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zeroon

木虫 (正式写手)

[求助] 关于细胞内蛋白定位的问题,和融合蛋白表达的问题,融合PCR问题 已有1人参与

背景:
现在有大约4500 bp大小的一个基因,其表达的蛋白需要在细胞内定位,初步的研究方案是在体外设计融合蛋白表达载体。即先在体外扩增该基因和绿色荧光蛋白gfp基因,然后采用融合PCR的方式将这两段基因融合在一起。当然还要在后面加抗性筛选标记。最后通过同源双交换定点整合到原来该基因的位置。最后表达基因。观察。


问题1:请问在克隆该基因时一定要去掉内含子吗?

问题2:融合时是不是要把该基因的终止子去掉,直接加上荧光蛋白基因?

问题3:因为蛋白后面加了一段荧光蛋白,会对原有的蛋白表达产生影响吗?这样做胞内定位合适吗?有没有其他更好的方法?

问题4:融合PCR过程出现了些问题,两片段融合,而且4条引物都是顶着头儿设计的,所以出现好多杂带,怎么办呢?


问题比较多,希望能和大家充分讨论,在此先谢谢各位!
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starseacow

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★ ★ ★
zeroon(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励热心回帖交流 2015-03-11 20:35:25
引用回帖:
3楼: Originally posted by zeroon at 2015-03-09 22:54:42
非常感谢。还有些问题不够明白。
1.为什么一定要去掉内含子呢?这是一株真菌,从真菌里面来的基因,连上gfp后再放回去。都是它自己的基因,还要去内含子?
3、gfp连在N端和C端是怎么弄的,如同2中表述的,把基因 ...

1 你讲该基因在质粒上一些常见启动子下表达,并没有把这个基因正确的导入基因组,包含内含子的话,你无法确保该基因被正确表达。
2 你可以设计载体,留下合适的酶切链接位点或用gateway之类的系统,将GFP连在N端或C端。去掉终止子加GFP是C端。
3 一般设个温度梯度P一次就了解大概情况了,如果始终出不来好结果,就得考虑重新设计片段起止位置和引物。
植物生理群69993869,为避免广告,申请加入请提供木虫昵称,院校及专业信息
4楼2015-03-09 23:01:36
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starseacow

专家顾问 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zeroon: 金币+5, 有帮助, 谢谢 2015-03-09 22:50:09
1 要去掉
2 是的,去掉终止子脸上GFP
3 表达影响不大,但也许会影响表达位置,不过这也是比较通用的方法了。同时,GFP连在N或C端,要进行具体分析。
4 优化PCR体系和退火温度
植物生理群69993869,为避免广告,申请加入请提供木虫昵称,院校及专业信息
2楼2015-03-08 21:10:02
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zeroon

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by starseacow at 2015-03-08 21:10:02
1 要去掉
2 是的,去掉终止子脸上GFP
3 表达影响不大,但也许会影响表达位置,不过这也是比较通用的方法了。同时,GFP连在N或C端,要进行具体分析。
4 优化PCR体系和退火温度

非常感谢。还有些问题不够明白。
1.为什么一定要去掉内含子呢?这是一株真菌,从真菌里面来的基因,连上gfp后再放回去。都是它自己的基因,还要去内含子?
3、gfp连在N端和C端是怎么弄的,如同2中表述的,把基因终止子去掉,直接加gfp基因这种连法,是N端还是C端呢?我这里不是很明白。
4、我再尝试一下吧。感觉好难。已经尝试了很久了。不同的Tm和引物、模板浓度。
3楼2015-03-09 22:54:42
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zeroon

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by starseacow at 2015-03-09 23:01:36
1 你讲该基因在质粒上一些常见启动子下表达,并没有把这个基因正确的导入基因组,包含内含子的话,你无法确保该基因被正确表达。
2 你可以设计载体,留下合适的酶切链接位点或用gateway之类的系统,将GFP连在N端或 ...

因为是通过同源双交换,定点整合到这个基因原有的位置的,所以我没提到质粒上启动子什么的东西啊。想着同源双交换上去后,用的就是原有的系统中的启动子一类的。

关于连N段和C端,为什么有的要连N,有的连C呢,这块儿是一点儿都不懂,求科普,谢谢!
5楼2015-03-11 11:33:28
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