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809011916

铜虫 (小有名气)

[求助] npt问题已有1人参与

各位大侠好,最近使用lammps做一些相平衡问题。首先使用的是分子动力学的方法,先对初始构型进行最小化及nvt到较高温度,然后再使用npt在指定温度压力下对系统进行平衡。遇到的问题如下:文献中提到npt可以使体系沿z轴增长,到达一定体积后保持成图附图所示的状态。

我在初始npt模拟当中,因为没有考题细节上的原理,使用了fix 1 all npt  temp * * 100.0 iso * * 1000.0的命令,结果体系并没有发生体积上较大的变化。于是考虑到在z轴进行平衡,于是进行了调整使用fix 1 all npt  temp * * 100.0 z * * 1000.0 drag 0.0的命令,发现体系(600分子)在z轴上进行了较大体积的变化,在跑了50ps后z轴长度都上万埃,这显然与文献中的结果不符。于是再进行文献调查调查,发现有人在x,y轴施加了不同的压力(如100atm,当z轴是1atm时),这样可能更容易进行体积上沿z的拉伸,于是又进行调整使用fix 1 all npt  temp * * x 100.0 100.0 1000.0 y 100.0 100.0 1000.0 z 1.0 1.0 1000.0 drag 0.0,结果显示x y的长度在减小,而z轴确实在拉伸,这样跑了50ps,但是似乎这种变化趋势并没有尽头,也不知道究竟该什么时候停止了。

请问各位大侠(1)如何实现Z轴的拉伸?(2)最后判定压力稳定如何判定?(3)我在模拟中出的问题是什么,为什么会出现趋势停不下来的结果?
这个问题对我来说特别重要,请路过的大侠、大神不吝赐教!至少提出有建设性的建议!先在此谢过了!!!

npt问题
平衡.jpg
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没落的华丽

银虫 (小有名气)

你好,能否把你照片参考文献给我一下
2楼2015-12-18 20:20:54
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18717718552

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

用fix deform试试

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-01-05 06:37:40
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