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122ybb

银虫 (小有名气)

[求助] gauss优化问题

我想优化这个分子里面的Cl原子，其他的原子不优化，应该咋样修改命令和分子说明，请各位大神帮忙！！！小弟不胜感激，拜托了！！！
咋样修改，命令和分子说明如下：
%chk=RuCl.chk
# opt ub3lyp/genecp geom=connectivity
YH RUCl
-4 4
Ru
Ru                 1              B1
Cl                 2              B2    1              A1
P                  1              B3    2              A2    3              D1
P                  1              B4    2              A3    4              D2
P                  2              B5    1              A4    4              D3
P                  1              B6    2              A5    6              D4
O                  4              B7    1              A6    2              D5
O                  4              B8    1              A7    8              D6
O                  4              B9    1              A8    8              D7
O                  5             B10    1              A9    8              D8
O                  5             B11    1             A10   11              D9
O                  5             B12    1             A11   11             D10
O                  4             B13    1             A12   11             D11
H                 14             B14    4             A13    1             D12
O                  6             B15    2             A14    1             D13
O                  6             B16    2             A15    1             D14
O                  6             B17    2             A16    1             D15
O                  7             B18    1             A17   16             D16
O                  7             B19    1             A18   16             D17
O                  7             B20    1             A19   16             D18
O                  6             B21    2             A20    1             D19
H                 22             B22    6             A21    2             D20
O                  1             B23   16             A22    6             D21
C                 14             B24    4             A23    1             D22
H                 25             B25   14             A24    4             D23
H                 25             B26   14             A25    4             D24
H                 25             B27   14             A26    4             D25
C                 14             B28    4             A27    1             D26
C                 22             B29    6             A28    2             D27
H                 30             B30   22             A29    6             D28
H                 30             B31   22             A30    6             D29
H                 30             B32   22             A31    6             D30
C                 22             B33    6             A32    2             D31
H                 24             B34    1             A33   16             D32
H                 24             B35    1             A34   16             D33

   B1             2.36727079
   B2             2.61049593
   B3             3.01842641
   B4             3.03051052
   B5             3.00784408
   B6             3.03630219
   B7             1.55630267
   B8             1.54310985
   B9             1.49705311
   B10            1.54336904
   B11            1.55442948
   B12            1.49197989
   B13            2.69094333
   B14            0.82020180
   B15            1.55603149
   B16            1.54458312
   B17            1.49297354
   B18            1.55066341
   B19            1.55386647
   B20            1.48625301
   B21            2.62155545
   B22            0.82051508
   B23            2.33756241
   B24            2.38099433
   B25            0.95927733
   B26            0.95939669
   B27            0.96063521
   B28            1.45181645
   B29            2.47295956
   B30            0.95957334
   B31            0.96062063
   B32            0.95912304
   B33            1.44731372
   B34            0.84342457
   B35            0.82942992
   A1           176.84481343
   A2            67.38294377
   A3            67.10560414
   A4            66.83102872
   A5            67.23686529
   A6            38.39264954
   A7            80.64505482
   A8           149.47936717
   A9            37.53313313
   A10           81.09968630
   A11          148.88763721
   A12          115.37013544
   A13           87.18391526
   A14           81.42163270
   A15           38.34864966
   A16          150.66349816
   A17           37.44464893
   A18           80.47380881
   A19          149.57384419
   A20          115.07375628
   A21          132.30769747
   A22           88.59529775
   A23           66.42553232
   A24           90.46531319
   A25          145.37896786
   A26           88.82131968
   A27           40.69527020
   A28           65.75082954
   A29           91.88480990
   A30           90.96749485
   A31          142.25229468
   A32           42.48854071
   A33          121.79289880
   A34          102.51920058
   D1            73.06084934
   D2            66.61150074
   D3          -178.80142178
   D4            66.24773028
   D5          -153.45923519
   D6           136.92591527
   D7            16.87532171
   D8          -107.91071361
   D9          -139.67071307
   D10          -19.89219476
   D11          -25.21576146
   D12          -84.84098133
   D13           15.41595837
   D14          153.16966931
   D15          129.75479357
   D16         -109.83119460
   D17          114.01278582
   D18         -126.73679015
   D19          -68.46489323
   D20         -116.95267583
   D21         -149.43558903
   D22           75.72341075
   D23           85.59046773
   D24          -41.19179581
   D25         -164.96790540
   D26           39.68683514
   D27          -78.99869961
   D28          -84.60177865
   D29          165.94138515
   D30           41.55330944
   D31          -46.15378763
   D32          -81.66384474
   D33           32.94038543

1 2 1.0 16 1.0
2
3
4 8 2.0 9 2.0 10 2.0 29 1.0
5 11 2.0 12 2.0 13 2.0 29 1.0
6 16 2.0 17 2.0 18 2.0 34 1.0
7 19 2.0 20 2.0 21 2.0 34 1.0
8
9
10
11
12
13
14 15 1.0 29 1.0
15
16
17
18
19
20
21
22 23 1.0 34 1.0
23
24 35 1.0 36 1.0
25 26 1.0 27 1.0 28 1.0 29 1.0
26
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30 31 1.0 32 1.0 33 1.0 34 1.0
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1楼2015-03-11 15:27:04
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小范范1989

木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
122ybb: 回帖置顶 2015-03-13 10:45:33
122ybb(zhou2009代发): 金币+8 2015-03-18 09:26:58
引用回帖:
3楼: Originally posted by 122ybb at 2015-03-12 09:03:16
我看了，但是我生成的分子说明是上面这种，和你给的那个不一样，我就不知道咋办了，麻烦你再给我指导一下！！...

............
就是在元素符号后面，添加上-1  或者是0.  -1代表固定，0代表放开。
针对你的这个分子，你就把要固定的原子，后面写上-1.放开优化的写上0.
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
4楼2015-03-12 09:38:04
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小范范1989

木虫 (著名写手)
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2楼2015-03-11 16:18:33
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小范范1989

木虫 (著名写手)
★ ★
gmy1990: 金币+2, 感谢应助 2015-03-13 02:37:46
引用回帖:
7楼: Originally posted by 122ybb at 2015-03-12 20:31:56
咋样转换成笛卡尔坐标呢，新手，刚开始做，请指教一下...

%chk=RuCl.chk
# opt ub3lyp/genecp

YH RUCl

-4 4
Ru     -1          0.00000000    0.00000000    0.00000000
Ru     -1          0.00000000    0.00000000    2.36727079
Cl     0           0.14368317    0.00000000    4.97380952
P      -1          0.81180404   -2.66541241    1.16079665
P      -1         -2.12832856   -1.80672039    1.17897116
P      -1         -0.86083081    2.62785407    1.18385231
P      -1          2.08425845    1.86944153    1.17481321
O      -1          0.99377226   -1.78055402   -0.10648043
O      -1          0.99528405   -1.78069628    2.41171649
O      -1          1.72038874   -3.85513955    1.14696975
O      -1         -1.77928744   -0.98762475   -0.08167971
O      -1         -1.78140033   -0.98238457    2.45033354
O      -1         -3.53979408   -2.29018590    1.17347876
O      -1         -1.17148578   -4.07420848    2.31102755
H      -1         -1.03042596   -3.63966328    2.99220563
O      -1         -1.00141522    1.74316667   -0.08846770
O      -1         -1.02994081    1.75463606    2.44663856
O      -1         -1.82500904    3.76478077    1.10182790
O      -1          1.76605932    1.01124182   -0.07690544
O      -1          1.78389012    0.99975000    2.42697795
O      -1          3.46829516    2.41107265    1.16970268
O      -1          1.02696825    3.96017376   -0.05457086
H      -1          1.37216964    4.69068064    0.08840011
O      -1          0.27590588    0.10697331   -2.31875628
C      -1         -1.23014534   -4.11583017   -0.06888016
H      -1         -0.61638674   -4.85299553   -0.07890985
H      -1         -1.12323236   -3.59954850   -0.87041922
H      -1         -2.12977186   -4.44931123   -0.02110447
C      -1         -0.94947274   -3.23338046    1.14849176
C      -1          1.09642713    4.15397839    2.40980416
H      -1          0.45578771    4.86834558    2.40335158
H      -1          1.98360274    4.52045012    2.37225543
H      -1          0.99729077    3.64078072    3.21399141
C      -1          0.86616870    3.25136796    1.19701008
H      -1         -0.33193815   -0.13667951   -2.85028609
H      -1          0.33445401    0.92297321   -2.45539548

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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
8楼2015-03-12 22:18:50
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普通回帖

122ybb

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2楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-03-11 16:18:33
我记得我回复过你，你没看吗？

我看了，但是我生成的分子说明是上面这种，和你给的那个不一样，我就不知道咋办了，麻烦你再给我指导一下！！
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3楼2015-03-12 09:03:16
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122ybb

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-03-12 09:38:04
............
就是在元素符号后面，添加上-1  或者是0.  -1代表固定，0代表放开。
针对你的这个分子，你就把要固定的原子，后面写上-1.放开优化的写上0....

我试了一个C3H6的分子，输入如下，但是不能运行，为什么，麻烦你给看一下，谢谢！！
元素后面加0或-1有格式要求吗，空几格有要求吗？
%chk=C3H6.chk
# hf/3-21g OPT geom=connectivity
Title Card Required
0 1
C   -1
H    0                  1              B1
C   -1                  1              B2    2              A1
H    0                 3              B3    1              A2    2              D1
H    0                 3              B4    1              A3    2              D2
C   -1                 1              B5    3              A4    5              D3
H    0                 6              B6    1              A5    3              D4
H    0                6              B7    1              A6    3              D5
H    0              6              B8    1              A7    3              D6

   B1             1.07000000
   B2             1.35520000
   B3             1.07000000
   B4             1.07000000
   B5             1.54000000
   B6             1.07000000
   B7             1.07000000
   B8             1.07000000
   A1           124.86000000
   A2           131.64020959
   A3           131.29979041
   A4           110.28000000
   A5           109.47120255
   A6           109.47120255
   A7           109.47123134
   D1             0.00000000
   D2           180.00000000
   D3             0.00000000
   D4            59.88889260
   D5           179.88890740
   D6           -60.11110000

1 2 1.0 3 2.0 6 1.0
2
3 4 1.0 5 1.0
4
5
6 7 1.0 8 1.0 9 1.0
7
8
9
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5楼2015-03-12 10:30:58
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 122ybb at 2015-03-12 10:30:58
我试了一个C3H6的分子，输入如下，但是不能运行，为什么，麻烦你给看一下，谢谢！！
元素后面加0或-1有格式要求吗，空几格有要求吗？
%chk=C3H6.chk
# hf/3-21g OPT geom=connectivity
Title Card Required
0 ...

你用笛卡尔坐标
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
6楼2015-03-12 14:50:42
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122ybb

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-03-12 14:50:42
你用笛卡尔坐标...

咋样转换成笛卡尔坐标呢，新手，刚开始做，请指教一下
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7楼2015-03-12 20:31:56
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122ybb

银虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 小范范1989 at 2015-03-12 22:18:50
%chk=RuCl.chk
# opt ub3lyp/genecp

YH RUCl

-4 4
Ru     -1          0.00000000    0.00000000    0.00000000
Ru     -1          0.00000000    0.00000000    2.36727079
Cl     0           0.1 ...

你是咋么做的，是在gauss里面直接转换的还是在gaussview里面转换的，帮忙把具体步骤给说一下，谢谢了！！！
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9楼2015-03-13 08:58:45
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
9楼: Originally posted by 122ybb at 2015-03-13 08:58:45
你是咋么做的，是在gauss里面直接转换的还是在gaussview里面转换的，帮忙把具体步骤给说一下，谢谢了！！！...

就是高斯view保存出来的，
保存方式有两种，一种是内坐标（你选择的方式）。一种是笛卡尔坐标（我贴出来的方式）
我就是把你的结构复制下来，放到我的高斯view中，保存出来（笛卡尔坐标），然后添加-1 或者是0.
同时修改赝势基组等，就和你的一样了。
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10楼2015-03-13 10:18:30
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