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liutao_jlu822

银虫 (小有名气)

[交流] 动力学NPT压力

最近用vasp 5.2.12做NPT的MD模拟 以下是INCAR
ISTART = 0
INIWAV = 1

ISYM = 0

ENCUT = 800
ENAUG = 2400
PREC = high
MAXMIX = 40
EDIFF = 0.001
NELMIN = 4

ISMEAR = -1
SIGMA = 0.172

IBRION = 0
LREAL = .FALSE.

ALGO = Very Fast

NSW = 1000

LCHARG = .FALSE.
LWAVE = .TURE.
TEBEG = 2000.0
TEEND = 2000.0

SMASS = 0
NBLOCK = 50
POTIM = 1.0

PSTRESS = 1500
ISIF = 3

PMASS = 20

DMALGO = 3
LANGEVIN_GAMMA = 50,50,50
LANGEVIN_GAMMA_L = 50

提取OUTCAT中stress信息如下

in kB 4172.66112 3902.39396 4400.48371 0.75775 0.00033 -0.00129
in kB 4175.23568 3903.55126 4397.35739 -1.09890 4.17513 0.79122
in kB 4177.58431 3902.41118 4388.94827 -1.87095 8.17570 1.01140
in kB 4180.84173 3901.55583 4377.15279 -2.23297 11.91227 0.64589
in kB 4183.17536 3899.89882 4361.25600 -1.97631 15.42282 -0.17552
in kB 4184.61089 3897.95280 4341.75406 -1.03387 18.65903 -1.31153
in kB 4184.97713 3895.89317 4319.14836 0.60726 21.60255 -2.56697
in kB 4183.96156 3893.68236 4293.78485 2.78659 24.21068 -3.74790
in kB 4181.50387 3891.18446 4266.20603 5.28728 26.42985 -4.67963
in kB 4177.77326 3888.18529 4237.08118 7.81475 28.20301 -5.22024
in kB 4173.13620 3884.51263 4207.21849 10.00879 29.47044 -5.27320


我的问题是
为什么设置PSTRESS = 1500，但是OUTCAR却给出压力在4000左右？

如果只是普通的结构优化，设置IBRION = 2，stress信息如下

in kB 4164.18638 3891.83071 4390.16931 -0.00023 0.00009 0.00002
in kB 3839.38224 3590.92924 4038.54882 0.00163 -0.00007 -0.00002
in kB 2996.27502 2807.91069 3130.59147 -0.00024 -0.00002 -0.00013
in kB 1778.69087 1669.38225 1831.87127 -0.00002 0.00001 -0.00004
in kB 1497.67446 1404.55014 1534.81292 0.00048 -0.00002 0.00006
in kB 1448.12627 1357.76865 1482.58460 0.00035 0.00002 -0.00004
in kB 1449.96058 1361.96624 1487.14790 0.00273 0.00009 0.00010
in kB 1456.56412 1374.89207 1499.80704 0.00234 -0.00000 0.00001
in kB 1477.63406 1406.94473 1524.00978 -0.00029 -0.00005 0.00003
in kB 1548.88679 1500.03893 1572.79441 -0.00230 -0.00005 0.00007
in kB 1803.80977 1850.93418 1743.05711 -0.00311 0.00001 0.00025

....

in kB 1500.08061 1499.76833 1499.91247 0.00031 -0.00003 -0.00000
in kB 1499.86822 1499.56459 1499.69498 -0.00016 -0.00000 0.00002
in kB 1499.96526 1499.79712 1500.02728 0.00052 -0.00003 0.00000
in kB 1500.17449 1500.27199 1500.67246 0.00043 -0.00001 -0.00002
in kB 1499.88523 1500.04832 1500.34787 -0.00023 -0.00001 -0.00003
in kB 1499.30292 1499.59149 1499.70567 -0.00008 -0.00000 -0.00003
in kB 1499.58503 1499.88517 1499.85329 -0.00014 0.00002 -0.00004
in kB 1500.29745 1500.58586 1500.17384 -0.00009 0.00002 0.00000
in kB 1500.10129 1500.25323 1499.81734 0.00016 0.00004 0.00002
in kB 1500.08360 1500.17931 1499.73520 0.00020 0.00001 0.00001
in kB 1500.07581 1500.15166 1499.90178 0.00048 0.00001 -0.00001
in kB 1500.07394 1500.13570 1500.00074 0.00028 0.00001 0.00000

这个压力是正确的。

为什么做动力学的时候 （IBRION = 0）压力显示为4000多？
多谢
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1楼 2013-12-09 20:17:09
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)
★
liutao_jlu822(金币+2): 谢谢参与
计算时候用压力下的平衡结构做初始结构，一般MD压力平衡会比较困难。
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2楼2013-12-09 20:33:38
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liutao_jlu822

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 锐利的碎片 at 2013-12-09 20:33:38
计算时候用压力下的平衡结构做初始结构，一般MD压力平衡会比较困难。

谢谢回复。
MD中使用的初始结构就是该压力的平衡结构。
我测试了一下，不管Pstress设置为多少，OUTCAR中的压力都显示为4000左右。
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5楼2013-12-09 20:52:00
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假大空

木虫之王 (文学泰斗)
★
liutao_jlu822(金币+2): 谢谢参与
??
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7楼2013-12-09 21:07:56
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
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liutao_jlu822: 金币+5, 给个红包，谢谢回帖 2013-12-10 15:04:22
明显你给的结构是400GPa左右的。
楼主你把relax之后的CONTCAR作为初始结构就好了。另外感觉是不是楼主的POTIM = 1.0设的太小了，那个单位是fs。
喔，我刚才查了一下，vasp不能做vc-md（cpmd），那估计就没办法做NPT系综了。
注意下面那个manual最下面的mind：
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp/vasp/IBRION_0.html

[ Last edited by dxcharlary on 2013-12-10 at 09:01 ]
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18楼2013-12-10 08:53:45
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
liutao_jlu822: 金币+5, 给个红包，谢谢回帖 2013-12-10 15:04:53
引用回帖:
18楼: Originally posted by dxcharlary at 2013-12-10 08:53:45
明显你给的结构是400GPa左右的。
楼主你把relax之后的CONTCAR作为初始结构就好了。另外感觉是不是楼主的POTIM = 1.0设的太小了，那个单位是fs。
喔，我刚才查了一下，vasp不能做vc-md（cpmd），那估计就没办法做N ...

5.2.12加上-Dtbdyn编译后可以算npt，lz的INCAR是对的。
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19楼2013-12-10 10:21:33
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
liutao_jlu822: 金币+1, 给个红包，谢谢回帖 2013-12-10 15:05:52
引用回帖:
19楼: Originally posted by 锐利的碎片 at 2013-12-10 10:21:33
5.2.12加上-Dtbdyn编译后可以算npt，lz的INCAR是对的。...

请问vasp 4.6 能跑NPT吗？ 难道只能跑NVT？ 谢了啊
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20楼2013-12-10 11:35:54
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dxcharlary

专家顾问 (职业作家)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
liutao_jlu822: 金币+5, 给个红包，谢谢回帖 2013-12-10 15:05:36
引用回帖:
19楼: Originally posted by 锐利的碎片 at 2013-12-10 10:21:33
5.2.12加上-Dtbdyn编译后可以算npt，lz的INCAR是对的。...

嗯，看起来是这样。
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp ... vin_thermostat.html
不过1fs的时间间隔个人感觉还是有点短。

[ Last edited by dxcharlary on 2013-12-10 at 11:46 ]
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21楼2013-12-10 11:44:54
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liutao_jlu822

银虫 (小有名气)
引用回帖:
18楼: Originally posted by dxcharlary at 2013-12-10 08:53:45
明显你给的结构是400GPa左右的。
楼主你把relax之后的CONTCAR作为初始结构就好了。另外感觉是不是楼主的POTIM = 1.0设的太小了，那个单位是fs。
喔，我刚才查了一下，vasp不能做vc-md（cpmd），那估计就没办法做N ...

我查了一下我给的结构是relax之后的结构，不应该是400GPa的结构

Mind: At the moment only constant volume MD's are possible.
我看了一下体积，果然是constant volume。但是
在vasp manual 里面 也有NPT的介绍，说只要是ISIF=3就可以改变体积和形状
http://cms.mpi.univie.ac.at/vasp ... vin_thermostat.html

不知道怎么回事？
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23楼2013-12-10 15:45:11
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锐利的碎片

木虫 (正式写手)
引用回帖:
23楼: Originally posted by liutao_jlu822 at 2013-12-10 15:45:11
我查了一下我给的结构是relax之后的结构，不应该是400GPa的结构

Mind: At the moment only constant volume MD's are possible.
我看了一下体积，果然是constant volume。但是
在vasp manual 里面 也有NPT的 ...

看19楼。
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24楼2013-12-10 18:33:21
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liutao_jlu822

银虫 (小有名气)
引用回帖:
24楼: Originally posted by 锐利的碎片 at 2013-12-10 18:33:21
看19楼。...

Thanks
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25楼2013-12-10 18:56:34
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liutao_jlu822

银虫 (小有名气)
体积终于可以变化， 应该是 -Dtbdyn 编译问题，但是新问题有出现了。
我要在T=2000K, P=150GPa下进行模拟NPT系宗，但是在OUTCAR中系统压力无限制的增加到5000GPa，体积也缩小到不合理的范围。
以前用lammps做经典动力学NPT模拟的时候还真没碰上这种情况。大家看看那出错了呢？谢谢
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26楼2013-12-11 16:36:11
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miaojiabing3楼
2013-12-09 20:48   回复  
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天涯20124楼
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westlife91116楼
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flyxu17楼
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Sammy222楼
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