#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use autodie;

open IN,'<',$ARGV[0];
open OUT,'>',$ARGV[1];

while (<IN>){
        next if /^>/;
        if (/^ATCAG/){
                $_ = reverse $_;
                $_ =~ tr/ATCG/TAGC/;
                print OUT "$_\n";
        }
}

#! /usr/bin/perl

while (<>) {
    my $id = $_;
    chomp (my $seq = <>);
    if ($seq =~ /ATCAG/) {
        print $id;
        my @bases = split //, $seq;
        foreach (reverse @bases) {
            s/A/T/ or s/T/A/ or s/G/C/ or s/C/G/;
            print "$_";
        }
        print "\n";
    }
}