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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 用oniom方法优化六肽的二聚体，结果报错 求指导
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幻亦真

铜虫 (初入文坛)

[求助] 用oniom方法优化六肽的二聚体，结果报错 求指导

我用GV画的分子，输入文件如下：
%chk=02.chk
%mem=8000MB
%nprocshared=8
# opt freq oniom(b3lyp/3-21g:am1)=(EmbedCharge,Svalue) geom=connectivity

opt freq 02

0 1 0 1 0 1
....（分子坐标我就不写了）


运行一段时间后报错，错误如下：（tail  log文件 结果如下）
Using GEDIIS/GDIIS optimizer.
Bend failed for angle    47 -    48 -   125
Tors failed for dihedral    45 -    47 -    48 -   125
Tors failed for dihedral    49 -    47 -    48 -   125
Tors failed for dihedral    62 -    47 -    48 -   125
Tors failed for dihedral    47 -    48 -   125 -   124
FormBX had a problem.
Error termination via Lnk1e in /home/zhangjin/software/g09/l103.exe at Wed Oct  9 04:42:02 2013.
Job cpu time:       2 days  9 hours 23 minutes 10.0 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=    614 Int=      0 D2E=      0 Chk=    126 Scr=      1
求高手指教~~
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1楼 2013-10-09 09:18:41
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
幻亦真: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-10-10 16:46:16
可能是LZ你初始的分子结构有问题，检查一下你的分子坐标看看？
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2楼2013-10-09 11:53:46
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幻亦真

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-10-09 11:53:46
可能是LZ你初始的分子结构有问题，检查一下你的分子坐标看看？

谢谢  我想再多问一句  我的分子是用插膜程序 还有就是gv手动画的   我看了看 没什么问题啊  如果是这方面的问题   一般会是哪里出问题了呢？
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3楼2013-10-10 16:49:04
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幻亦真

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-10-09 11:53:46
可能是LZ你初始的分子结构有问题，检查一下你的分子坐标看看？

%chk=02.chk
%mem=8000MB
%nprocshared=8
# opt freq oniom(b3lyp/3-21g:am1)=(EmbedCharge,Svalue) geom=connectivity

opt freq 02

0 1 0 1 0 1
C(PDBName=CA,ResName=GLY,ResNum=1)                  0  -10.17500000   -0.43700000   -2.25200000 L
H(PDBName=HA1,ResName=GLY,ResNum=1)                 0  -10.03200000   -1.20800000   -2.99700000 L
H(PDBName=HA2,ResName=GLY,ResNum=1)                 0  -10.30300000   -0.79200000   -1.23800000 L
C(PDBName=C,ResName=GLY,ResNum=1)                   0   -9.01400000    0.49900000   -2.29400000 L
O(PDBName=O,ResName=GLY,ResNum=1)                   0   -9.27300000    1.67700000   -2.52700000 L
N(PDBName=N,ResName=GLY,ResNum=2)                   0   -7.77400000    0.03700000   -2.10800000 L
H(PDBName=HN,ResName=GLY,ResNum=2)                  0   -7.54300000   -0.91300000   -1.87400000 L
C(PDBName=CA,ResName=GLY,ResNum=2)                  0   -6.58900000    0.87000000   -2.25200000 L
H(PDBName=HA1,ResName=GLY,ResNum=2)                 0   -6.58000000    1.63500000   -1.48900000 L
H(PDBName=HA2,ResName=GLY,ResNum=2)                 0   -6.52200000    1.23900000   -3.26700000 L
C(PDBName=C,ResName=GLY,ResNum=2)                   0   -5.43400000   -0.04400000   -2.00700000 L
O(PDBName=O,ResName=GLY,ResNum=2)                   0   -5.60200000   -1.00600000   -1.26400000 L
N(PDBName=N,ResName=VAL,ResNum=3)                   0   -4.28600000    0.21100000   -2.64800000 L
H(PDBName=HN,ResName=VAL,ResNum=3)                  0   -4.14800000    1.03200000   -3.20100000 L
C(PDBName=CA,ResName=VAL,ResNum=3)                  0   -3.09400000   -0.61800000   -2.60400000 L H 17
H(PDBName=HA,ResName=VAL,ResNum=3)                  0   -3.04900000   -1.15600000   -1.67400000 L
C(PDBName=CB,ResName=VAL,ResNum=3)                  0   -2.97200000   -1.60400000   -3.77500000 H
H(PDBName=HB,ResName=VAL,ResNum=3)                  0   -2.92000000   -1.04000000   -4.73700000 H
C(PDBName=CG1,ResName=VAL,ResNum=3)                 0   -1.70300000   -2.47400000   -3.63800000 H
H(PDBName=HG11,ResName=VAL,ResNum=3)                0   -1.68400000   -3.24700000   -4.43600000 H
H(PDBName=HG12,ResName=VAL,ResNum=3)                0   -0.77600000   -1.87100000   -3.73900000 H
H(PDBName=HG13,ResName=VAL,ResNum=3)                0   -1.68500000   -2.99300000   -2.65700000 H
C(PDBName=CG2,ResName=VAL,ResNum=3)                 0   -4.19900000   -2.53600000   -3.82300000 H
H(PDBName=HG21,ResName=VAL,ResNum=3)                0   -4.06100000   -3.30500000   -4.61300000 H
H(PDBName=HG22,ResName=VAL,ResNum=3)                0   -4.32500000   -3.05600000   -2.84900000 H
H(PDBName=HG23,ResName=VAL,ResNum=3)                0   -5.12400000   -1.97000000   -4.05200000 H
C(PDBName=C,ResName=VAL,ResNum=3)                   0   -1.96100000    0.38800000   -2.65400000 L
O(PDBName=O,ResName=VAL,ResNum=3)                   0   -2.12100000    1.43900000   -3.27200000 L
N(PDBName=N,ResName=VAL,ResNum=4)                   0   -0.82200000    0.12400000   -1.99200000 L
H(PDBName=HN,ResName=VAL,ResNum=4)                  0   -0.67400000   -0.74400000   -1.52200000 L
C(PDBName=CA,ResName=VAL,ResNum=4)                  0    0.36300000    0.96400000   -2.04100000 L H 33
H(PDBName=HA,ResName=VAL,ResNum=4)                  0    0.34300000    1.60200000   -2.91300000 L
C(PDBName=CB,ResName=VAL,ResNum=4)                  0    0.53300000    1.80300000   -0.76600000 H
H(PDBName=HB,ResName=VAL,ResNum=4)                  0    0.46100000    1.12000000    0.11100000 H
C(PDBName=CG1,ResName=VAL,ResNum=4)                 0    1.87900000    2.55600000   -0.69500000 H
H(PDBName=HG11,ResName=VAL,ResNum=4)                0    1.89700000    3.22600000    0.19000000 H
H(PDBName=HG12,ResName=VAL,ResNum=4)                0    2.73900000    1.86000000   -0.59500000 H
H(PDBName=HG13,ResName=VAL,ResNum=4)                0    2.03100000    3.18000000   -1.60100000 H
C(PDBName=CG2,ResName=VAL,ResNum=4)                 0   -0.60700000    2.83600000   -0.68500000 H
H(PDBName=HG21,ResName=VAL,ResNum=4)                0   -0.49900000    3.45500000    0.23100000 H
H(PDBName=HG22,ResName=VAL,ResNum=4)                0   -0.59100000    3.50500000   -1.57100000 H
H(PDBName=HG23,ResName=VAL,ResNum=4)                0   -1.59600000    2.33600000   -0.64000000 H
C(PDBName=C,ResName=VAL,ResNum=4)                   0    1.50300000   -0.02200000   -2.21700000 L
O(PDBName=O,ResName=VAL,ResNum=4)                   0    1.36000000   -1.18800000   -1.85000000 L
N(PDBName=N,ResName=ILE,ResNum=5)                   0    2.63100000    0.41300000   -2.80600000 L
H(PDBName=HN,ResName=ILE,ResNum=5)                  0    2.75100000    1.36300000   -3.08500000 L
C(PDBName=CA,ResName=ILE,ResNum=5)                  0    3.85800000   -0.34700000   -2.93400000 L H 49
H(PDBName=HA,ResName=ILE,ResNum=5)                  0    3.97000000   -0.98000000   -2.07800000 L
C(PDBName=CB,ResName=ILE,ResNum=5)                  0    3.90900000   -1.26500000   -4.15700000 H
H(PDBName=HB,ResName=ILE,ResNum=5)                  0    2.96000000   -1.85100000   -4.14900000 H
C(PDBName=CG2,ResName=ILE,ResNum=5)                 0    3.96600000   -0.45400000   -5.46900000 H
H(PDBName=HG21,ResName=ILE,ResNum=5)                0    3.90700000   -1.13400000   -6.34300000 H
H(PDBName=HG22,ResName=ILE,ResNum=5)                0    3.12700000    0.26900000   -5.52400000 H
H(PDBName=HG23,ResName=ILE,ResNum=5)                0    4.92500000    0.10600000   -5.53400000 H
C(PDBName=CG1,ResName=ILE,ResNum=5)                 0    5.06600000   -2.28800000   -4.03600000 H
H(PDBName=HG11,ResName=ILE,ResNum=5)                0    6.03500000   -1.77600000   -4.24300000 H
H(PDBName=HG12,ResName=ILE,ResNum=5)                0    5.11800000   -2.65400000   -2.98500000 H
C(PDBName=CD,ResName=ILE,ResNum=5)                  0    4.92200000   -3.50200000   -4.96100000 H
H(PDBName=HD1,ResName=ILE,ResNum=5)                 0    5.77500000   -4.19700000   -4.79700000 H
H(PDBName=HD2,ResName=ILE,ResNum=5)                 0    3.97700000   -4.04400000   -4.74800000 H
H(PDBName=HD3,ResName=ILE,ResNum=5)                 0    4.93000000   -3.18600000   -6.02500000 H
C(PDBName=C,ResName=ILE,ResNum=5)                   0    4.97300000    0.68100000   -2.85800000 L
O(PDBName=O,ResName=ILE,ResNum=5)                   0    4.73100000    1.85600000   -3.14700000 L
N(PDBName=N,ResName=ALA,ResNum=6)                   0    6.16900000    0.27600000   -2.41500000 L
H(PDBName=HN,ResName=ALA,ResNum=6)                  0    6.41700000   -0.67800000   -2.25500000 L
C(PDBName=CA,ResName=ALA,ResNum=6)                  0    7.37100000    1.06000000   -2.40400000 L H 68
H(PDBName=HA,ResName=ALA,ResNum=6)                  0    7.29400000    1.87700000   -3.10600000 L
C(PDBName=CB,ResName=ALA,ResNum=6)                  0    7.68400000    1.56500000   -0.98300000 H
H(PDBName=HB1,ResName=ALA,ResNum=6)                 0    6.87000000    2.22300000   -0.61900000 H
H(PDBName=HB2,ResName=ALA,ResNum=6)                 0    7.78600000    0.70300000   -0.28900000 H
H(PDBName=HB3,ResName=ALA,ResNum=6)                 0    8.64100000    2.12800000   -0.98200000 H
C(PDBName=C,ResName=ALA,ResNum=6)                   0    8.49300000    0.11700000   -2.91700000 L
O(PDBName=OT1,ResName=ALA,ResNum=6)                 0    8.29421645   -1.12426279   -2.97463981 L
C(PDBName=CA,ResName=GLY,ResNum=1)                  0  -10.13100000   -0.39400000    3.19000000 L
H(PDBName=HA1,ResName=GLY,ResNum=1)                 0  -10.36900000   -1.25900000    2.58500000 L
H(PDBName=HA2,ResName=GLY,ResNum=1)                 0   -9.82400000   -0.61900000    4.20200000 L
C(PDBName=C,ResName=GLY,ResNum=1)                   0   -9.04500000    0.38100000    2.52200000 L
O(PDBName=O,ResName=GLY,ResNum=1)                   0   -9.38900000    1.36900000    1.87300000 L
N(PDBName=N,ResName=GLY,ResNum=2)                   0   -7.77600000   -0.01200000    2.67700000 L
H(PDBName=HN,ResName=GLY,ResNum=2)                  0   -7.49600000   -0.82100000    3.20900000 L
C(PDBName=CA,ResName=GLY,ResNum=2)                  0   -6.60400000    0.69700000    2.18800000 L
H(PDBName=HA1,ResName=GLY,ResNum=2)                 0   -6.50400000    1.64200000    2.70500000 L
H(PDBName=HA2,ResName=GLY,ResNum=2)                 0   -6.62500000    0.75500000    1.11000000 L
C(PDBName=C,ResName=GLY,ResNum=2)                   0   -5.45800000   -0.17800000    2.59100000 L
O(PDBName=O,ResName=GLY,ResNum=2)                   0   -5.68700000   -1.12600000    3.33800000 L
N(PDBName=N,ResName=VAL,ResNum=3)                   0   -4.24400000    0.09600000    2.10300000 L
H(PDBName=HN,ResName=VAL,ResNum=3)                  0   -4.04900000    0.91100000    1.55800000 L
C(PDBName=CA,ResName=VAL,ResNum=3)                  0   -3.05200000   -0.70400000    2.33500000 L H 90
H(PDBName=HA,ResName=VAL,ResNum=3)                  0   -3.09200000   -1.17500000    3.30800000 L
C(PDBName=CB,ResName=VAL,ResNum=3)                  0   -2.79200000   -1.72700000    1.21800000 H
H(PDBName=HB,ResName=VAL,ResNum=3)                  0   -2.75400000   -1.17400000    0.25600000 H
C(PDBName=CG1,ResName=VAL,ResNum=3)                 0   -1.45900000   -2.48700000    1.38800000 H
H(PDBName=HG11,ResName=VAL,ResNum=3)                0   -1.36900000   -3.27200000    0.60700000 H
H(PDBName=HG12,ResName=VAL,ResNum=3)                0   -0.58000000   -1.81800000    1.27900000 H
H(PDBName=HG13,ResName=VAL,ResNum=3)                0   -1.41100000   -2.98500000    2.38000000 H
C(PDBName=CG2,ResName=VAL,ResNum=3)                 0   -3.93700000   -2.75600000    1.14200000 H
H(PDBName=HG21,ResName=VAL,ResNum=3)                0   -3.72000000   -3.51000000    0.35500000 H
H(PDBName=HG22,ResName=VAL,ResNum=3)                0   -4.04700000   -3.28400000    2.11300000 H
H(PDBName=HG23,ResName=VAL,ResNum=3)                0   -4.89900000   -2.26900000    0.88900000 H
C(PDBName=C,ResName=VAL,ResNum=3)                   0   -1.94600000    0.33000000    2.33600000 L
O(PDBName=O,ResName=VAL,ResNum=3)                   0   -2.10100000    1.36900000    1.69700000 L
N(PDBName=N,ResName=VAL,ResNum=4)                   0   -0.84000000    0.09600000    3.06400000 L
H(PDBName=HN,ResName=VAL,ResNum=4)                  0   -0.71500000   -0.76300000    3.55800000 L
C(PDBName=CA,ResName=VAL,ResNum=4)                  0    0.33700000    0.94600000    3.10100000 L H 106
H(PDBName=HA,ResName=VAL,ResNum=4)                  0    0.42500000    1.49900000    2.17800000 L
C(PDBName=CB,ResName=VAL,ResNum=4)                  0    0.37800000    1.90500000    4.30200000 H
H(PDBName=HB,ResName=VAL,ResNum=4)                  0    0.41700000    1.31600000    5.24800000 H
C(PDBName=CG1,ResName=VAL,ResNum=4)                 0    1.61100000    2.83300000    4.23600000 H
H(PDBName=HG11,ResName=VAL,ResNum=4)                0    1.55800000    3.59500000    5.04200000 H
H(PDBName=HG12,ResName=VAL,ResNum=4)                0    2.55800000    2.27000000    4.37300000 H
H(PDBName=HG13,ResName=VAL,ResNum=4)                0    1.65000000    3.36300000    3.26000000 H
C(PDBName=CG2,ResName=VAL,ResNum=4)                 0   -0.89100000    2.78000000    4.33100000 H
H(PDBName=HG21,ResName=VAL,ResNum=4)                0   -0.82200000    3.52900000    5.14700000 H
H(PDBName=HG22,ResName=VAL,ResNum=4)                0   -1.00800000    3.31900000    3.36600000 H
H(PDBName=HG23,ResName=VAL,ResNum=4)                0   -1.79600000    2.16300000    4.50300000 H
C(PDBName=C,ResName=VAL,ResNum=4)                   0    1.48700000   -0.04500000    3.18400000 L
O(PDBName=O,ResName=VAL,ResNum=4)                   0    1.29700000   -1.15000000    3.69100000 L
N(PDBName=N,ResName=ILE,ResNum=5)                   0    2.67400000    0.30100000    2.66900000 L
H(PDBName=HN,ResName=ILE,ResNum=5)                  0    2.84300000    1.18500000    2.23200000 L
C(PDBName=CA,ResName=ILE,ResNum=5)                  0    3.88500000   -0.49100000    2.75900000 L H 122
H(PDBName=HA,ResName=ILE,ResNum=5)                  0    4.00000000   -0.84900000    3.77100000 L
C(PDBName=CB,ResName=ILE,ResNum=5)                  0    3.89500000   -1.67800000    1.79000000 H
H(PDBName=HB,ResName=ILE,ResNum=5)                  0    3.03300000   -2.33100000    2.06800000 H
C(PDBName=CG2,ResName=ILE,ResNum=5)                 0    3.64500000   -1.15400000    0.37400000 H
H(PDBName=HG21,ResName=ILE,ResNum=5)                0    3.50800000   -2.00300000   -0.32700000 H
H(PDBName=HG22,ResName=ILE,ResNum=5)                0    2.73000000   -0.53200000    0.31400000 H
H(PDBName=HG23,ResName=ILE,ResNum=5)                0    4.51100000   -0.54600000    0.03000000 H
C(PDBName=CG1,ResName=ILE,ResNum=5)                 0    5.16800000   -2.55900000    1.85700000 H
H(PDBName=HG11,ResName=ILE,ResNum=5)                0    6.05600000   -1.95300000    1.55800000 H
H(PDBName=HG12,ResName=ILE,ResNum=5)                0    5.33200000   -2.88600000    2.90700000 H
C(PDBName=CD,ResName=ILE,ResNum=5)                  0    5.11500000   -3.79100000    0.94200000 H
H(PDBName=HD1,ResName=ILE,ResNum=5)                 0    6.01800000   -4.42000000    1.10200000 H
H(PDBName=HD2,ResName=ILE,ResNum=5)                 0    4.20900000   -4.39800000    1.14500000 H
H(PDBName=HD3,ResName=ILE,ResNum=5)                 0    5.11100000   -3.48200000   -0.12600000 H
C(PDBName=C,ResName=ILE,ResNum=5)                   0    4.99100000    0.52500000    2.51600000 L
O(PDBName=O,ResName=ILE,ResNum=5)                   0    4.70700000    1.61300000    2.00600000 L
N(PDBName=N,ResName=ALA,ResNum=6)                   0    6.21400000    0.21900000    2.96100000 L
H(PDBName=HN,ResName=ALA,ResNum=6)                  0    6.48000000   -0.67000000    3.34700000 L
C(PDBName=CA,ResName=ALA,ResNum=6)                  0    7.40300000    1.01700000    2.94100000 L H 141
H(PDBName=HA,ResName=ALA,ResNum=6)                  0    7.65300000    1.29200000    1.92500000 L
C(PDBName=CB,ResName=ALA,ResNum=6)                  0    7.28000000    2.23900000    3.87700000 H
H(PDBName=HB1,ResName=ALA,ResNum=6)                 0    6.47500000    2.91300000    3.52500000 H
H(PDBName=HB2,ResName=ALA,ResNum=6)                 0    7.05200000    1.89300000    4.90700000 H
H(PDBName=HB3,ResName=ALA,ResNum=6)                 0    8.24500000    2.78900000    3.89300000 H
C(PDBName=C,ResName=ALA,ResNum=6)                   0    8.50900000    0.07100000    3.48400000 L
O(PDBName=OT1,ResName=ALA,ResNum=6)                 0    8.21434245   -1.09613840    3.85079073 L
O                                                   0  -11.36600000    0.42100000   -2.63400000 L
C                                                   0  -12.56091819   -0.22209203   -2.63762646 L
O                                                   0  -12.54681224   -1.45227228   -2.64203094 L
O                                                   0  -11.26237668    0.47891155    3.24396525 L
C                                                   0  -12.37886006   -0.20747123    3.59575147 L
O                                                   0  -12.26423896   -1.41420686    3.80602017 L
N                                                   0    9.78735543    0.67428592   -3.33530184 L
H                                                   0   10.11105042    0.19111849   -4.14879479 L
N                                                   0    9.89983551    0.53917288    3.56938583 L
H                                                   0   10.45329602    0.06667964    2.88350566 L
C                                                   0   10.76425993    0.51343815   -2.24870826 L
H                                                   0   11.72911417    0.30943327   -2.66384475 L
H                                                   0   10.80730434    1.41347239   -1.67165925 L
H                                                   0   10.46744110   -0.29967084   -1.61969924 L
C                                                   0   10.43160978    0.25347370    4.90971866 L
H                                                   0   10.61612189   -0.79627890    5.00392458 L
H                                                   0   11.34595463    0.79055505    5.05260718 L
H                                                   0    9.71982641    0.55818716    5.64824025 L
C                                                   0  -13.75064894    0.75572983   -2.63535628 L
H                                                   0  -13.68151886    1.40353627   -3.48416005 L
H                                                   0  -14.66609827    0.20372022   -2.68159378 L
H                                                   0  -13.73096043    1.33932845   -1.73873762 L
C                                                   0  -13.62309625    0.69727981    3.66576475 L
H                                                   0  -13.83601416    1.08689658    2.69223266 L
H                                                   0  -14.45955172    0.12721924    4.01256903 L
H                                                   0  -13.43822426    1.50634909    4.34113817 L

1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 147 1.0
2
3
4 5 2.0 6 1.5
5
6 7 1.0 8 1.0
7
8 9 1.0 10 1.0 11 1.0
9
10
11 12 2.0 13 1.5
12
13 14 1.0 15 1.0
14
15 17 1.0 16 1.0 27 1.0
16
17 23 1.0 19 1.0 18 1.0
18
19 20 1.0 21 1.0 22 1.0
20
21
22
23 24 1.0 26 1.0 25 1.0
24
25
26
27 28 2.0 29 1.5
28
29 30 1.0 31 1.0
30
31 32 1.0 33 1.0 43 1.0
32
33 34 1.0 35 1.0 39 1.0
34
35 36 1.0 37 1.0 38 1.0
36
37
38
39 40 1.0 41 1.0 42 1.0
40
41
42
43 44 2.0 45 1.5
44
45 46 1.0 47 1.0
46
47 49 1.0 48 1.0 62 1.0
48
49 50 1.0 55 1.0 51 1.0
50
51 52 1.0 53 1.0 54 1.0
52
53
54
55 56 1.0 58 1.0 57 1.0
56
57
58 59 1.0 60 1.0 61 1.0
59
60
61
62 63 2.0 64 1.5
63
64 65 1.0 66 1.0
65
66 67 1.0 68 1.0 72 1.0
67
68 69 1.0 70 1.0 71 1.0
69
70
71
72 73 2.0 153 1.0
73
74 75 1.0 76 1.0 77 1.0 150 1.0
75
76
77 78 2.0 79 1.5
78
79 81 1.0 80 1.0
80
81 83 1.0 84 1.0 82 1.0
82
83
84 86 1.5 85 2.0
85
86 87 1.0 88 1.0
87
88 90 1.0 100 1.0 89 1.0
89
90 96 1.0 92 1.0 91 1.0
91
92 93 1.0 94 1.0 95 1.0
93
94
95
96 97 1.0 98 1.0 99 1.0
97
98
99
100 101 2.0 102 1.5
101
102 103 1.0 104 1.0
103
104 105 1.0 106 1.0 116 1.0
105
106 107 1.0 108 1.0 112 1.0
107
108 109 1.0 110 1.0 111 1.0
109
110
111
112 113 1.0 114 1.0 115 1.0
113
114
115
116 117 2.0 118 1.5
117
118 119 1.0 120 1.0
119
120 122 1.0 135 1.0 121 1.0
121
122 123 1.0 128 1.0 124 1.0
123
124 126 1.0 125 1.0 127 1.0
125
126
127
128 129 1.0 131 1.0 130 1.0
129
130
131 132 1.0 133 1.0 134 1.0
132
133
134
135 136 2.0 137 1.5
136
137 138 1.0 139 1.0
138
139 140 1.0 141 1.0 145 1.0
140
141 142 1.0 143 1.0 144 1.0
142
143
144
145 146 2.0 155 1.0
146
147 148 1.0
148 149 2.0 165 1.0
149
150 151 1.0
151 152 2.0 169 1.0
152
153 154 1.0 157 1.0
154
155 156 1.0 161 1.0
156
157 158 1.0 159 1.0 160 1.0
158
159
160
161 162 1.0 163 1.0 164 1.0
162
163
164
165 166 1.0 167 1.0 168 1.0
166
167
168
169 170 1.0 171 1.0 172 1.0
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4楼2013-10-10 16:52:06
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
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3楼: Originally posted by 幻亦真 at 2013-10-10 16:49:04
谢谢  我想再多问一句  我的分子是用插膜程序 还有就是gv手动画的   我看了看 没什么问题啊  如果是这方面的问题   一般会是哪里出问题了呢？...

看了一下，插膜程序我是真不懂，还有原子坐标前面的0是代表什么意思？
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5楼2013-10-11 07:12:48
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幻亦真

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-10-11 07:12:48
看了一下，插膜程序我是真不懂，还有原子坐标前面的0是代表什么意思？...

我只知道 如果把0改成-1  就可以固定这个原子       输入文件有没有其他的问题？总是会错误....
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6楼2013-10-11 10:06:09
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burt

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-10-11 07:12:48
看了一下，插膜程序我是真不懂，还有原子坐标前面的0是代表什么意思？...

0代表分子价态，1代表自选多重态
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7楼2014-10-23 16:56:17
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