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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求从RNA-seq得到可变剪接的软件
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今夜无风

铜虫 (小有名气)

[求助] 求从RNA-seq得到可变剪接的软件

请问大侠有没有什么好的工具能够从RNA-seq数据得到可变剪接数据的？？

[ Last edited by 今夜无风 on 2011-10-10 at 10:36 ]
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1楼 2011-10-10 09:50:55
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今夜无风

铜虫 (小有名气)
怎么没人回复呢？大家都没有做这一块的么？
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2楼2011-10-10 10:42:01
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baby1885

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
lstt09nk(金币+2): 感谢参与 2011-10-11 14:21:46
你可以看看这个
http://bioinformatics.zj.cn/splicingviewer/
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没有最好，只有更好!
3楼2011-10-11 10:16:49
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yisn

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
lstt09nk(金币+2): 鼓励参与 2011-10-11 14:22:02
TOPHAT cufflinks 跟splicing好像有关系。不过我不做这个。你可以去这些个软件的网站看看，跟bowtie之类的是同一个组开发的。在nature子刊上发表过的软件。
赞一下(1人) 回复此楼
慢工出细活...
4楼2011-10-11 10:48:38
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mmjjwanm

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
lstt09nk(金币+2): 鼓励下 2011-10-11 14:50:24
Tophat

用Tophat吧，挺简单的，参见 http://tophat.cbcb.umd.edu/
放在UNIX/LINUX下面用
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5楼2011-10-11 14:37:07
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mmjjwanm

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
看天(金币+3): 鼓励一下 常来 2011-10-11 17:20:04
不好意思，我记错了
Tophat用于identify junction的
做alternative splicing 要用Cufflink或者是Splicemap

你搜一下Trapnell C发再Nature 子刊上的一篇review，专门介绍了RNA-seq的计算软件
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-10-11 14:56:32
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今夜无风

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by baby1885 at 2011-10-11 10:16:49:
你可以看看这个
http://bioinformatics.zj.cn/splicingviewer/

这个现在正在看，不过因为没有参考文献，不好确定他的准确性，想看看有没有更权威的
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7楼2011-10-12 10:40:36
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今夜无风

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yisn at 2011-10-11 10:48:38:
TOPHAT cufflinks 跟splicing好像有关系。不过我不做这个。你可以去这些个软件的网站看看，跟bowtie之类的是同一个组开发的。在nature子刊上发表过的软件。

好像得到的结果不是很直接，配起来也比较麻烦
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8楼2011-10-12 10:41:47
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今夜无风

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by mmjjwanm at 2011-10-11 14:37:07:
Tophat

用Tophat吧，挺简单的，参见 http://tophat.cbcb.umd.edu/
放在UNIX/LINUX下面用

这个好像只是做mapping的
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9楼2011-10-12 10:42:50
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今夜无风

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by mmjjwanm at 2011-10-11 14:56:32:
不好意思，我记错了
Tophat用于identify junction的
做alternative splicing 要用Cufflink或者是Splicemap

你搜一下Trapnell C发再Nature 子刊上的一篇review，专门介绍了RNA-seq的计算软件

RNA-seq软件挺多的，想找一个专门针对可变剪接的，最好是能给出具体的可变事件类型。splingViewer就是这种形式，但是没有参考文献，论文好像还没发出来，发论文的时候不好用呀
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10楼2011-10-12 10:46:37
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