24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 819  |  回复: 3

sunriseliulu

新虫 (初入文坛)

[求助] fatal error 已有1人参与

gromacs新手,在用mdrun命令时运行一定时间后出现了下面的错误
fatal error:
one of the box vectors has become shorter than twice the cut-off length or box_yy-|box_zy| or box_zz has become smaller than the cut-off.
这是因为什么,应该怎样修改。
先谢过。
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
sunriseliulu(abinitio代发): 金币+5, 鼓励交流,正解 2015-01-30 04:19:57
周期性盒子太小了,增到两倍cutoff长度以上
gromacs
2楼2015-01-29 18:41:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

sunriseliulu

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fangsteel at 2015-01-29 18:41:16
周期性盒子太小了,增到两倍cutoff长度以上

cutoff长度指的是什么
3楼2015-01-30 17:27:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

fangsteel

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by sunriseliulu at 2015-01-30 17:27:53
cutoff长度指的是什么...

截断半径,你的mdp文件会设置相互作用的截断半径,大于这个cutoff的相互作用不计算
gromacs
4楼2015-01-31 13:28:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 sunriseliulu 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 求调剂22408 288分 +3 new382 2026-04-02 3/150 2026-04-02 14:34 by alice-2022
[考研] 一志愿复旦材料,英一专硕,总分357调剂 +3 1050389037 2026-04-02 4/200 2026-04-02 14:32 by olim
[考研] 求调剂!生物与医药专硕 +4 逆转陆先生 2026-04-01 4/200 2026-04-02 11:51 by xiaoranmu
[考研] 322求调剂 +5 熹僖XX 2026-03-31 6/300 2026-04-02 10:08 by 求调剂zz
[考研] 372求调剂 +3 jj涌77 2026-04-02 3/150 2026-04-02 09:57 by olim
[考研] 301求调剂 +13 A_JiXing 2026-04-01 13/650 2026-04-02 09:01 by sanrepian
[考研] 材料调剂 +14 一样YWY 2026-04-01 14/700 2026-04-01 21:07 by lijunpoly
[考研] 353求调剂 +4 拉钩不许变 2026-04-01 4/200 2026-04-01 18:10 by 记事本2026
[考研] 349求调剂 +6 吃的不少 2026-04-01 6/300 2026-04-01 17:55 by JYD2011
[考研] 材料专硕306英一数二 +7 z1z2z3879 2026-03-31 7/350 2026-04-01 14:50 by ZXlzxl0425
[考研] 材料0856 英一数二 323 求调剂 +9 袁sy 2026-04-01 9/450 2026-04-01 14:30 by wangjy2002
[考研] 326求调剂 +4 崽崽仔 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:58 by 我的船我的海
[考研] 333求调剂 +4 阿科逸 2026-03-31 4/200 2026-04-01 09:11 by jp9609
[考研] 289求调剂 +7 BrightLL 2026-03-29 7/350 2026-03-31 22:05 by 544594351
[考研] 生物考研337分求调剂 +4 cgxin 2026-03-30 6/300 2026-03-31 14:18 by 记事本2026
[考研] 抱歉 +4 田洪有 2026-03-30 4/200 2026-03-30 21:26 by mumin1990
[考研] 332求调剂 +6 @MZB382400 2026-03-28 6/300 2026-03-30 16:57 by 无际的草原
[考研] 071010 323 分求调剂 +3 Baekzhy 2026-03-27 3/150 2026-03-30 14:24 by andresqi
[考研] 298求调剂 +4 种圣赐 2026-03-28 4/200 2026-03-29 08:42 by q1092522407
[考研] 一志愿南京航空航天大学材料学硕求调剂 +3 @taotao 2026-03-28 3/150 2026-03-28 10:26 by JourneyLucky
信息提示
请填处理意见