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打败番茄炒蛋

新虫 (小有名气)

[交流] 菜鸟求助:请问如何查找菌的质粒序列?

我想查找Rhodococcus pyridinivorans DSM 44555 (嗜吡啶红球菌)的质粒序列
1:这个菌是模式菌,是不是模式菌的基因组序列都应该能查到?
2:为什么我在NCBI上查不到,只能查到其它嗜吡啶菌的质粒序列。那么请问都是Rhodococcus pyridinivorans(嗜吡啶红球菌)是不是质粒大小数量应该是相同的?
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天生自弃难丽质
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781055707

木虫 (著名写手)

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打败番茄炒蛋(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-02-05 22:13:30
Rhodococcus pyridinivorans DSM 44555 这个是菌名,不是它的质粒,你在NCBI上找到的是它的基因序列。就好比Rhodococcus pyridinivorans DSM 44555 是个水果篮,你在NCBI上找到的是果篮的编发。的往里面放苹果,梨。苹果,梨就是二种不同的质粒。
采菊东篱下,悠然见南山。
4楼2015-02-05 10:59:05
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781055707

木虫 (著名写手)

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小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
打败番茄炒蛋(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-02-05 22:13:17
菌是菌,质粒是质粒呀,质粒主要看图谱。菌也可以是空载的。你要先知道质粒的图谱,然后再NCBI找质粒的DNA序列。一个类型的质粒的BP长度是肯定一样的。你百度就能查到质粒的图谱了。
采菊东篱下,悠然见南山。
2楼2015-02-05 10:50:09
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打败番茄炒蛋

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 781055707 at 2015-02-05 10:50:09
菌是菌,质粒是质粒呀,质粒主要看图谱。菌也可以是空载的。你要先知道质粒的图谱,然后再NCBI找质粒的DNA序列。一个类型的质粒的BP长度是肯定一样的。你百度就能查到质粒的图谱了。

谢谢! 我本专业是环境的,刚接触分子生物,对这些还不是特别明白。导师让我做一个转基因降解菌,就是把我们现有的菌里的降解质粒通过细菌接合方式导入受体菌中,所以想搞明白受体菌中质粒的大小和结构,但查这株菌的文献查不到具体的质粒名称和序列。
请问这个应该怎么解决呢?
天生自弃难丽质
3楼2015-02-05 10:57:13
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781055707

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
采菊东篱下,悠然见南山。
5楼2015-02-05 11:02:50
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