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349924334

捐助贵宾 (著名写手)

[求助] Gaussian新手计算HOMO-LUMO的数值跟文献所给出数值不一样 已有4人参与

本人刚接触Gaussian一周左右，使用的是Window版本G09W。高斯使用指南和FAQ也都读过2遍了。
我学习Gaussian主要是看HOMO-LUMO，现在觉得大概入门。所以在文献中找一个结构进行了计算，结构如图。
但是我运算出的结果数值上跟文献有些许偏差，HOMO-LUMO图形基本一致。
我的方法是先用Chem3D计算最小能量预优化，RMS=0.0001，计算完后另存为PDB；在G09W中Utilities--NewZMat转化为Z-矩阵后File--Modify，分别输入：
%chk=D:\G09W\test\test111.chk
%mem=1000MB
# opt freq b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
然后运行，大概跑了3天后Processing Completed.
我计算出来的HOMO=-5.14eV,LUMO=-1.90eV;文献中的数值是HOMO=-5.73eV,LUMO=-2.09eV。
问题是
1.文献中的方法是6-311+g(d,p)//6-31g(d)，它的意思是先用6-31g(d)优化，再用6-311+g(d,p)计算频率吗？我计算的偏差是不是就是因为计算方法不同导致的？
2.如果要在G09W中建立连续任务怎么操作？可不可以进行如下的操作：转换为Z-矩阵后File--Modify,然后输入
%chk=D:\G09W\test\test111.chk
%mem=1000MB
# opt b3lyp/6-31g(d) geom=connectivity
再之后Addition Step: # freq b3lyp/6-311+g(d,p)。 运行。
不知道这种操作方式是否可行？是不是就是连续任务？在Addition Step里还需要补全% Section那一项吗？
3.我在查看OUT文件时发现有两段 Population analysis using the SCF density的计算，这里的数据不就应该是HOMO-LUMO的能量数值吗？为什么会有两段数据呢？是第一部分进行的opt优化，第二部分进行的freq计算吗？我的结果以哪部分的数据为准呢？
以上就是我的问题，请各位高手多多指点！！
Gaussian新手计算HOMO-LUMO的数值跟文献所给出数值不一样
111.png


Gaussian新手计算HOMO-LUMO的数值跟文献所给出数值不一样-1
HOMO.png


Gaussian新手计算HOMO-LUMO的数值跟文献所给出数值不一样-2
LUMO.png
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1楼 2013-12-17 10:49:12
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

雪狼乖乖

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
349924334: 金币+10, ★★★很有帮助, 很有帮助！我刚刚接触量化，以前关于这方面的基础了解的也相对较少。最近看了很多关于这方面的基础，感觉看得越多有些地方就越明白。你的回答也对我有很大的提示，十分感谢！ 2013-12-18 22:00:45
引用回帖:
4楼: Originally posted by 枪下游魂 at 2013-12-17 16:51:56
1、我觉得可以这么理解。6-311+g(d,p)的精度会比6-31g高不少。
2、可用--Link1--来分割，%的内容是要重新输入的，并用geom=allcheck来读入优化好的结构
3、opt会算，freq最后会再检查一遍结构是否合理。我的理解， ...

这三点都有问题。
1点
6-311G+虽然基组更大了，但显然它由于增加了GTO轨道，因此轨道细分更精细了。初看上去好像应该更精确，但事实上，当年6-311g的出现，主要是针对d轨道对s,p轨道的极化影响而产生的，也就是说，对于第三周期和第三周期之后的元素，才比较有效。所以单纯说精度比6-31g是完全不准确的，对于第二周期的元素，6-31g反而更好。
2点
--link1-- 的使用是有技巧的。有三点要注意：
1  chk文件必须在第一步写清楚，因为link1是要读取它的轨道信息的,当然，如果你的link1算的是新的分子，就必须重新写chk文件了；
2 所有的link1 最后一个link 必须要写 %nosave 否则会在最后一个link1计算报错
3 在out文件里，会将所有的计算结果写在一个out文件里，如果不方便，需要其他软件辅助进行切割。
  --link1--的计算模板在高斯的test目录里，请用相关搜索文件搜索关键词 link1
3点
opt和freq的结果是有差别的。opt虽然每个点都是单点能，但是如果你仔细比较一下，单纯计算energy 还是有一些出入的，量化计算最好不要想当然，自己算一下才清楚。
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6楼2013-12-18 21:09:01
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
349924334: 金币+5, ★有帮助 2013-12-18 07:56:55
有两个问题你需要注意：
1  请注意文章中是否注明了这个分子的对称性，一般HOMO-LUMO的误差都是分子对称性不一致造成的；
2  请换一下你的头像，不然我老想点你的头像拿金币。
赞一下(1人) 回复此楼
5楼2013-12-17 21:13:56
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普通回帖

marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
349924334: 金币+5, ★有帮助, 谢谢！那如果我也按照6-311+g(d,p)//6-31g(d)这种方法计算的话结果就可能跟文献一致了吧?图形差不多一致是不是就意味着趋势是与文献相同的呢？数值相差就是精度的差别呗？ 2013-12-17 14:55:24
gkf高: 金币+2 2013-12-17 15:44:31
想要跟文献中的数值一样的话一定要严格按照文献中的方法跟步骤，另外，高斯版本也要一致~不过差别应该是精度，对趋势是没有大的影响的~
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思想有多远，我们就能走多远~
2楼2013-12-17 13:38:34
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marson

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
349924334: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢！ 2013-12-17 17:34:20
我看过有对比不同分子的HOMO及LUMO轨道值，不同的方法可能会造成数值的不同，但分子间的大小顺序趋势是相通的~另外，想要重复文献中的数值必须严格按照文献中的方法基组及版本，如果仍对应不上就可能要考虑文献中他们数据造假的问题了~
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思想有多远，我们就能走多远~
3楼2013-12-17 16:33:03
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枪下游魂

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
349924334: 金币+5, ★有帮助, 谢谢！能具体说一说第二个问题用G09W的操作步骤吗？我现在不清楚我上面表述的操作是不是正确的。 2013-12-17 17:39:47
gmy1990: 金币+2 2013-12-17 20:51:40
1、我觉得可以这么理解。6-311+g(d,p)的精度会比6-31g高不少。
2、可用--Link1--来分割，%的内容是要重新输入的，并用geom=allcheck来读入优化好的结构
3、opt会算，freq最后会再检查一遍结构是否合理。我的理解，如果你opt和freq的方法完全一样，这两个结果应该没有差别。
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4楼2013-12-17 16:51:56
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枪下游魂

木虫 (著名写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 雪狼乖乖 at 2013-12-18 21:09:01
这三点都有问题。
1点
6-311G+虽然基组更大了，但显然它由于增加了GTO轨道，因此轨道细分更精细了。初看上去好像应该更精确，但事实上，当年6-311g的出现，主要是针对d轨道对s,p轨道的极化影响而产生的，也就是 ...

受教了！！
1、所以说用什么样合适的基组还是要根据所研究的体系
2、关于Link1，我不用%nosave并没有出现报错，一般我只用一个Link1
3、能量我一般就是看GV里的summary的，主要关注freq，只算opt的比较少，能量记得比较过是差不多的，但是确实没有过多注意，会再看几个out文件核实一下
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7楼2013-12-19 06:41:31
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十万大山1994

木虫 (小有名气)
差点点击了楼主的头像
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8楼2013-12-19 09:24:21
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zuoyuxiang
9楼2013-12-23 13:40:33
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dreamyeye

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

对“文献中的方法是6-311+g(d,p)//6-31g(d)，它的意思是先用6-31g(d)优化，再用6-311+g(d,p)计算频率吗？”的正确性有点怀疑，优化和算频率一般应该在同一水平（指方法和基组都相同）下进行。
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10楼2013-12-24 17:17:27
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