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张俊亚木虫 (正式写手)
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[求助]
求人写个程序,生物信息学分析方面的要求用perl或者python来写! 已有4人参与
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要求其实很简单,具体的理论我就拿个例子来讲吧!是生物信息学方面的! fasta格式的文件 >1 ATCAGATATATATCGGCGG................. >2 .... >45000 ATCAGTATCACAGTG...................,....... 一般能够有几万条序列,从这样的fasta格式文件中,找到以ATCAG(假设,要求这个序列可以自由设定)为开头的序列,并将其变成其反向互补序列(就是把整条序列反过来然后按A-T,C-G转换就行)。最好用python和perl来写,求高手指点!谢谢! |
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2楼2014-06-08 21:02:55
yuehedou
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3楼2014-06-08 21:05:25
【答案】应助回帖
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用python试了一下,交流一下 =================================================== #!/usr/bin/python fasta=open('yourfile') fastalist=fasta.readlines() fasta.close() linenum=0 def rev(a): b=a[::-1] c='' for ii in b: if ii=='A': c=c+'T' if ii=='T': c=c+'A' if ii=='C': c=c+'G' if ii=='G': c=c+'C' return c while linenum<len(fastalist): print fastalist[linenum][:-1] if fastalist[linenum+1][:5]=='ATCAG': print rev(fastalist[linenum+1]) else: print fastalist[linenum+1][:-1] linenum+=2 |
4楼2014-06-12 15:23:04
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5楼2014-06-13 21:22:26
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6楼2014-07-15 16:21:45














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)))木虫会把右括号转化为笑脸??