| 查看: 2267 | 回复: 1 | ||||
[求助]
分子模拟中压力和密度的差异问题
|
|
我们都知道水的密度在常温下大概是1左右，然而我用分子动力学模拟了一下却发现与这个常识有较大的差异。 使用软件：Material Studio 5.5，Forcite模块 1、水分子：在MS中画出水分子后Clean一下，然后电荷用QEq方法计算赋值 2、水盒子构成：采用AC模块，432个水分子构成一个盒子，设定密度为1，力场为COMPASS 3、结构优化：采用Forcite模块的Geo Opt优化盒子的结构 4、分子模拟Forcite Dynamic模块 系综NVT，温度：298K， Time step 1.0，设定模拟200 ps，Thermostat为Nose，但是整个体系在运行到70ps左右时，软件提示died unexpectedlly，如图（NVT_energy.jpg）能量曲线所示。  NVT_energy.jpg 照理说现在水的密度为1，在298k下，他的压力应该是0.1 MPa（一个大气压）才对，但是查看Pressure发现此时体系内的压力大概有0.4 GPa，如图（NVT_pressure.jpg）所示。  NVT_pressure.jpg 此外对所得水分子盒子作径向分布分析，如图（NVT_grwater.jpg）所示，怎么感觉第一个峰（2A左右）处的值有点偏小，那个峰的值是不是应该在2左右才对啊？  NVT_grwater.jpg 此外，我也用NPT模式计算过，设定温度298K和压力0.0001 GPa时，水盒子的密度会最终稳定在0.5 g/mL左右的，而将压力提升至0.45 GPa时，用NPT跑水盒子的密度才会维持在1 g/mL，这个密度和压力的关系和我们的常识感觉有比较大的差异啊。 最后谢谢大家关注！ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 MS计算模拟 | 分子模拟 |
» 猜你喜欢
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急
已经有9人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有5人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急
已经有7人回复
-
售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急
已经有6人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急
已经有6人回复
-
售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急
已经有6人回复
-
售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有5人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 关于正压力的求解的实现问题
已经有4人回复
- compass力场模拟苯酚密度
已经有3人回复
- 分子模拟中MSD的问题讨论
已经有25人回复
- 模拟中的密度计算
已经有3人回复
- 如何计算溶剂盒子密度
已经有15人回复
- 周期性和非周期性态密度的区别
已经有3人回复
- MS里的gulp能计算合金中某一种元素的声子态密度吗？
已经有10人回复
- 跑动力学密度越跑越大了？？？？？
已经有8人回复
- 用什么软件把三张态密度图画在一个图中？
已经有11人回复
- Discover dyanimics 模拟醇的水溶液时的氢键能为什么总是零？
已经有7人回复
- DPD 关于粒子数密度的取值
已经有3人回复
- 采用MS分子模拟计算双马来酰亚胺单体的内聚能密度和溶解度参数
已经有5人回复
- MS-dmol3电荷密度分析
已经有14人回复
- 请教分子力学与分子动力学的区别
已经有14人回复
- 【求助】溶剂盒子的密度？
已经有5人回复
- 【求助】计算固体热膨胀系数
已经有8人回复
- 【求助】Discover模块下的压力单位GPa和平常的压力单位一样吗？
已经有3人回复
pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
-
专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10372
- 散金: 3286
- 红花: 167
- 帖子: 2101
- 在线: 1968.4小时
- 虫号: 1463681
- 注册: 2011-10-27
- 性别: GG
- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-22 18:49:48
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2014-07-22 18:49:48
|
我不清楚compass力场对纯水的适用性 这个你最好找找相关文献证明水是可以用compass做的 论坛也有人反映过compass计算水出错 http://muchong.com/html/201205/4458625.html |
2楼2014-07-21 10:58:47
