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zdyhbz

新虫 (初入文坛)

[求助] NPT下的压力 已有4人参与

大家好!最近碰到个问题想请教一下!打扰了!

我想在NPT系综下对水弛豫一段时间,压力给定1个大气压。但是不知道为什么压力跳跃很厉害,体系远远偏离给定的P。并且还出现负值。大家能不能帮我看看到底哪里出错了?

另外怎么会出现负的压力呢?真的想不明白。。。

#in文件
units                metal
atom_style      full
bond_style      harmonic
angle_style     harmonic
processors      3 2 2

read_data      MSD_293.lammps_data

group            Water type 1 2
group            Oxygen  type  1
group            hydrogen  type 2

pair_style        lj/cut/coul/long 15.0
kspace_style   pppm  10e-4

pair_coeff       1 1  0.006738853 3.166
pair_coeff       1 2  0.0  0.0
pair_coeff       2 2  0.0  0.0

velocity all create 293.0 87287 dist gaussian rot yes units box

neigh_modify every 5 delay 10 check yes page 1000000 one 10000

fix       1 all shake 0.0001 10 0 b 1 a 1
fix       2 all npt temp 293. 293. 0.1 iso 1.01325 1.01325 1.0
fix       3 all efield 0.0 0.0 0.0

thermo_style custom step pe ke etotal pxx pyy pzz lx ly lz temp press vol
thermo 1000

timestep        0.001
run             250000

#log文件
Step        Pxx        Pyy        Pzz        Press
0        181188.5        183019.4        203592.6        189266.8
1000        -1751.91        -1655.94        -1439.9        -1615.92
2000        -595.486        -744.252        -360.922        -566.887
3000        -484.424        -187.144        -554.685        -408.751
4000        -78.0598        -66.1142        87.11058        -19.0211
5000        121.5207        -145.694        -50.427        -24.8668
6000        217.5663        47.1163        161.9961        142.2262
7000        -214.931        -35.5806        -99.7462        -116.753
8000        -14.925        -95.959        -314.102        -141.662
9000        146.2439        -91.2819        151.249        68.73699
10000        -163.258        -484.921        -472.64        -373.606
11000        71.24688        -233.925        27.50841        -45.0566
12000        270.4836        211.9671        81.42193        187.9576
13000        -54.2666        -10.4728        18.88591        -15.2845
14000        -162.172        -69.7858        -71.7508        -101.236
15000        210.7572        34.77109        202.5613        149.3632
16000        -15.7762        -42.257        -190.674        -82.9024
17000        -78.0043        423.1222        -111.782        77.77874
18000        -4.91048        -282.987        -139.973        -142.624
19000        -176.231        206.6059        9.343061        13.23946
20000        -76.6895        272.7583        252.8252        149.6313
21000        76.41657        166.0637        -156.414        28.68863
22000        -567.576        -99.6713        45.87968        -207.123
23000        -82.8798        152.1289        -195.899        -42.2166
24000        -491.898        180.091        -365.879        -225.895
25000        183.6895        128.4664        261.8275        191.3278
26000        362.8234        262.1277        81.00841        235.3199
27000        -97.8331        -222.905        -14.8982        -111.879
28000        14.95781        -8.2984        2.938879        3.199427
29000        102.8558        120.8838        285.0376        169.5924
30000        103.8935        -96.6333        94.75559        34.00526
31000        10.09829        -305.575        -158.684        -151.387
32000        0.789599        -113.531        -23.0684        -45.2698
33000        107.5283        49.42627        286.5654        147.84
34000        296.2923        282.9671        200.8988        260.0527
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abinitio

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
没看到 ;boundary参数,lammps默认的是什么boundary?
2楼2015-04-29 07:41:19
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zdyhbz

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by abinitio at 2015-04-29 07:41:19
没看到 ;boundary参数,lammps默认的是什么boundary?

三个方向都是周期性边界条件
3楼2015-04-29 10:31:56
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克里斯蒂亚诺

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

您好,我也遇到类似问题,请问您是最后怎么解决的呢?
争取提前毕业的一名PHD
4楼2015-06-23 10:06:57
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gulubaozi

银虫 (小有名气)

NPT常规使用好像都会遇到这种问题,下面就是非常规的使用了,
manual中关于fix npt 命令还有一个drag 参数,楼主估计也看了关于它的说明,然后没有用;我见过 drag=0.1 的计算结果,压力的浮动在5个大气压以内,效果确实好,关键是他们也确实需要这种较为精确的结果
建议楼主结合自己模拟设计,决定是否使用drag 参数
5楼2015-06-24 09:48:02
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dengc09

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

6楼2015-06-30 16:04:44
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桃苦亦兮

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by gulubaozi at 2015-06-24 09:48:02
NPT常规使用好像都会遇到这种问题,下面就是非常规的使用了,
manual中关于fix npt 命令还有一个drag 参数,楼主估计也看了关于它的说明,然后没有用;我见过 drag=0.1 的计算结果,压力的浮动在5个大气压以内,效 ...

加入了drag,把压强调稳定了,但是体积一直变大,最后散掉了
7楼2015-07-01 09:51:10
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gulubaozi

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 桃苦亦兮 at 2015-07-01 09:51:10
加入了drag,把压强调稳定了,但是体积一直变大,最后散掉了...

嗯,有一个很好的实例。
敢问楼主的drag值是多少?
8楼2015-07-01 14:52:05
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gulubaozi

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 桃苦亦兮 at 2015-07-01 09:51:10
加入了drag,把压强调稳定了,但是体积一直变大,最后散掉了...

你的drag值是多少?
9楼2015-07-01 14:55:00
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gulubaozi

银虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 桃苦亦兮 at 2015-07-01 09:51:10
加入了drag,把压强调稳定了,但是体积一直变大,最后散掉了...

npt下体系的体积会有变化,在你做的模拟中,仅改变drag值,体系体积的变化相同吗?
10楼2015-07-01 17:30:15
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