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tommylike

铜虫 (小有名气)

[求助] 基因家族研究 已有2人参与

小弟新手，刚刚接触生物信息。目前在做激素合成通路的基因家族研究。
公司给了我一些挑选出的相关基因序列（我们这个物种的基因组正在测，还没发布，所以是公司找的），我用blastp和blastn对这些序列进行重新筛选。大多数是从ATG开始的。
（1）请问这些序列在进行设计引物前，都需要进行哪些分析呢？多重比对？保守区域？ORF？
（2）在设计引物时候，如何找基因序列的保守区域？请大神详细说一下，我用clustal找，就是看到好多地方标了*，但是这样的区域有很多gap，什么样的区域才可以用来设计引物呢？
（3）另外，家族内部的不同‘亚基因’间在设计引物时，是不是要选择不同的保守区，避开之间相似的保守区域呢？要是设计在同一个保守区域，会不会出现扩增时候，扩出来多个基因的情况啊？
请大家帮忙啦，我实在是自己琢磨不明白。
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1楼 2015-03-26 09:45:43
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tommylike

铜虫 (小有名气)
是不是在筛选出的一条基因，然后根据blast到的相似基因，进行系统发育分析，然后对这些数据进行多重比对，找保守结构？
还是说拿我找出的这个基因家族的所有基因，进行多重比对？有点蒙……
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2楼2015-03-26 09:48:28
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普通回帖

tommylike

铜虫 (小有名气)
虽然没人回答，自己都搞清楚了
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3楼2015-04-01 17:22:27
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白曼巴style

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by tommylike at 2015-03-26 09:48:28
是不是在筛选出的一条基因，然后根据blast到的相似基因，进行系统发育分析，然后对这些数据进行多重比对，找保守结构？
还是说拿我找出的这个基因家族的所有基因，进行多重比对？有点蒙……

我的课题是找出一个基因家族的所有基因，进行多重比对，不知道怎么找保守序列，求解。。。
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4楼2015-04-04 10:58:15
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白曼巴style

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我的课题是找出一个酶的一个家族的所有基因，进行多重比对，不知道怎么找保守序列，求解。。。
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5楼2015-04-04 11:02:32
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tommylike

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 白曼巴style at 2015-04-04 11:02:32
我的课题是找出一个酶的一个家族的所有基因，进行多重比对，不知道怎么找保守序列，求解。。。

clustal多重比对的时候，会有*的标记，大片标记的区域就是保守的。我只能帮你到这里了。
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6楼2015-04-13 10:31:01
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混合配搭

新虫 (小有名气)
你好，你是怎么找到家族的啊，我刚接触不太明白，基因家族的大小怎么判断啊？多重比对的目的是什么啊？
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7楼2015-04-15 08:11:18
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tommylike

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 混合配搭 at 2015-04-15 08:11:18
你好，你是怎么找到家族的啊，我刚接触不太明白，基因家族的大小怎么判断啊？多重比对的目的是什么啊？

哦，我在ncbi里面搜索相关的基因名称，一个物种里面会有很多关于这个基因家族的序列，每一条都下载。序列挑nm开头的比较好。多重比对就是看这些序列的差异，有哪些相似的地方。
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8楼2015-04-15 19:45:38
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混合配搭

新虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by tommylike at 2015-04-15 19:45:38
哦，我在ncbi里面搜索相关的基因名称，一个物种里面会有很多关于这个基因家族的序列，每一条都下载。序列挑nm开头的比较好。多重比对就是看这些序列的差异，有哪些相似的地方。...

nm开头的是怎么回事啊？如果只有一段序列，怎么查一个家族呢？

[ 发自小木虫客户端 ]
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9楼2015-04-15 22:38:13
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tommylike

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 混合配搭 at 2015-04-15 22:38:13
nm开头的是怎么回事啊？如果只有一段序列，怎么查一个家族呢？
...

那你blast下，看看你的序列是什么基因，然后在搜索吧。NM的就是accession号的开头字母
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10楼2015-04-16 11:05:37
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