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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 菜鸟求助：请问如何查找菌的质粒序列？
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打败番茄炒蛋

新虫 (小有名气)

[交流] 菜鸟求助：请问如何查找菌的质粒序列？

我想查找Rhodococcus pyridinivorans DSM 44555 （嗜吡啶红球菌）的质粒序列
1：这个菌是模式菌，是不是模式菌的基因组序列都应该能查到？
2：为什么我在NCBI上查不到，只能查到其它嗜吡啶菌的质粒序列。那么请问都是Rhodococcus pyridinivorans（嗜吡啶红球菌）是不是质粒大小数量应该是相同的？
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天生自弃难丽质
1楼 2015-02-05 10:42:37
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781055707

木虫 (著名写手)
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打败番茄炒蛋(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-02-05 22:13:17
菌是菌，质粒是质粒呀，质粒主要看图谱。菌也可以是空载的。你要先知道质粒的图谱，然后再NCBI找质粒的DNA序列。一个类型的质粒的BP长度是肯定一样的。你百度就能查到质粒的图谱了。
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采菊东篱下，悠然见南山。
2楼2015-02-05 10:50:09
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打败番茄炒蛋

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 781055707 at 2015-02-05 10:50:09
菌是菌，质粒是质粒呀，质粒主要看图谱。菌也可以是空载的。你要先知道质粒的图谱，然后再NCBI找质粒的DNA序列。一个类型的质粒的BP长度是肯定一样的。你百度就能查到质粒的图谱了。

谢谢！ 我本专业是环境的，刚接触分子生物，对这些还不是特别明白。导师让我做一个转基因降解菌，就是把我们现有的菌里的降解质粒通过细菌接合方式导入受体菌中，所以想搞明白受体菌中质粒的大小和结构，但查这株菌的文献查不到具体的质粒名称和序列。
请问这个应该怎么解决呢？
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天生自弃难丽质
3楼2015-02-05 10:57:13
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781055707

木虫 (著名写手)
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打败番茄炒蛋(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2015-02-05 22:13:30
Rhodococcus pyridinivorans DSM 44555 这个是菌名，不是它的质粒，你在NCBI上找到的是它的基因序列。就好比Rhodococcus pyridinivorans DSM 44555 是个水果篮，你在NCBI上找到的是果篮的编发。的往里面放苹果，梨。苹果，梨就是二种不同的质粒。
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采菊东篱下，悠然见南山。
4楼2015-02-05 10:59:05
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781055707

木虫 (著名写手)
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http://www.doc88.com/p-2176748202851.html，给你个链接。
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采菊东篱下，悠然见南山。
5楼2015-02-05 11:02:50
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打败番茄炒蛋

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 781055707 at 2015-02-05 10:59:05
Rhodococcus pyridinivorans DSM 44555 这个是菌名，不是它的质粒，你在NCBI上找到的是它的基因序列。就好比Rhodococcus pyridinivorans DSM 44555 是个水果篮，你在NCBI上找到的是果篮的编发。的往里面放苹果，梨。 ...

这个是我查找到的质粒名称和序列，但是是SB 3940的质粒
是不是和DSM 44555不通用呢？？
菜鸟求助：请问如何查找菌的质粒序列？
无标题.png
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天生自弃难丽质
6楼2015-02-05 14:55:37
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