应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 基因家族研究
141/2返回列表12下一页
查看: 2007  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

tommylike

铜虫 (小有名气)

[求助] 基因家族研究 已有2人参与

小弟新手，刚刚接触生物信息。目前在做激素合成通路的基因家族研究。
公司给了我一些挑选出的相关基因序列（我们这个物种的基因组正在测，还没发布，所以是公司找的），我用blastp和blastn对这些序列进行重新筛选。大多数是从ATG开始的。
（1）请问这些序列在进行设计引物前，都需要进行哪些分析呢？多重比对？保守区域？ORF？
（2）在设计引物时候，如何找基因序列的保守区域？请大神详细说一下，我用clustal找，就是看到好多地方标了*，但是这样的区域有很多gap，什么样的区域才可以用来设计引物呢？
（3）另外，家族内部的不同‘亚基因’间在设计引物时，是不是要选择不同的保守区，避开之间相似的保守区域呢？要是设计在同一个保守区域，会不会出现扩增时候，扩出来多个基因的情况啊？
请大家帮忙啦，我实在是自己琢磨不明白。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2015-03-26 09:45:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

tommylike

铜虫 (小有名气)
是不是在筛选出的一条基因，然后根据blast到的相似基因，进行系统发育分析，然后对这些数据进行多重比对，找保守结构？
还是说拿我找出的这个基因家族的所有基因，进行多重比对？有点蒙……
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2015-03-26 09:48:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

tommylike

铜虫 (小有名气)
虽然没人回答，自己都搞清楚了
赞一下 回复此楼
3楼2015-04-01 17:22:27
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

白曼巴style

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tommylike at 2015-03-26 09:48:28
是不是在筛选出的一条基因，然后根据blast到的相似基因，进行系统发育分析，然后对这些数据进行多重比对，找保守结构？
还是说拿我找出的这个基因家族的所有基因，进行多重比对？有点蒙……

我的课题是找出一个基因家族的所有基因，进行多重比对，不知道怎么找保守序列，求解。。。
赞一下 回复此楼
4楼2015-04-04 10:58:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

白曼巴style

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我的课题是找出一个酶的一个家族的所有基因，进行多重比对，不知道怎么找保守序列，求解。。。
赞一下 回复此楼
5楼2015-04-04 11:02:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tommylike

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 白曼巴style at 2015-04-04 11:02:32
我的课题是找出一个酶的一个家族的所有基因，进行多重比对，不知道怎么找保守序列，求解。。。

clustal多重比对的时候，会有*的标记，大片标记的区域就是保守的。我只能帮你到这里了。
赞一下 回复此楼
6楼2015-04-13 10:31:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

混合配搭

新虫 (小有名气)
你好，你是怎么找到家族的啊，我刚接触不太明白，基因家族的大小怎么判断啊？多重比对的目的是什么啊？
赞一下 回复此楼
7楼2015-04-15 08:11:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tommylike

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 混合配搭 at 2015-04-15 08:11:18
你好，你是怎么找到家族的啊，我刚接触不太明白，基因家族的大小怎么判断啊？多重比对的目的是什么啊？

哦，我在ncbi里面搜索相关的基因名称，一个物种里面会有很多关于这个基因家族的序列，每一条都下载。序列挑nm开头的比较好。多重比对就是看这些序列的差异，有哪些相似的地方。
赞一下 回复此楼
8楼2015-04-15 19:45:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

混合配搭

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by tommylike at 2015-04-15 19:45:38
哦，我在ncbi里面搜索相关的基因名称，一个物种里面会有很多关于这个基因家族的序列，每一条都下载。序列挑nm开头的比较好。多重比对就是看这些序列的差异，有哪些相似的地方。...

nm开头的是怎么回事啊？如果只有一段序列，怎么查一个家族呢？

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
9楼2015-04-15 22:38:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tommylike

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 混合配搭 at 2015-04-15 22:38:13
nm开头的是怎么回事啊？如果只有一段序列，怎么查一个家族呢？
...

那你blast下，看看你的序列是什么基因，然后在搜索吧。NM的就是accession号的开头字母
赞一下 回复此楼
10楼2015-04-16 11:05:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tommylike 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 3/150 2026-11-10 01:40 by FChKX8meu1ds
[考博] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 4/200 2026-11-10 01:29 by FChKX8meu1ds
[考博] 27博士申请 +3 白白白ly 2026-11-09 3/150 2026-11-09 21:39 by szq0819
[文学芳草园] 厉娜 +3 张丹枫1991 2026-11-09 5/250 2026-11-09 16:53 by 张丹枫1991
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 12/600 2026-11-09 13:26 by Equinoxhua
[考研] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 15/750 2026-11-09 13:19 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 16/800 2026-11-09 11:47 by GwrQVVR6Oenx
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 15/750 2026-11-09 11:41 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 12/600 2026-11-09 06:32 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 8/400 2026-11-08 23:01 by l48hFd8Nwae2
[教师之家] 延安大学回应“副教授留绝笔信”：确已离世，正核实举报内容 +3 yexuqing 2026-11-04 5/250 2026-11-07 13:22 by 苏东坡二世
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +6 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 12/600 2026-11-06 16:10 by 5sJFDKp2kwuI
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 kvewwGtKktqB 2026-11-04 14/700 2026-11-06 05:10 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 kvewwGtKktqB 2026-11-04 16/800 2026-11-06 05:00 by qL1cU46YIdK0
[考博] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 7/350 2026-11-06 02:13 by qL1cU46YIdK0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 02:04 by qL1cU46YIdK0
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 12/600 2026-11-06 01:53 by qL1cU46YIdK0
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭