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基因家族研究 已有2人参与
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小弟新手,刚刚接触生物信息。目前在做激素合成通路的基因家族研究。 公司给了我一些挑选出的相关基因序列(我们这个物种的基因组正在测,还没发布,所以是公司找的),我用blastp和blastn对这些序列进行重新筛选。大多数是从ATG开始的。 (1)请问这些序列在进行设计引物前,都需要进行哪些分析呢?多重比对?保守区域?ORF? (2)在设计引物时候,如何找基因序列的保守区域?请大神详细说一下,我用clustal找,就是看到好多地方标了*,但是这样的区域有很多gap,什么样的区域才可以用来设计引物呢? (3)另外,家族内部的不同‘亚基因’间在设计引物时,是不是要选择不同的保守区,避开之间相似的保守区域呢?要是设计在同一个保守区域,会不会出现扩增时候,扩出来多个基因的情况啊? 请大家帮忙啦,我实在是自己琢磨不明白。 |
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