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亲们，我的两个文件是这样的 1文件chr1 - 9901.5 chr1 - 144612.5 chr1 - 227317.5 chr1 - 227321.5 chr1 + 267647.5 chr1 - 267648.5 chr1 - 267649.5 chr2 + 267651.5 chr2 - 267652.5 chr3 - 521268.5 chr3 - 569831.5 chr1 + 713294.5 chr1 - 713307.5 chr1 - 753396.5 chr1 + 762732.5 chr3 - 801094.5 chr1 + 808622.5 chr2 - 808633.5 chr1 - 819067.5 3文件 chr1 - 9802 144712 chr1 - 227222 227421 chr1 - 267552 267751 chr2 + 267552 267753 处理上边两个文件的预期目标是 chr1 - 9802 144712 3 chr1 - 227222 227421 2 chr1 - 267552 267751 2 chr2 + 267552 267753 0 我想在两个文件第一列和第二列相同的情况下，如果1文件的第三列有一个处于3文件的第三列和第四列之间的情况下，$n就加1。有两个就加2，以此类推，$n初始值为0.其中的3,2，2,0是$n. my %hash; my $n=0; open OUTFILE,'>','result1'; open FILE,'<','1'; while (<FILE>  {chomp; ($a,$b,$c)=(split)[0,1,2]; $hash{$a}=1; $hash{$b}=2; open FILE,'<','3'; while (<FILE> {chomp; ($d,$e,$f,$g)=(split)[0,1,2,3]; if(exists $hash{$d} && exists $hash{$e}){ @array=sort{$a <=> $b}($f,$g); next if $c<$array[0] ; next if $c>$array[1]; $n++; }print OUTFILE"$d $e $f $g $n\n"; } } 这是我编写的程序，大家能不能帮我看看是哪里出了问题啊或者帮我重新编写一个，甚是感谢各位大牛了。 |
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【答案】应助回帖
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李靖: 金币+15, ★有帮助 2014-11-25 09:42:42
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首先先让我理解你的算法： 根据你说的 chr1 - 9802 144712 第3，4列是9802和144712，那区间就是9802-144712 在1文件中，只有第二行chr1 - 144612.5 在这个区间，那你的结果为什么是3呢？ 其次，请确定1文件和3文件的分割符是空格，还是tab 接着 看上去第二列的正反链信息好像没有用的 最后 请在你的程序上加上注释，我可以帮你看看，你到底错在哪里： 是算法错误，还是perl实现错误 |
2楼2014-11-10 17:36:47
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不好意思，昨天把1文件上传错了，如果按一文件的话，预期的目标是 chr1 - 9802 144712 2 chr1 - 227222 227421 2 chr1 - 267552 267751 2 chr2 + 267552 267753 1 我解释一下，我想干什么(上边文件1的最开头还有一行chr1 - 9901.5 )，我另$n的初始值为0，如果文件1的第三列有落在文件三的第三列和第四列之间，那么$n就加1，以此类推， chr1 - 9901.5 chr1 - 144612.5 如上边两行的第三列都在9802 144712 之间，所以$n就为2.同样下边也是这样的也就是生物中数read个数。可以帮我编写一个也是可以的，因为帮别人改程序确实很麻烦的，非常感谢 |
3楼2014-11-11 08:34:54
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4楼2014-11-11 08:39:55
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#!/usr/bin/perl -w use strict; use warnings; open FILE, '<','3'; open AFILE, '<','1'; open OUT,'>','result'; my @array1 = <FILE>; my @array2 = <AFILE>; my @b; foreach my $array1(@array1){ chomp($array1); my @a1=split /\s+/,$array1; my $cnt1=0; foreach my $array2(@array2) { chomp($array2); my @a2 = split /\s+/,$array2; if ($a1[0] eq $a2[0] and $a1[1] eq $a2[1]){ @b=sort{$a<=>$b}($a1[2],$a1[3]); $cnt1++ if ($a2[2]>= $b[0] and $a2[2] <= $b[1]); } }print OUT "@a1 $cnt1\n" } 亲，我自己改写变出来了，不过我感觉运行很慢，能不能帮我修改一下 |
5楼2014-11-11 08:54:19
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my %hash; my $n=0; open OUTFILE,'>','result1'; open FILE,'<','1'; while (<FILE> { chomp; ($a,$b,$c)=(split)[0,1,2]; $hash{$a}=1; $hash{$b}=2; open FILE,'<','3'; while (<FILE>{ chomp; ($d,$e,$f,$g)=(split)[0,1,2,3]; if(exists $hash{$d} && exists $hash{$e})#这一行的意思是，我想同时存在一文件的第一列和第二列{ @array=sort{$a <=> $b}($f,$g);#因为有正负链的原因，所以我将3文件的第三列和第四列进行了一下重新排序 next if $c<$array[0] ; next if $c>$array[1];#将不在这个区间的所有$c给除去 $n++; #有多少个$c就$n就为多少 }print OUTFILE"$d $e $f $g $n\n"; } } |
6楼2014-11-11 09:03:03
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