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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » fatal error
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sunriseliulu

新虫 (初入文坛)

[求助] fatal error 已有1人参与

gromacs新手，在用mdrun命令时运行一定时间后出现了下面的错误
fatal error:
one of the box vectors has become shorter than twice the cut-off length or box_yy-|box_zy| or box_zz has become smaller than the cut-off.
这是因为什么，应该怎样修改。
先谢过。
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1楼 2015-01-28 13:08:38
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fangsteel

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sunriseliulu at 2015-01-30 17:27:53
cutoff长度指的是什么...

截断半径，你的mdp文件会设置相互作用的截断半径，大于这个cutoff的相互作用不计算
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gromacs
4楼2015-01-31 13:28:47
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fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
sunriseliulu(abinitio代发): 金币+5, 鼓励交流，正解 2015-01-30 04:19:57
周期性盒子太小了，增到两倍cutoff长度以上
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gromacs
2楼2015-01-29 18:41:16
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sunriseliulu

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2015-01-29 18:41:16
周期性盒子太小了，增到两倍cutoff长度以上

cutoff长度指的是什么
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3楼2015-01-30 17:27:53
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