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xiaobogaga

新虫 (初入文坛)

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专业: 理论和计算化学

[求助] linux服务前环境下用G09做opt和freq计算报错，好像是内存问题，求各位帮助。已有1人参与

我的输出文件如下：
         Anisotropic Spin Dipole Couplings in Principal Axis System
---------------------------------------------------------------------------------

   Atom          a.u. MegaHertz Gauss  10(-4) cm-1       Axes

            Baa -0.1162 -13.530 -4.828 -4.513  0.9408  0.3297  0.0792
   1 Pt(195 Bbb    0.0187    2.178    0.777    0.727 -0.2412  0.4866  0.8397
            Bcc    0.0975 11.352    4.051    3.787 -0.2383  0.8090 -0.5373

            Baa -1.0037 72.628 25.915 24.226  0.3848  0.9199 -0.0756
   2 O(17)  Bbb -0.9604 69.496 24.798 23.181  0.8876 -0.3463  0.3039
            Bcc    1.9641  -142.124 -50.713 -47.407 -0.2534  0.1840  0.9497

            Baa -0.0592 -31.591 -11.273 -10.538  0.7034 -0.6873  0.1815
   3 H(1) Bbb -0.0297 -15.839 -5.652 -5.283 -0.2922 -0.0468  0.9552
            Bcc    0.0889 47.430 16.924 15.821  0.6480  0.7249  0.2337

            Baa -1.7089 123.652 44.122 41.246  0.9631  0.2488 -0.1028
   4 O(17)  Bbb -1.5849 114.679 40.920 38.253 -0.2587  0.7501 -0.6087
            Bcc    3.2937  -238.331 -85.042 -79.499 -0.0744  0.6128  0.7867

            Baa -0.1233 -65.811 -23.483 -21.952 -0.5922  0.6066 -0.5304
   5 H(1) Bbb -0.0430 -22.927 -8.181 -7.648 -0.0772  0.6125  0.7867
            Bcc    0.1663 88.738 31.664 29.600  0.8021  0.5068 -0.3159

            Baa -2.3168 167.644 59.820 55.920 -0.1674  0.5144  0.8410
   6 O(17)  Bbb    1.0871 -78.661 -28.068 -26.239  0.8981  0.4315 -0.0852
            Bcc    1.2297 -88.983 -31.751 -29.681 -0.4067  0.7410 -0.5342

            Baa -0.1157 -61.727 -22.026 -20.590 -0.5707  0.6461 -0.5069
   7 H(1) Bbb    0.0237 12.662    4.518    4.223 -0.1446  0.5286  0.8365
            Bcc    0.0920 49.065 17.508 16.366  0.8083  0.5507 -0.2082

            Baa -1.2750 92.255 32.919 30.773 -0.4126  0.7451 -0.5240
   8 O(17)  Bbb -1.1334 82.010 29.263 27.356  0.9098  0.3094 -0.2766
            Bcc    2.4083  -174.265 -62.182 -58.129  0.0440  0.5909  0.8056

            Baa -0.0767 -40.909 -14.597 -13.646  0.7786  0.4805 -0.4036
   9 H(1) Bbb -0.0410 -21.876 -7.806 -7.297  0.0477  0.5960  0.8016
            Bcc    0.1177 62.784 22.403 20.943 -0.6257  0.6433 -0.4411

            Baa -1.8009 -94.253 -33.632 -31.439  0.7899  0.6011  0.1211
10 Cl(35) Bbb -1.7999 -94.202 -33.614 -31.422 -0.5853  0.7980 -0.1437
            Bcc    3.6008 188.455 67.245 62.862 -0.1830  0.0426  0.9822

            Baa -0.0342 -18.268 -6.518 -6.094  0.8907  0.4379  0.1224
11 H(1) Bbb -0.0038 -2.011 -0.717 -0.671 -0.2164  0.1716  0.9611
            Bcc    0.0380 20.279    7.236    6.764 -0.3998  0.8825 -0.2476

---------------------------------------------------------------------------------

Operation on file out of range.
FileIO: IOper= 2 IFilNo(1)=  -606 Len=       218 IPos=          0 Q= 47379105079312

dumping /fiocom/, unit = 1 NFiles = 74 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = T LstWrd =    6505472 FType=2 FMxFil=10000

Number          0       0       0       0       0       0       0       0
Base       792064    629248    72192    206336    507904    640000    265728    798208
End       794624    639488    76800    206848    550912    666624    317440    999936
End1       794624    639488    76800    206848    550912    666624    317440    999936
Wr Pntr    792576    629248    72192    206336    507904    640000    217600    798208
Rd Pntr    792576    629248    72192    206336    507904    640000    217600    798208
Length       2560    10240    4608       512    43008    26624    51712    201728

Number          0       0       0       0       501       502       503       508
Base       327168    559616    211456 1728000    43520    624640    180224    213504
End       375296    624640    212480 6505472    44520    628799    180346    213534
End1       375296    624640    212480 6505472    44544    629248    180736    214016
Wr Pntr    327168    559616    211456 1728000    43520    624640    180224    213504
Rd Pntr    327168    559616    211456 1728000    43520    628799    180224    213504
Length    48128    65024    1024 4777472    1000    4159       122       30

Number       511       512       514       515       516       518       520       521
Base       190464    209408    208384    552960    550912    557568    217088    206848
End       191061    209721    209050    555624    552910    559566    217098    206883
End1       191488    209920    209408    556032    552960    559616    217600    207360
Wr Pntr    190464    209408    208384    552960    550912    557568    217088    206848
Rd Pntr    190464    209408    208384    552960    550912    557568    217088    206848
Length       597       313       666    2664    1998    1998       10       35

Number       522       523       524       526       528       530       532       534
Base       743936    639488    672256    744448    719872    483840    317440    324096
End       744372    639924    719780    791972    743743    507711    318106    324762
End1       744448    640000    719872    792064    743936    507904    318464    325120
Wr Pntr    743936    639488    672256    744448    719872    483840    317440    324096
Rd Pntr    743936    639488    672256    744448    743743    507711    317440    324096
Length       436       436    47524    47524    23871    23871       666       666

Number       536       538       540       552       559       562       571       575
Base       325120    326144    318464    180736    210432    198656    669184    181760
End       325786    326810    319760    180774    210434    204825    669850    190090
End1       326144    327168    320000    181248    210944    205312    670208    190464
Wr Pntr    325120    326144    318464    180736    210432    198656    669184    181760
Rd Pntr    325120    326144    318464    180736    210432    198656    669184    181760
Length       666       666    1296       38       2    6169       666    8330

Number       577       580       581       582       583       584       598       603
Base       212480    212992    207360    207872    210944    214016    76800    217600
End       212532    213066    207460    207980    210956    214082    76802    265343
End1       212992    213504    207872    208384    211456    214528    77312    265728
Wr Pntr    212480    212992    207360    207872    210944    214016    76800    265343
Rd Pntr    212480    212992    207360    207872    210944    214016    76800    265343
Length       52       74       100       108       12       66       2    47743

Number       605       606       619       634       670       685       695       698
Base       375296    209920    214528    794624    670208    556032    216576    205312
End       375297    209992    216165    797698    672067    557328    216945    205378
End1       375808    210432    216576    798208    672256    557568    217088    205824
Wr Pntr    375296    209920    214529    794624    670208    556032    216945    205312
Rd Pntr    375296    209920    214529    794624    672067    556032    216577    205312
Length          1       72    1637    3074    1859    1296       369       66

Number       700       701       716       717       729       730       731       742
Base       205824    191488    666624    668672    320000    181248    999936    375808
End       206096    198297    668483    668985    323924    181399 1727594    483358
End1       206336    198656    668672    669184    324096    181760 1728000    483840
Wr Pntr    205824    191488    666624    668672    320000    181248    999936    375808
Rd Pntr    205824    191488    666624    668672    320000    181248    999936    375808
Length       272    6809    1859       313    3924       151    727658    107550

Number       989       991       992       993       994       995       996       997
Base       44544    65536    65024    43008    40448    42496    41472    41984
End       64544    72098    65033    43208    40478    42516    41672    42256
End1       65024    72192    65536    43520    40960    43008    41984    42496
Wr Pntr    44544    65536    65024    43008    40448    42496    41472    41984
Rd Pntr    44544    72098    65033    43208    40478    42516    41672    42242
Length    20000    6562       9       200       30       20       200       272

Number       998       999
Base       40960    77312
End       41160    179816
End1       41472    180224
Wr Pntr    40960    77312
Rd Pntr    41160    79816
Length       200    102504

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               defal = F LstWrd =    1166336 FType=2 FMxFil=10000

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End1       972641    193403    921061    74080    74280    74552    40678
Wr Pntr    972328    193252    193403    54080    74080    74280    40478
Rd Pntr    972328    193252    193403    54080    74080    74280    40478
Length       313       151    727658    20000       200       272       200

dumping /fiocom/, unit = 3 NFiles =    1 SizExt = 524288 WInBlk =    512
               defal = T LstWrd =    65536 FType=2 FMxFil=10000

Number          0
Base       40448
End       65536
End1       65536
Wr Pntr    40448
Rd Pntr    40448
Length    25088
Error termination in NtrErr:
NtrErr Called from FileIO.

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xiaobogaga

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专业: 理论和计算化学

输入文件：
# m062x/genecp opt(cartesian) freq nosymm scf(vshift=200,maxcycle=2000,xqc) COUNTER=2

Pt(oh)4-clh

2 3
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O H Cl
aug-cc-pvdz
****
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3楼2015-02-05 08:31:14

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清新俊逸

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像是硬盘不够啊

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4楼2015-02-05 09:34:37

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清新俊逸

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
xiaobogaga: 金币+5, ★★★很有帮助, 你好，谢谢你的帮助，我把opt和freq分开做就可以了，先优化构型，然后在优化好构型的基础上再进行频率计算，还是谢谢你的帮助 2015-02-06 17:07:34

你的输入文件贴全了吗？最前面没有指定用多大内存？也没有指定用几个核算？
默认的内存很小啊，只有32MB好像，肯定不够用
在最前面加两行，
%nprocs=16
%mem=20GB
视计算机配置改一下数值即可
这个体系只有两百多个基函数，计算量不大的

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5楼2015-02-05 09:47:52

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xiaobogaga

新虫 (初入文坛)

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引用回帖:

5楼: Originally posted by 清新俊逸 at 2015-02-05 09:47:52
你的输入文件贴全了吗？最前面没有指定用多大内存？也没有指定用几个核算？
默认的内存很小啊，只有32MB好像，肯定不够用
在最前面加两行，
%nprocs=16
%mem=20GB
视计算机配置改一下数值即可
这个体系只有两 ...

你好，我是在服务器上计算的，脚本里的内存是nmem=50000 ## memory,(MB)；是2个CPU 一共24个核在运算，然后我写%rwf=1,2gb,2,2gb,3,2gb,4,2gb,5,2gb,6,2gb,7,2gb,8,2gb,9,2gb,10,2gb,11,2gb,-1;还是出现同样的错误，怎么回事呢？

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6楼2015-02-06 09:47:23

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