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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » THz光谱计算求助
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lengxue_lc

新虫 (小有名气)

[求助] THz光谱计算求助

请问下，做吸收光谱时候（比如简单的vitaminC），method怎么设置的啊？如何得到吸收谱图，还有opt和Freg用的基组必须一样嘛？opt时需要用到TDDFT不？如下图，如何得到理论的absorbtion谱呢
THz光谱计算求助
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[ Last edited by zhou2009 on 2013-8-30 at 09:28 ]
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1楼2013-08-28 10:35:10
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gkf高: 金币+8 2013-08-29 22:33:25
lengxue_lc: 金币+20, ★★★★★最佳答案, 万分感激 2013-08-30 09:13:18
看你给出的图，你是要模拟THz光谱；
THz光谱是基态振动光谱，因此你只需要计算opt freq就行了，不需要用到算电子激发态的TDDFT；
关于opt和freq用的基组是否需要相同，回答是必须相同。如果你用GaussView做设置，在Job Type中直接选择opt+freq就好，后面的Method中选择你要选择的方法和基组。

计算之后出来的输出文件，用GaussView打开，在Results菜单中选择Vibrations，然后在出来的窗口中选择Spectrum，在出来的图谱上用单击鼠标右键会出现一个菜单，选择Properties，又出来一个设置窗口，在X-axis项目的unit处的下拉菜单选择THz就能得到你想要的THz光谱。

如果横坐标范围太大，你可以用鼠标左键在谱图中画一个合适的方框，就能得到范围大致合适的光谱。

模拟THz光谱需要设想所有可能的结构（包括可能的分子组成和每种组成下所有结构异构体及构象异构体等），然后找出能量最低的一个或者几个，通过综合考虑来模拟才能与实验谱取得较好吻合。另外DFT方法需要选择就有长程相互作用的，基组需要用到较完备的基组，比如最低要求是6-311++G(d,p)。

你给出来的这个例子中的理论模拟谱与实验谱的差别就太大了。可以说模拟的很失败！
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lengxue_lc
据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
2楼2013-08-29 22:18:37
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫

【答案】应助回帖

★ ★ ★
gkf高: 金币+3 2013-08-29 22:33:36
补充一下
找出能量最低的一个或者几个异构体是指同一个组分下的。不同组分下的能量不具有可比性，不同组分的能量最低的异构体中哪一个更合理需要通过与实验谱的比较才能知道那个组分是最可能的实际存在组分。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
3楼2013-08-29 22:27:30
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lengxue_lc

新虫 (小有名气)
送红花一朵
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2楼: Originally posted by hairan at 2013-08-29 22:18:37
看你给出的图，你是要模拟THz光谱；
THz光谱是基态振动光谱，因此你只需要计算opt freq就行了，不需要用到算电子激发态的TDDFT；
关于opt和freq用的基组是否需要相同，回答是必须相同。如果你用GaussView做设置， ...

真心的感谢~我是第一次接触到gaussian，之前找了好多，都不得要领，赶紧按照你的方法试一试~嘿嘿
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4楼2013-08-30 09:15:32
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lengxue_lc

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3楼: Originally posted by hairan at 2013-08-29 22:27:30
补充一下
找出能量最低的一个或者几个异构体是指同一个组分下的。不同组分下的能量不具有可比性，不同组分的能量最低的异构体中哪一个更合理需要通过与实验谱的比较才能知道那个组分是最可能的实际存在组分。

还想请问下，由于我们实验室，gaussian09是装载linux下的，gaussview装在win下的，为什么我在win下生成的gif‘文件用优盘转到linux下，gif文件打不开呢（我自己电脑上面装了盗版的win下gaussian，可以运行）？我注意到，里面的路径发生了改变，不知道是不是这个原因？如果是应该怎么改呢~
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5楼2013-08-30 09:36:04
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lengxue_lc

新虫 (小有名气)
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3楼: Originally posted by hairan at 2013-08-29 22:27:30
补充一下
找出能量最低的一个或者几个异构体是指同一个组分下的。不同组分下的能量不具有可比性，不同组分的能量最低的异构体中哪一个更合理需要通过与实验谱的比较才能知道那个组分是最可能的实际存在组分。

我刚才算了下，横坐标修改为THz，但纵坐标仍然是Epsilon，如何改成absorbtion呢？Y轴好像改不了~
THz光谱计算求助-1
123.jpg
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6楼2013-08-30 10:55:14
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
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5楼: Originally posted by lengxue_lc at 2013-08-30 09:36:04
还想请问下，由于我们实验室，gaussian09是装载linux下的，gaussview装在win下的，为什么我在win下生成的gif‘文件用优盘转到linux下，gif文件打不开呢（我自己电脑上面装了盗版的win下gaussian，可以运行）？我注 ...

输入文件中%chk那一行等号后面只留下文件名就行，路径全部去掉
Windows下的文件转入linux下需要用dos2unix命令处理一下文件。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
7楼2013-08-30 11:03:31
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lengxue_lc

新虫 (小有名气)
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7楼: Originally posted by hairan at 2013-08-30 11:03:31
输入文件中%chk那一行等号后面只留下文件名就行，路径全部去掉
Windows下的文件转入linux下需要用dos2unix命令处理一下文件。...

文件转入的问题我解决了，在算opt freq时，用gview直接生成的gif文件默认把opt freq放在b3lyp/6-31g(d)的前面，我把它们的顺序颠倒回来，同时，路径删除了，就可以算了~主要是我把log文件，在result里打开vibrations里面横坐标虽然可以设置THz但是纵坐标改变不了，仍然只能是epsilon~我想要吸收谱，怎么设置啊~如上图~
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8楼2013-08-30 15:39:18
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hairan

木虫 (著名写手)

瞌睡木虫
你把图片保存下来，随便找个图片处理软件自己改一下字就行了。
预测谱中纵坐标是吸收率，其绝对值没什么意义，相对值比较有可比性。
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据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。
9楼2013-08-30 17:50:38
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zhyho00824

新虫 (初入文坛)
THZ 吸收系数谱能这样直接给出吗？好像还需要重新计算吧，然后用其他画图软件给出。
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10楼2014-10-27 09:19:46
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