+2): 鼓励参与 2011-10-11 14:22:02
TOPHAT cufflinks 跟splicing好像有关系。不过我不做这个。你可以去这些个软件的网站看看,跟bowtie之类的是同一个组开发的。在nature子刊上发表过的软件。
慢工出细活...
4楼2011-10-11 10:48:38
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mmjjwanm

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
lstt09nk(金币+2): 鼓励下 2011-10-11 14:50:24
Tophat

用Tophat吧,挺简单的,参见 http://tophat.cbcb.umd.edu/
放在UNIX/LINUX下面用
5楼2011-10-11 14:37:07
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mmjjwanm

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
看天(金币+3): 鼓励一下 常来 2011-10-11 17:20:04
不好意思,我记错了
Tophat用于identify junction的
做alternative splicing 要用Cufflink或者是Splicemap

你搜一下Trapnell C发再Nature 子刊上的一篇review,专门介绍了RNA-seq的计算软件
6楼2011-10-11 14:56:32
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今夜无风

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by baby1885 at 2011-10-11 10:16:49:
你可以看看这个
http://bioinformatics.zj.cn/splicingviewer/

这个现在正在看,不过因为没有参考文献,不好确定他的准确性,想看看有没有更权威的
7楼2011-10-12 10:40:36
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今夜无风

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by yisn at 2011-10-11 10:48:38:
TOPHAT cufflinks 跟splicing好像有关系。不过我不做这个。你可以去这些个软件的网站看看,跟bowtie之类的是同一个组开发的。在nature子刊上发表过的软件。

好像得到的结果不是很直接,配起来也比较麻烦
8楼2011-10-12 10:41:47
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今夜无风

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by mmjjwanm at 2011-10-11 14:37:07:
Tophat

用Tophat吧,挺简单的,参见 http://tophat.cbcb.umd.edu/
放在UNIX/LINUX下面用

这个好像只是做mapping的
9楼2011-10-12 10:42:50
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今夜无风

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
6楼: Originally posted by mmjjwanm at 2011-10-11 14:56:32:
不好意思,我记错了
Tophat用于identify junction的
做alternative splicing 要用Cufflink或者是Splicemap

你搜一下Trapnell C发再Nature 子刊上的一篇review,专门介绍了RNA-seq的计算软件

RNA-seq软件挺多的,想找一个专门针对可变剪接的,最好是能给出具体的可变事件类型。splingViewer就是这种形式,但是没有参考文献,论文好像还没发出来,发论文的时候不好用呀
10楼2011-10-12 10:46:37
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