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分子模拟中压力和密度的差异问题
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我们都知道水的密度在常温下大概是1左右，然而我用分子动力学模拟了一下却发现与这个常识有较大的差异。 使用软件：Material Studio 5.5，Forcite模块 1、水分子：在MS中画出水分子后Clean一下，然后电荷用QEq方法计算赋值 2、水盒子构成：采用AC模块，432个水分子构成一个盒子，设定密度为1，力场为COMPASS 3、结构优化：采用Forcite模块的Geo Opt优化盒子的结构 4、分子模拟Forcite Dynamic模块 系综NVT，温度：298K， Time step 1.0，设定模拟200 ps，Thermostat为Nose，但是整个体系在运行到70ps左右时，软件提示died unexpectedlly，如图（NVT_energy.jpg）能量曲线所示。  NVT_energy.jpg 照理说现在水的密度为1，在298k下，他的压力应该是0.1 MPa（一个大气压）才对，但是查看Pressure发现此时体系内的压力大概有0.4 GPa，如图（NVT_pressure.jpg）所示。  NVT_pressure.jpg 此外对所得水分子盒子作径向分布分析，如图（NVT_grwater.jpg）所示，怎么感觉第一个峰（2A左右）处的值有点偏小，那个峰的值是不是应该在2左右才对啊？  NVT_grwater.jpg 此外，我也用NPT模式计算过，设定温度298K和压力0.0001 GPa时，水盒子的密度会最终稳定在0.5 g/mL左右的，而将压力提升至0.45 GPa时，用NPT跑水盒子的密度才会维持在1 g/mL，这个密度和压力的关系和我们的常识感觉有比较大的差异啊。 最后谢谢大家关注！ |
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 MS计算模拟 | 分子模拟 |
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月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-22 18:49:48
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我不清楚compass力场对纯水的适用性 这个你最好找找相关文献证明水是可以用compass做的 论坛也有人反映过compass计算水出错 http://muchong.com/html/201205/4458625.html |
2楼2014-07-21 10:58:47