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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 求从RNA-seq得到可变剪接的软件
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今夜无风

铜虫 (小有名气)

[求助] 求从RNA-seq得到可变剪接的软件

请问大侠有没有什么好的工具能够从RNA-seq数据得到可变剪接数据的？？

[ Last edited by 今夜无风 on 2011-10-10 at 10:36 ]
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1楼 2011-10-10 09:50:55
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mmjjwanm

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
lstt09nk(金币+2): 鼓励下 2011-10-11 14:50:24
Tophat

用Tophat吧，挺简单的，参见 http://tophat.cbcb.umd.edu/
放在UNIX/LINUX下面用
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5楼2011-10-11 14:37:07
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mmjjwanm

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
看天(金币+3): 鼓励一下 常来 2011-10-11 17:20:04
不好意思，我记错了
Tophat用于identify junction的
做alternative splicing 要用Cufflink或者是Splicemap

你搜一下Trapnell C发再Nature 子刊上的一篇review，专门介绍了RNA-seq的计算软件
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-10-11 14:56:32
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mmjjwanm

金虫 (正式写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 今夜无风 at 2011-10-12 10:42:50:
这个好像只是做mapping的

Mapping是用Bowtie，MAQ之类的吧

Tophat和Bowtie我都自己用过
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11楼2011-10-12 11:30:36
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