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xiezhancnu

木虫 (小有名气)

[求助] perl程序求助~ 已有2人参与

chr        start        end
chr10        2        4
chr1        2        3
chr3        2        4
chr1        1        2
chr2        1        3
chr10        3        5

排序成：
chr        start        end
chr1        1        2
chr1        2        3
chr2        1        3
chr3        2        4
chr10        2        4
chr10        3        5
首先按照第一列染色体顺序排chr1 chr2 ……chr9,chr10,chr11……chr21,chr22,chrX,chrY
相同染色体则按照位置的前后顺序进行排列。

先谢过！
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1楼 2015-05-07 11:08:53
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上官神速

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

@ARGV==1 || die "No way";
my ($text) = @ARGV;
my @tmp;
my $hd;
open($hd,"< $text" || die "can not open it";
while(<$hd>
{
      chomp;
          s/^\s+//g;
          s/chr//;
          s/\s+/-/;
          push(@tmp,$_);
}
my @sorted = sort {$a <=> $b } @tmp;
foreach(@sorted){s/\-/ /g;print "chr$_\n";}


结果：chr1 2        3
chr1 1        2
chr2 1        3
chr3 2        4
chr10 2        3
chr10 3        5
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4楼2015-06-12 16:39:57
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退化or进化

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
为什么要自己写perl脚本呢？Linux下的sort不就可以完成？或者更专业的用bedtools啊...
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2楼2015-05-08 08:32:04
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上官神速

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

@ARGV==1 || die "No way";
my ($text) = @ARGV;
my @tmp;
my $hd;
open($hd,"< $text" || die "can not open it";
while(<$hd>
{
      chomp;
          s/\s+//g;
          s/chr//;
          push(@tmp,$_);
}
my @sorted = sort {$a <=> $b } @tmp;
foreach(@sorted){s/(.*)([0-9])([0-9])$/$1 $2 $3/;print "chr$_\n";}
结果：
chr1 1 2
chr1 2 3
chr2 1 3
chr3 2 4
chr10 2 4
chr10 3 5
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3楼2015-06-12 16:22:29
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