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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » TD-DFT计算CD光谱问题
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zhuangshl

银虫 (小有名气)

[求助] TD-DFT计算CD光谱问题

我看到很多文献采用TD-DFT判断手性分子构型归属，通过TD-DFT计算R和S型号分子的电子CD 光谱，和实验进一步对比，别确定那一种是R型，那一种是S型。

我采用DFT计算了R和S型分子的CD 光谱，但没发现区别，请问这种情况下是不是说明我选择的基组不适合我的体系呢。  我目前采用的基组:
# TD(Nstates=20) B3LYP/6-311++G*

这里如果Nstates采用40，那gauss出错无法计算。

谢谢各位的帮助。
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1楼2011-05-10 16:12:45
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blueybz

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

zhuangshl(金币+5): 谢谢您的认真回复，也希望多多指导 2011-05-11 12:09:52
引用回帖:
Originally posted by zhuangshl at 2011-05-10 16:12:45:
我看到很多文献采用TD-DFT判断手性分子构型归属，通过TD-DFT计算R和S型号分子的电子CD 光谱，和实验进一步对比，别确定那一种是R型，那一种是S型。

我采用DFT计算了R和S型分子的CD 光谱，但没发现区别，请问这 ...

你做的这个是吸收谱，不知道怎么做CD谱
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2楼2011-05-11 10:31:17
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zhuangshl

银虫 (小有名气)
谢谢，是的，实验方面做的是电子CD，electronic circular dichroism spectra (ECD)
我计算的也是ECD, 具体我是按照这篇论文这么做的：

Ding S et al. Absolute configurations of spiroiminodihydantoin and allantoin stereoisomers: comparison of computed and measured electronic circular dichroism spectra. Chem. Res. Toxicol. 2009, 22, 1189–1193

这篇论文结果非常好，我也能重复处理。 但针对我的R和S分子，算出来的ECD光谱却无差别， 我不知道在计算小分子吸收光谱的时候需要如何去选取基组。
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3楼2011-05-11 12:09:17
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8tao7

木虫 (小有名气)
对CD谱还在迷茫的飘过，感谢您的参考文献，我也要拜读下
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有信仰，有目标，一步步地走，最终会实现的！
4楼2011-05-11 14:32:16
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zhaoqy03

木虫 (著名写手)
我也是啊。两个对映异构竟然不相对。虽说差别还不算小，可是根本不是正负那么简单明了
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5楼2011-05-11 15:52:35
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stevenabing

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

zhuangshl(金币+5): 谢谢 2011-05-11 17:38:40
zhuangshl(金币+1): 非常感谢 2011-05-12 11:12:47
根据我计算的，如果是对映异构体（这里结构输入应该是用GaussianView里的mirror inversion），那么一般应该是完全对称的，若是自己输入的可能是手性中心是相反的，但是构象有差异，那么不会完全对称的。
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6楼2011-05-11 16:18:02
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zhaoqy03

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by stevenabing at 2011-05-11 16:18:02:
根据我计算的，如果是对映异构体（这里结构输入应该是用GaussianView里的mirror inversion），那么一般应该是完全对称的，若是自己输入的可能是手性中心是相反的，但是构象有差异，那么不会完全对称的。

我检查过输入文件立体化学没问题，但是根本没看到明显相对
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7楼2011-05-11 23:12:27
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stevenabing

至尊木虫 (正式写手)
看来你还是不很理解我说的，即使你的手性中心构型不变，其他基团构象的变化也可能引起CD较大的变化。
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8楼2011-05-12 07:21:26
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lzx0018love

木虫 (正式写手)
你们那可以做CD计算嘛？请问可以对外做不？
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一切都会好的！！
9楼2012-05-02 14:55:50
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lunwen1982

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
979348楼: Originally posted by stevenabing at 2011-05-12 07:21:26
看来你还是不很理解我说的，即使你的手性中心构型不变，其他基团构象的变化也可能引起CD较大的变化。

请问哪里能做 ECD 或者 vcd 谢谢！
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10楼2012-09-11 10:00:55
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