24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2167  |  回复: 14
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

今夜无风

铜虫 (小有名气)

[求助] 求从RNA-seq得到可变剪接的软件

请问大侠有没有什么好的工具能够从RNA-seq数据得到可变剪接数据的??

[ Last edited by 今夜无风 on 2011-10-10 at 10:36 ]
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mmjjwanm

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
看天(金币+3): 鼓励一下 常来 2011-10-11 17:20:04
不好意思,我记错了
Tophat用于identify junction的
做alternative splicing 要用Cufflink或者是Splicemap

你搜一下Trapnell C发再Nature 子刊上的一篇review,专门介绍了RNA-seq的计算软件
6楼2011-10-11 14:56:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 15 个回答

今夜无风

铜虫 (小有名气)

怎么没人回复呢?大家都没有做这一块的么?
2楼2011-10-10 10:42:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

baby1885

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
lstt09nk(金币+2): 感谢参与 2011-10-11 14:21:46
没有最好,只有更好!
3楼2011-10-11 10:16:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yisn

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
lstt09nk(金币+2): 鼓励参与 2011-10-11 14:22:02
TOPHAT cufflinks 跟splicing好像有关系。不过我不做这个。你可以去这些个软件的网站看看,跟bowtie之类的是同一个组开发的。在nature子刊上发表过的软件。
慢工出细活...
4楼2011-10-11 10:48:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 接受任何调剂 +4 也就是栗子 2026-04-17 4/200 2026-04-17 17:57 by Equinoxhua
[考研] 297,工科调剂? +4 河南农业大学-能 2026-04-14 4/200 2026-04-16 22:52 by wulijun2012
[考研] 291求调剂 +9 关忆北. 2026-04-14 9/450 2026-04-16 22:49 by cfdbai
[考研] 294求调剂 +14 淡然654321 2026-04-15 14/700 2026-04-16 21:01 by lpl364211
[考研] 26药学专硕105500求调剂 +6 喽哈加油 2026-04-13 7/350 2026-04-16 14:31 by zhouxiaoyu
[考研] 327求调剂 +26 Xxjc1107. 2026-04-13 29/1450 2026-04-16 10:52 by Espannnnnol
[考研] 求调剂推荐 +8 小聂爱学习 2026-04-14 8/400 2026-04-16 07:22 by 学员JpLReM
[考研] 一志愿A区211,22408 321求调剂 +6 随心所欲☆ 2026-04-15 7/350 2026-04-15 21:45 by lbsjt
[考研] 求助调剂,跨调 +19 X十甫寸Y 2026-04-11 20/1000 2026-04-15 21:18 by cuisz
[考研] 085404 22408 309分求调剂 +9 lzmk 2026-04-14 10/500 2026-04-15 20:02 by 学员JpLReM
[考研] 药学求调剂 +11 RussHu 2026-04-12 13/650 2026-04-15 19:07 by zhuwenxu
[考研] 材料工程281还有调剂机会吗 +43 xaw. 2026-04-11 44/2200 2026-04-15 12:46 by 西北望—风沙
[考研] 考研调剂 +13 长弓傲 2026-04-13 14/700 2026-04-14 14:44 by zs92450
[考研] 考研求调剂 +6 ban班小七 2026-04-11 6/300 2026-04-14 14:06 by 哆啦A梦只是个梦
[考研] 305求调剂 +8 玛卡巴卡boom 2026-04-11 8/400 2026-04-14 09:04 by pengliang8036
[考研] 302求调剂 +10 易!? 2026-04-13 10/500 2026-04-13 19:04 by lbsjt
[考研] 一志愿浙大生物325分求调剂 +9 zysheng 2026-04-12 9/450 2026-04-12 22:31 by yuyin1233
[考研] 339求调剂 +8 hanwudada 2026-04-11 9/450 2026-04-12 15:36 by laoshidan
[考研] 调剂 +5 文道星台 2026-04-11 5/250 2026-04-11 15:01 by 凯凯要变帅
[考研] 求调剂 +3 胃痉挛累了 2026-04-11 5/250 2026-04-11 14:13 by luhong1990
信息提示
请填处理意见